PDB-6hvq: The structure of Dps from Listeria innocua soaked before soaking ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hvq

タイトル

The structure of Dps from Listeria innocua soaked before soaking experiments with Zn, Co and La

要素

(DNA protection during starvation protein) x 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Dps / metal binding. cage shaped protein / ferroxidase / itron translocation

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria innocua serovar 6a

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zeth, K. / Okuda, M.

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2019
タイトル: Metal Positions and Translocation Pathways of the Dodecameric Ferritin-like Protein Dps.
著者: Zeth, K. / Sancho-Vaello, E. / Okuda, M.

履歴

登録	2018年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月11日	Group: Data collection / Database references / Experimental preparation カテゴリ: citation / citation_author / exptl_crystal_grow Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hvq.cif.gz	568.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hvq.ent.gz	476 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hvq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6hvq_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hvq_full_validation.pdf.gz	446 KB	表示
XML形式データ	6hvq_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	6hvq_validation.cif.gz	61.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/6hvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/6hvq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6huiC 6hv1C 6hx2C 6sevC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2iy4-1 2xkq-d 2iy4-2 2bk6-1 6sev-1 2xjm-d 1qgh-d 6hx2-1 1ji4-d 3ta8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA protection during starvation protein

B: DNA protection during starvation protein

C: DNA protection during starvation protein

D: DNA protection during starvation protein

E: DNA protection during starvation protein

F: DNA protection during starvation protein

ヘテロ分子

115 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA protection during starvation protein

B: DNA protection during starvation protein

C: DNA protection during starvation protein

D: DNA protection during starvation protein

E: DNA protection during starvation protein

F: DNA protection during starvation protein

ヘテロ分子

A: DNA protection during starvation protein

B: DNA protection during starvation protein

C: DNA protection during starvation protein

D: DNA protection during starvation protein

E: DNA protection during starvation protein

F: DNA protection during starvation protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
231 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.020, 88.020, 274.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	DNA protection during starvation protein / Ferritin-like protein / Non-heme iron-containing ferritin 分子量: 18070.553 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア) 株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: dps, flp, fri, lin0942 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P80725, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する
#2: タンパク質	DNA protection during starvation protein / Ferritin-like protein / Non-heme iron-containing ferritin 分子量: 18077.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア) 株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: dps, flp, fri, lin0942 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P80725, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する
#3: 化合物	... ChemComp-LA / LANTHANUM (III) ION / ランタントリカチオン分子量: 138.905 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: La
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 873 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350 pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 157727 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 8 % / Net I/σ(I): 1.42
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.9→43.456 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 20.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1938	7873	4.99 %
R_work	0.16	-	-
obs	0.1617	157670	97.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.456 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7386	0	50	873	8309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7618
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.656	10289
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.053	4571
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1116
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1331

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.2836	199	0.2693	3734	X-RAY DIFFRACTION	72
1.9216-1.9442	0.3317	209	0.2788	3930	X-RAY DIFFRACTION	77
1.9442-1.9679	0.272	217	0.2723	4185	X-RAY DIFFRACTION	82
1.9679-1.9928	0.2876	230	0.256	4536	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9928-2.0191	0.2562	261	0.2404	4955	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0191-2.0467	0.285	273	0.2416	5209	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.076	0.2484	271	0.2263	5096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.076-2.107	0.2722	269	0.2066	5169	X-RAY DIFFRACTION	100
2.107-2.1399	0.278	265	0.2026	5124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1399-2.175	0.2252	261	0.1943	5123	X-RAY DIFFRACTION	100
2.175-2.2125	0.1942	275	0.1913	5160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2125-2.2527	0.2635	273	0.2207	5131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.296	0.2419	267	0.194	5125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.3429	0.1848	274	0.1716	5152	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3429-2.3938	0.2092	269	0.1719	5136	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.4495	0.2098	273	0.1745	5159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4495-2.5108	0.2056	267	0.1714	5143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5108-2.5786	0.2075	271	0.1696	5162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6545	0.2097	270	0.1674	5098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6545-2.7402	0.1805	267	0.1626	5139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-2.8381	0.1755	271	0.1624	5187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9517	0.2095	272	0.1667	5104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9517-3.086	0.2313	270	0.1709	5110	X-RAY DIFFRACTION	100
3.086-3.2486	0.2285	275	0.1749	5170	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2486-3.4521	0.2044	266	0.158	5132	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4521-3.7185	0.201	274	0.1509	5116	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7185-4.0925	0.1451	271	0.1251	5118	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0925-4.684	0.1365	273	0.1068	5166	X-RAY DIFFRACTION	100
4.684-5.8991	0.1671	268	0.1247	5157	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8991-43.4675	0.1548	272	0.1445	5071	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0683	-4.4131	1.2326	5.7343	-0.9636	1.0349	-0.2176	-0.1466	0.0505	0.3716	0.0463	-0.0559	-0.0439	-0.002	0.1483	0.3065	-0.0421	0.0204	0.3054	0.0118	0.2306	-16.7038	-4.5953	-39.039
2	4.36	-2.1715	0.2972	1.6873	-0.1283	1.2647	0.0754	-0.0765	0.2417	-0.3219	0.0356	-0.2527	0.0081	0.0015	-0.0566	0.2538	-0.0388	0.013	0.241	0.0039	0.2176	-12.5038	-2.7007	-46.4225
3	1.9999	-2.4839	0.2573	4.5386	-0.0795	0.4595	-0.214	-0.451	0.1148	0.517	0.2606	0.1464	0.0134	-0.1229	0.0081	0.326	-0.0112	0.0134	0.3746	0.0069	0.2952	-20.851	-10.3124	-36.4128
4	9.5162	-7.2859	-0.6513	8.7035	0.9153	1.6709	-0.1984	-0.4316	-0.1496	0.1983	0.1938	0.0264	0.0635	-0.0269	-0.0241	0.3551	-0.0499	0.016	0.3624	-0	0.3013	-8.1618	-3.0604	-32.7163
5	4.1422	-4.9152	-0.7237	7.8246	1.3184	0.612	-0.1217	-0.3434	0.0084	0.0209	0.2672	0.0198	0.087	0.039	-0.1633	0.2833	-0.0262	0.005	0.3062	0.0072	0.224	-3.7722	1.5881	-37.0271
6	8.101	-4.4587	-0.688	5.1247	0.7656	0.8575	-0.0199	0.1454	-0.3361	0.1161	-0.0532	0.2713	0.0701	-0.191	0.0781	0.248	-0.0541	-0.0033	0.2542	0.0214	0.2098	-25.7656	-14.2312	-50.79
7	6.762	-6.4148	-2.3393	6.6636	2.902	1.375	0.33	0.2646	0.1823	-0.2972	-0.2752	-0.1883	-0.0435	-0.0695	-0.1201	0.337	-0.0078	0.0181	0.3054	0.0232	0.2783	-21.6859	-8.4776	-56.0721
8	4.1033	-1.9712	3.0637	4.0119	-2.5464	3.6187	-0.0322	-0.3805	0.0014	0.4273	0.0156	-0.1174	-0.0517	-0.3005	-0.0294	0.3246	-0.0441	0.0596	0.3664	-0.0242	0.3282	-31.7707	-6.4686	-41.0574
9	1.0682	-1.42	-0.9351	2.0398	0.4375	1.7807	-0.256	-0.545	-0.8929	0.5209	0.1157	0.4798	0.3065	0.1495	0.3251	0.3659	-0.0565	0.0126	0.3892	0.0749	0.4965	-22.8898	-25.2691	-47.3105
10	2.2669	-0.2824	-0.3635	2.6109	0.2765	1.0744	-0.1392	-0.0565	-0.7622	0.2158	0.0608	0.775	0.002	-0.1016	0.0962	0.3	-0.0625	0.002	0.3383	-0.0007	0.2698	-33.8991	-16.1506	-57.6293
11	2.924	-3.4251	-1.3447	6.2198	1.672	2.1616	-0.0883	-0.1546	-0.0654	-0.0748	0.1241	0.0969	0.1985	-0.0955	-0.0063	0.3314	-0.0731	-0.0181	0.3286	-0.0045	0.2868	-31.3018	-13.4629	-64.3551
12	4.0222	2.0296	3.4463	2.3738	2.0471	5.2747	0.1814	0.0587	-0.2523	0.1182	0.0945	-0.1418	0.2873	0.2505	-0.3604	0.2526	0.0275	-0.0074	0.2009	0.022	0.2719	12.8477	-21.1036	-62.1713
13	5.131	5.9178	5.634	6.2565	5.8024	5.8078	0.1343	-0.0185	0.1566	0.1226	-0.1478	0.096	0.2545	-0.0025	0.0694	0.2441	0.0002	-0.0102	0.2248	0.0135	0.277	8.1261	-13.6277	-62.6339
14	2.5711	2.1559	1.7421	1.69	0.9327	2.866	-0.0813	0.14	-0.217	-0.1839	0.1006	-0.0912	0.2755	0.1719	-0.0535	0.3488	0.0515	-0.0065	0.3235	-0.0227	0.379	19.537	-23.8635	-64.0726
15	8.0877	6.0756	3.6828	8.1798	3.9546	2.4429	0.4732	-0.2325	-0.0889	0.5213	-0.272	-0.0606	0.7548	-0.178	-0.1534	0.2635	0.0361	0.0308	0.1905	0.031	0.2749	10.429	-23.1692	-51.9653
16	8.2513	4.8923	4.1626	4.7649	3.035	3.3751	0.0783	-0.0828	-0.1339	0.1468	-0.092	-0.0401	0.1935	0.0162	0.027	0.2582	0.0088	0.0208	0.2388	0.0073	0.2546	4.1475	-18.8794	-50.736
17	4.4754	2.4199	2.3862	2.8935	1.7583	4.4478	0.0431	0.0309	0.1437	0.0002	-0.0715	0.2121	0.0175	-0.1864	0.0739	0.2028	0.0426	0.0389	0.2313	0.0105	0.2378	-32.6819	24.353	-62.3006
18	7.0842	3.5305	6.0772	2.4607	3.5092	4.7825	0.2124	0.02	-0.1231	0.1239	-0.0345	-0.0179	0.2126	-0.0498	-0.3093	0.2559	0.0238	0.0228	0.2589	-0.007	0.266	-26.4291	18.3648	-64.2628
19	2.8822	3.7938	0.5756	7.0597	1.604	3.3274	-0.0027	0.1235	0.2986	-0.4337	0.0115	0.2337	-0.4356	-0.3507	0.0763	0.2966	0.0458	-0.0478	0.4015	-0.0107	0.3216	-38.6855	27.3057	-74.3492
20	1.6153	-0.7559	2.6464	2.5148	-1.4765	4.0095	-0.0948	-0.2528	0.4429	0.1691	-0.262	0.0415	-0.565	-0.3901	0.5224	0.3869	0.0354	0.0511	0.3901	-0.0571	0.3955	-32.997	33.2718	-54.3185
21	5.2762	3.7499	5.2307	2.7524	4.1823	5.9541	0.18	-0.1662	0.1151	0.2738	-0.2479	0.3687	0.2706	-0.476	0.2799	0.3352	-0.0039	0.0034	0.3741	0.0029	0.3774	-39.344	17.3624	-57.7296
22	3.3398	1.7462	3.8943	1.4874	2.5987	5.1275	-0.0486	0.0073	-0.0454	-0.0033	0.0325	0.0482	-0.1225	-0.1978	0.0088	0.3029	0.015	0.0178	0.3063	-0.0013	0.3086	-35.0939	11.009	-56.6338
23	0.7037	0.4568	-0.8359	1.7168	-3.0415	7.7985	-0.048	0.0231	0.0347	0.0328	-0.0317	-0.0915	0.0942	0.1479	0.1418	0.2814	-0.0107	-0.0205	0.2907	-0.0308	0.2947	17.4873	16.6152	-48.0089
24	4.6536	2.2687	-3.6041	3.0907	-2.781	4.492	-0.2068	0.2947	-0.2439	-0.1141	-0.0306	-0.1431	0.1337	-0.248	0.2084	0.2013	-0.0077	-0.0451	0.2576	-0.0275	0.2336	11.3153	12.6533	-52.0604
25	1.6023	0.4257	-1.7756	1.0592	-0.6637	3.3282	0.0295	-0.2731	0.1483	0.102	-0.0519	-0.2626	-0.1603	0.4212	0.025	0.3333	-0.031	-0.0535	0.3458	0.007	0.3678	18.3672	21.6424	-42.0554
26	8.0498	3.9487	-5.6005	2.842	-2.3681	6.3102	0.066	-0.275	-0.2443	0.2567	-0.3285	-0.3207	-0.0383	0.5638	0.1355	0.3123	0.0435	-0.0556	0.2801	-0.0555	0.3209	21.7695	7.223	-43.8201
27	5.689	1.2904	-5.424	1.4074	-1.5398	7.9823	0.0434	-0.1489	-0.2177	0.1082	-0.1303	-0.114	0.0177	0.3142	0.1298	0.2482	-0.0093	-0.0392	0.2386	-0.0253	0.2789	19.2008	2.1204	-48.991
28	3.9731	3.5176	-3.1276	5.3239	-3.9507	4.7829	0.1122	-0.0756	0.2289	0.2521	-0.0298	0.1495	-0.2285	0.0088	-0.0367	0.2695	-0.0112	-0.0375	0.2736	-0.0365	0.2631	4.9221	28.8562	-46.9874
29	4.8144	5.4858	-4.6895	5.7359	-5.5423	4.3596	-0.1337	0.3676	-0.0715	-0.1321	0.1918	0.0319	0.0933	-0.285	-0.0505	0.3249	-0.0566	-0.009	0.3549	-0.0399	0.2964	2.1795	23.8243	-53.6952
30	1.8485	-1.3516	0.0852	3.4046	-3.6412	9.0603	-0.0048	-0.0199	0.2403	0.2895	-0.0283	0.0224	-0.208	0.2484	0.0341	0.2969	-0.0785	0.0056	0.3161	-0.0152	0.3755	18.1854	31.5249	-49.8654
31	9.4339	4.0826	-2.8282	1.7881	-1.0668	1.4515	0.1246	-0.752	0.233	0.1203	-0.0537	0.1771	-0.1316	0.15	-0.2941	0.4506	-0.0131	-0.0031	0.343	-0.0539	0.3698	2.1027	28.865	-35.2296
32	5.6845	5.7289	-5.5144	7.0188	-5.9466	6.7677	0.1948	-0.0236	0.3969	0.197	0.031	0.155	-0.5419	0.1943	-0.2032	0.3578	-0.0203	-0.0336	0.3003	-0.0156	0.3398	-0.0589	37.8848	-50.2887
33	7.4896	2.1002	-6.1794	1.4641	-2.269	7.4152	0.125	-0.1113	-0.0792	0.1206	-0.1988	-0.1891	-0.4395	0.2047	0.0204	0.2958	-0.0227	-0.044	0.236	-0.0038	0.2668	-3.0601	34.4618	-57.7059
34	4.4151	0.5894	-5.4183	2.9448	0.0297	6.9139	0.4424	-0.3257	0.8587	1.2292	-0.0409	0.7693	-1.7614	-0.2485	-0.4077	0.4624	0.0126	-0.037	0.2964	-0.0802	0.4201	-14.1714	37.6343	-46.0854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 94 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 95 through 123 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 124 through 156 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 6 through 38 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 39 through 66 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 67 through 81 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 82 through 94 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 95 through 123 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 124 through 156 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 6 through 38 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 39 through 66 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 67 through 94 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 95 through 123 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 124 through 156 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 6 through 38 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 39 through 66 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 67 through 81 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 82 through 94 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 95 through 123 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 124 through 156 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 7 through 38 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 39 through 66 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 67 through 94 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 95 through 123 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 124 through 156 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 6 through 38 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 39 through 66 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 67 through 81 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 82 through 94 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 95 through 123 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 124 through 149 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 150 through 156 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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