[日本語] English
万見
- PDB-6hv6: Crystal structure of PatoxP, a cysteine protease-like domain of P... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hv6
タイトルCrystal structure of PatoxP, a cysteine protease-like domain of Photorhabdus asymbiotica toxin PaTox
要素Toxin PAU_02230
キーワードTOXIN / Cystein protease-like / PaTox toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host Rho small GTPase signal transduction / mannosyl-inositol phosphorylceramide biosynthetic process / mannosyltransferase activity / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / toxin activity / calcium ion binding / host cell plasma membrane ...symbiont-mediated perturbation of host Rho small GTPase signal transduction / mannosyl-inositol phosphorylceramide biosynthetic process / mannosyltransferase activity / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / toxin activity / calcium ion binding / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Tox-PLDMTX domain / Dermonecrotoxin of the Papain-like fold / : / Glycosyltransferase, DXD sugar-binding motif / Glycosyltransferase sugar-binding region containing DXD motif / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Photorhabdus asymbiotica subsp. asymbiotica ATCC 43949 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Bogdanovic, X. / Wirth, C. / Hunte, C.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationCRC 746 ドイツ
EXC 294 BIOSS ドイツ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: A cysteine protease-like domain enhances the cytotoxic effects of thePhotorhabdus asymbioticatoxin PaTox.
著者: Bogdanovic, X. / Schneider, S. / Levanova, N. / Wirth, C. / Trillhaase, C. / Steinemann, M. / Hunte, C. / Aktories, K. / Jank, T.
履歴
登録2018年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年7月13日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Toxin PAU_02230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8938
ポリマ－52,2831
非ポリマー6117
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area15110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.403, 76.029, 76.324
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Toxin PAU_02230 / Photorhabdus asymbiotica toxin / PaTox


分子量: 52282.512 Da / 分子数: 1 / 変異: C1865A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The catalytic cysteine 1865 was mutated to alanine
由来: (組換発現) Photorhabdus asymbiotica subsp. asymbiotica ATCC 43949 (バクテリア)
遺伝子: PAU_02230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: C7BKP9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, protein-glutamine glutaminase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 25.7% w/v Polyethylene glycol 8000, 150 mM HEPES pH 7.5, 60 mM potassium sodium tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.2037 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2037 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→53.9 Å / Num. obs: 25589 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 95.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.261 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 62 % / Rmerge(I) obs: 2.298 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1856 / CC1/2: 0.772 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.001→53.864 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.82
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 690 2.75 %RANDOM SELECTION
Rwork0.1748 ---
obs0.1758 25108 98.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→53.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2332 0 39 184 2555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7383250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0941495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0008-2.15530.23251290.20614483X-RAY DIFFRACTION92
2.1553-2.37220.221610.18384838X-RAY DIFFRACTION100
2.3722-2.71540.19391470.17744930X-RAY DIFFRACTION100
2.7154-3.42110.25311140.18364986X-RAY DIFFRACTION100
3.4211-53.8840.20091390.16315181X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.53031.4114-1.80492.4147-0.15280.63550.3426-0.7731-1.48740.3462-0.2188-0.1940.6940.4361-0.22480.48770.1243-0.03650.42710.08980.451127.484319.067459.0644
23.8717-0.48010.16924.58710.23254.1519-0.2526-0.0360.72990.12920.2014-0.1103-0.33840.02070.02440.23660.0606-0.09370.2325-0.00950.330843.574331.180944.3825
34.2945-2.4689-5.21552.90992.09396.9088-0.08560.0399-0.25070.2072-0.1653-0.25740.1056-0.16030.24860.22580.0366-0.03450.3272-0.02570.304825.599926.472958.6786
44.52490.5681-0.3155.1329-1.84133.7683-0.0083-0.2618-0.0169-0.05590.0275-0.1314-0.01620.3664-0.00090.2623-0.0580.01690.2279-0.09450.236215.299729.574856.7129
53.0189-0.508-0.71363.40321.32443.619-0.03740.02680.3568-0.42680.0210.2609-0.3906-0.02320.04110.2599-0.0145-0.07590.1701-0.0390.23617.731532.796148.8029
62.3962-0.37280.05563.92840.82443.6779-0.179-0.60570.38960.4323-0.07480.6893-0.0551-0.33650.15260.26990.00010.03750.3871-0.16890.37345.975837.853763.7511
74.190.99630.59173.47770.37652.839-0.16890.40250.3112-0.38650.13310.8151-0.0405-0.20620.06270.3554-0.0041-0.15710.27320.02810.42832.840238.462349.5959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1730 through 1745 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1746 through 1820 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1821 through 1842 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1843 through 1864 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1865 through 1932 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1933 through 2000 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 2001 through 2032 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る