PDB-6hus: 2'-fucosyllactose and 3-fucosyllactose binding protein from Bifid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hus

タイトル

2'-fucosyllactose and 3-fucosyllactose binding protein from Bifidobacterium longum infantis, bound with 3-fucosyllactose

要素

ABC transporter substrate-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Solute Binding Protein / 2'-Fucosyllactose / Bifidobacterium longum infantis / ABC-transporter

機能・相同性

: / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / Putative arabinose-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.409 Å

データ登録者

Ejby, M. / Abou Hachem, M. / Lo Leggio, L. / Takane, K. / Sakanaka, M.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Evolutionary adaptation in fucosyllactose uptake systems supports bifidobacteria-infant symbiosis.
著者: Sakanaka, M. / Hansen, M.E. / Gotoh, A. / Katoh, T. / Yoshida, K. / Odamaki, T. / Yachi, H. / Sugiyama, Y. / Kurihara, S. / Hirose, J. / Urashima, T. / Xiao, J.Z. / Kitaoka, M. / Fukiya, S. / ...

履歴

登録	2018年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hus.cif.gz	183.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hus.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hus_validation.pdf.gz	911.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hus_full_validation.pdf.gz	911.7 KB	表示
XML形式データ	6hus_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	6hus_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/6hus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/6hus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hurC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c6h-2 1ubx-d 6x84-1 7c6x-10 6i5w-d 5l0v-d 6rjy-d 6y82-d 4opd-1 6i5v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

49.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology, isothermal titration calorimetry, surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.200, 134.200, 59.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

#1: タンパク質

ABC transporter substrate-binding protein

分子量: 48123.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア)
遺伝子: BFS25_04965 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主:

Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S2VYK0

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 650.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 化合物

ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸

分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Drop ratio 1:1 protein: 100 mg/mL in 10 mM MES pH 6.5 and 150 mM NaCl Mother liqour: 0.1 M MES pH 6.5, 25 % PEG-500MME and 10 mM ZnSO4 Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid Nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.409→41.74 Å / Num. obs: 77253 / % possible obs: 99.28 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.19 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.1072 / R_pim(I) all: 0.05003 / R_rim(I) all: 0.1185 / Net I/σ(I): 8.72
反射シェル	解像度: 1.409→1.46 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.5757 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique obs: 7253 / CC_1/2: 0.766 / R_pim(I) all: 0.2778 / R_rim(I) all: 0.6407 / % possible all: 92.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
Coot	0.8.9.1	モデル構築
XDS	VERSION Jan 26	データ削減
XSCALE	VERSION Jan 26	データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.409→41.74 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1654	-	-
R_work	0.1424	-	-
obs	-	77253	99.28 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.36 Å² / B_iso mean: 18.23 Å² / B_iso min: 9.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.409→41.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3387	0	62	468	3917

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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