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- PDB-6htn: Structure of a fucose lectin from Kordia zhangzhouensis in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6htn
タイトルStructure of a fucose lectin from Kordia zhangzhouensis in complex with methyl-fucoside
要素Fucose-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / propeller / fucose binding
機能・相同性Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / methyl alpha-L-fucopyranoside / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / Fucose-binding lectin
機能・相同性情報
生物種Kordia periserrulae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Varrot, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-IDEX-02 フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Architecture and Evolution of Blade Assembly in beta-propeller Lectins.
著者: Bonnardel, F. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Lahmann, M. / Perez, S. / Varrot, A. / Lisacek, F. / Imberty, A.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin
B: Fucose-binding lectin
C: Fucose-binding lectin
D: Fucose-binding lectin
E: Fucose-binding lectin
F: Fucose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,01836
ポリマ－97,4216
非ポリマー4,59730
水23,1851287
1
A: Fucose-binding lectin
B: Fucose-binding lectin
C: Fucose-binding lectin
D: Fucose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,17725
ポリマ－64,9474
非ポリマー3,23021
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Fucose-binding lectin
F: Fucose-binding lectin
ヘテロ分子

E: Fucose-binding lectin
F: Fucose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,68222
ポリマ－64,9474
非ポリマー2,73518
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575x,-y+2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.102, 90.522, 143.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-504-

HOH

21F-524-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 144 / Label seq-ID: 2 - 144

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14AA
24EE
15AA
25FF
16BB
26CC
17BB
27DD
18BB
28EE
19BB
29FF
110CC
210DD
111CC
211EE
112CC
212FF
113DD
213EE
114DD
214FF
115EE
215FF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 24分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin


分子量: 16236.863 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N terminal methionine cleaved off
由来: (組換発現) Kordia periserrulae (バクテリア)
遺伝子: C8N46_102337 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2T6C3M6
#2: 糖
ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / ALPHA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / methyl alpha-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside / メチルα-L-フコピラノシド


タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O5
識別子タイププログラム
LFucp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-a-L-fucoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1299分子

#3: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 % / 解説: parallelepipoid
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus 1 box 1 solution 40 for Mefuc complex or 35% PEG smear medium 10% isopropanol for complex with selenofucoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→39.25 Å / Num. obs: 165158 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.55→1.57 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Num. unique obs: 7950 / CC1/2: 0.773 / Rpim(I) all: 0.496 / Rrim(I) all: 0.824 / Χ2: 0.81 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDS20180126データ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
SHELXD2016.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SAD model

解像度: 1.55→39.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.348 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18002 8260 5 %RANDOM
Rwork0.15536 ---
obs0.15659 156839 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.131 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å2-0 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→39.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6824 0 309 1287 8420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0137550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0186437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8021.66610307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6241.62814967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5925904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.36523.545378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.379151102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.6671524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.028494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8052.0463556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8032.0463555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.483.0714480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4793.0714481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6562.213994
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6562.213995
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7163.2135828
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.12225.1369231
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.12125.1389232
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A49520.06
12B49520.06
21A49580.06
22C49580.06
31A49450.06
32D49450.06
41A49380.06
42E49380.06
51A49510.06
52F49510.06
61B49410.07
62C49410.07
71B49580.05
72D49580.05
81B49250.06
82E49250.06
91B49750.05
92F49750.05
101C49240.07
102D49240.07
111C49510.06
112E49510.06
121C49150.06
122F49150.06
131D48600.06
132E48600.06
141D48800.05
142F48800.05
151E49690.07
152F49690.07
LS精密化 シェル解像度: 1.548→1.588 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 652 -
Rwork0.289 11335 -
obs--98.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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