PDB-6hti: Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hti

タイトル

Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a benzohydroxamate inhibitor 6

要素

Histone deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Epigenetics / Histone deacetylase / HDAC8 / Selective inhibitor / Pathogen

機能・相同性

機能・相同性情報

histone deacetylase / histone deacetylase activity / heterochromatin formation / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.693 Å

データ登録者

Shaik, T.B. / Marek, M. / Romier, C.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Characterization of Histone Deacetylase 8 (HDAC8) Selective Inhibition Reveals Specific Active Site Structural and Functional Determinants.
著者: Marek, M. / Shaik, T.B. / Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Ramos-Morales, E. / Da Veiga, C. / Kalinin, D. / Melesina, J. / Robaa, D. / Schmidtkunz, K. / Suzuki, T. / Holl, R. / ...

履歴

登録	2018年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hti.cif.gz	646.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hti.ent.gz	535.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hti_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hti_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6hti_validation.xml.gz	59.1 KB	表示
CIF形式データ	6hti_validation.cif.gz	83.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/6hti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/6hti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hqyC 6hrqC 6hsfC 6hsgC 6hshC 6hskC 6hszC 6ht8C 6htgC 6hthC 6httC 6htzC 6hu0C 6hu1C 6hu2C 6hu3C 4bz5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hu3-3 6htt-4 6hu1-2 6htz-2 6hsh-3 4bz6-1 6hqy-4 4bz8-4 6hth-2 6htz-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histone deacetylase

B: Histone deacetylase

C: Histone deacetylase

D: Histone deacetylase

ヘテロ分子

205 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.730, 70.730, 98.350
Angle α, β, γ (deg.)	75.70, 78.01, 85.80
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone deacetylase 分子量: 50583.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: HDAC8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5H660, histone deacetylase

-
非ポリマー , 5種, 507分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-GQW / ~{N}-[2-chloranyl-5-(oxidanylcarbamoyl)phenyl]-1-benzothiophene-7-carboxamide 分子量: 346.788 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₁ClN₂O₃S
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NA,K L-TARTRATE, 21% (W/V) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.693→48.13 Å / Num. obs: 189854 / % possible obs: 94.33 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.1068 / Net I/σ(I): 8.28
反射シェル	解像度: 1.693→1.754 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.8915 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 17480 / CC_1/2: 0.451 / % possible all: 87.09

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BZ5

4bz5

解像度: 1.693→48.125 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	9485	5 %
R_work	0.1965	-	-
obs	0.1981	189740	94.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.693→48.125 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12971	0	128	487	13586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	13491
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.908	18356
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.708	7929
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1964
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2433

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6932-1.7125	0.3343	232	0.3265	4416	X-RAY DIFFRACTION	70
1.7125-1.7326	0.3053	321	0.2649	6108	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7326-1.7537	0.2784	320	0.2452	6079	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7537-1.7759	0.2716	323	0.2265	6124	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7759-1.7993	0.2651	320	0.2228	6078	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7993-1.824	0.2885	324	0.2225	6152	X-RAY DIFFRACTION	96
1.824-1.85	0.255	321	0.218	6122	X-RAY DIFFRACTION	96
1.85-1.8776	0.2557	319	0.2188	6059	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8776-1.907	0.2746	325	0.244	6176	X-RAY DIFFRACTION	96
1.907-1.9382	0.295	320	0.2335	6076	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9382-1.9717	0.2278	326	0.2125	6199	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9717-2.0075	0.2499	323	0.2046	6139	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0075-2.0461	0.2466	321	0.2082	6099	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0461-2.0879	0.2435	321	0.2035	6101	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0879-2.1333	0.245	322	0.2008	6120	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1333-2.1829	0.2252	322	0.1991	6114	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1829-2.2375	0.2209	326	0.1944	6184	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2375-2.298	0.2232	325	0.1897	6183	X-RAY DIFFRACTION	97
2.298-2.3656	0.2173	322	0.1912	6112	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3656-2.442	0.2213	314	0.1925	5990	X-RAY DIFFRACTION	94
2.442-2.5292	0.2306	327	0.2004	6209	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5292-2.6305	0.2294	322	0.2055	6119	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6305-2.7502	0.2391	313	0.2034	5939	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7502-2.8952	0.2109	323	0.1925	6142	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8952-3.0766	0.2161	323	0.1951	6131	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0766-3.3141	0.231	309	0.1916	5886	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3141-3.6475	0.2166	304	0.1868	5765	X-RAY DIFFRACTION	91
3.6475-4.175	0.21	301	0.1754	5735	X-RAY DIFFRACTION	89
4.175-5.259	0.2184	311	0.1736	5905	X-RAY DIFFRACTION	93
5.259-48.1447	0.2093	305	0.189	5793	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7031	0.128	-0.0421	0.3837	-0.1972	0.3421	0.0136	-0.1034	-0.074	0.0293	-0.0466	-0.0687	0.0266	0.0235	-0	0.1347	-0.0169	-0.0113	0.1825	0.0248	0.1506	53.7014	25.336	85.6615
2	0.738	-0.0261	0.0601	0.256	0.0086	0.338	0.0249	-0.0946	0.0189	-0.0212	-0.0317	-0.0297	-0.0162	-0.0193	-0	0.1229	0.0085	0.0032	0.1547	-0.0069	0.1289	88.4702	42.7882	69.9841
3	0.3074	-0.1212	-0.04	0.583	0.0917	0.3174	-0.0217	0.0007	-0.0204	-0.0526	0.0017	0.0313	-0.0118	-0.0122	0	0.1576	0.0089	-0.0013	0.1191	-0.0034	0.1486	44.8062	2.6727	40.2838
4	0.4013	0.1195	-0.2169	0.7117	-0.1346	0.3841	-0.055	0.0458	-0.023	-0.087	0.0308	-0.0336	0.0298	-0.0146	-0.0001	0.1894	-0.0246	0.0039	0.1502	-0.0124	0.1427	65.0984	36.0375	25.5496

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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