PDB-6ht1: Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ht1

タイトル

Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with SGC-iMLLT (compound 92)

要素

Protein ENL

キーワード

TRANSCRIPTION / YEATS domain / ENL / MLLT1 / chemical probe / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation factor complex / lysine-acetylated histone binding / fibrillar center / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Heidenreich, D. / Chaikuad, A. / Moustakim, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Fedorov, O. / Brennan, P.E. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Discovery of an MLLT1/3 YEATS Domain Chemical Probe.
著者: Moustakim, M. / Christott, T. / Monteiro, O.P. / Bennett, J. / Giroud, C. / Ward, J. / Rogers, C.M. / Smith, P. / Panagakou, I. / Diaz-Saez, L. / Felce, S.L. / Gamble, V. / Gileadi, C. / ...

履歴

登録	2018年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ht1.cif.gz	80.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ht1.ent.gz	59.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ht1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ht1_validation.pdf.gz	692.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ht1_full_validation.pdf.gz	693.6 KB	表示
XML形式データ	6ht1_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	6ht1_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/6ht1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/6ht1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ht0C 5j9sS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ht0-d 6t1j-d 6t1l-d 6t1o-d 2q5y-2 6t1m-d 4g08-d 2v9s-4 5l0i-d 6hpx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein ENL

ヘテロ分子

19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.842, 48.842, 133.238
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Protein ENL / YEATS domain-containing protein 1 分子量: 18312.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT1, ENL, LTG19, YEATS1 / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q03111
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GQ5 / 1-methyl-~{N}-[2-[[(2~{S})-2-methylpyrrolidin-1-yl]methyl]-3~{H}-benzimidazol-5-yl]indazole-5-carboxamide 分子量: 388.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄N₆O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M bis-tris pH 5.5 or 25% PEG Smear Medi-um, 0.1M citrate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.84 Å / Num. obs: 10098 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.3 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 956 / CC_1/2: 0.959 / R_pim(I) all: 0.185 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0232	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5J9S

5j9s

解像度: 2.1→45.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 15.601 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25204	473	4.7 %	RANDOM
R_work	0.20047	-	-	-
obs	0.20296	9566	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.746 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→45.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1182	0	67	51	1300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.663	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.231	1.602	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.648	5	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.15	21.351	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.236	15	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.334	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.224	3.052	577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.213	3.048	576
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.171	4.576	722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.169	4.581	723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.41	3.67	724
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.408	3.672	725
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.82	5.32	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.537	37.069	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.534	37.099	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	38	-
R_work	0.309	681	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3873	-1.5931	-0.7472	2.6954	-0.3528	2.4541	0.1199	0.0898	0.3227	-0.2812	0.1221	0.0419	0.1191	-0.2043	-0.2419	0.1352	-0.0505	-0.0417	0.0308	0.0322	0.0409	0.4272	2.9267	52.7457
2	7.5714	-3.5735	-2.9174	4.9301	2.6139	4.3399	-0.1403	-0.007	-0.3085	-0.054	0.0196	0.2922	0.1123	-0.3296	0.1206	0.1255	-0.0489	-0.0456	0.0738	0.0365	0.0481	1.2873	-1.6975	58.5313
3	9.9003	-3.6949	1.7654	11.538	3.3357	1.9947	0.0166	-0.0821	0.8218	-0.4253	0.077	-0.9448	-0.032	0.2038	-0.0935	0.1994	0.1753	0.1096	0.3698	0.0083	0.162	22.7269	-2.2701	52.4052

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 91
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	92 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	122 - 144

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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