PDB-6hsu: The crystal structure of type II Dehydroquinase from Psychromonas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hsu

タイトル

The crystal structure of type II Dehydroquinase from Psychromonas ingrahamii 37, crystal form 2

要素

3-dehydroquinate dehydratase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / shikimate pathway / dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Psychromonas ingrahamii (バクテリア)

Psychromonas ingrahamii 37 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Lapthorn, A.J. / Roszak, A.W.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of type II Dehydroquinase from Psychromonas ingrahamii 37
著者: Lapthorn, A.J. / Koyroytsaltis-McQuire, D. / Roszak, A.W.

履歴

登録	2018年10月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hsu.cif.gz	723.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hsu.ent.gz	604.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hsu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hsu_validation.pdf.gz	555.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hsu_full_validation.pdf.gz	595 KB	表示
XML形式データ	6hsu_validation.xml.gz	86.9 KB	表示
CIF形式データ	6hsu_validation.cif.gz	118.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/6hsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/6hsu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hsrC 6hsqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hsr-1 6hsq-1 1uqr-d 4rc9-d 3kip-2 2xda-1 2wks-1 3kip-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (6) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-dehydroquinate dehydratase

B: 3-dehydroquinate dehydratase

C: 3-dehydroquinate dehydratase

D: 3-dehydroquinate dehydratase

E: 3-dehydroquinate dehydratase

F: 3-dehydroquinate dehydratase

G: 3-dehydroquinate dehydratase

H: 3-dehydroquinate dehydratase

I: 3-dehydroquinate dehydratase

J: 3-dehydroquinate dehydratase

K: 3-dehydroquinate dehydratase

L: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

204 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.572, 137.948, 139.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type II DHQase 分子量: 16803.170 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Psychromonas ingrahamii (strain 37) (バクテリア) 株: 37 / 遺伝子: aroQ, Ping_3121 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1SZA3, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₄H₆O₆ 由来: (組換発現) Psychromonas ingrahamii 37 (バクテリア) 遺伝子: aroQ / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: 3-dehydroquinate dehydratase
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS 分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.5 % / 解説: hexagonal prism
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2M sodium chloride, 0.2M sodium tartrate, 0.1M MOPS pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→137.57 Å / Num. obs: 346154 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 1904219 / Scaling rejects: 4960

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.63	5.7	3.327	16829	0.168	1.563	3.688	98.4
8.76-137.57	5.5	0.06	2293	0.991	0.028	0.066	98.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.33 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.729 / Cor.coef. Io to Ic: 0.7

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	15 Å
Translation	3 Å	15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0232	精密化
Aimless	0.6.2	データスケーリング
AMoRE	7.0.052	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6HSQ

6hsq

解像度: 1.6→79.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.2061 / WR_factor R_work: 0.1881 / FOM work R set: 0.808 / SU B: 3.829 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.0758 / SU R_free: 0.0741 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2077	17403	5 %	RANDOM
R_work	0.1911	-	-	-
obs	0.1919	328295	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.57 Å² / B_iso mean: 33.889 Å² / B_iso min: 17.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.95 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→79.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13969	0	139	1412	15520
B_iso mean	-	-	47.27	41.49	-
残基数	-	-	-	-	1802

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	14607
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	13725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.828	1.632	19865
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.529	1.573	31873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.552	5	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.412	23.27	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.87	15	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.073	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	16490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2874

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	1099	-
R_work	0.315	24391	-
all	-	25490	-
obs	-	-	99.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8407	-1.1497	-0.3194	1.1133	0.0951	0.8159	-0.0915	-0.0256	-0.4075	0.0733	0.0264	0.2552	0.1158	-0.1924	0.065	0.0704	-0.0479	0.0269	0.062	0.0123	0.2819	46.666	43.075	79.653
2	0.437	0.1416	0.0761	0.7817	-0.5902	1.2857	-0.0185	-0.0406	-0.0395	0.0115	-0.0273	-0.0832	0.0465	0.1206	0.0458	0.007	0.0105	-0.0088	0.0376	0.0168	0.1835	87.74	68.307	93.956
3	0.4003	0.0325	0.1261	0.8798	0.2097	0.488	-0.0065	-0.0003	0.0497	0.0159	-0.0308	0.0313	-0.0268	-0.0564	0.0373	0.0107	0.0242	-0.0003	0.062	-0.0019	0.191	47.059	93.104	77.233
4	0.7094	0.2723	-0.2534	0.6623	-0.1864	0.8477	-0.0225	-0.0218	0.0053	0.0379	0.0058	0.0254	0.0994	-0.1068	0.0167	0.0237	-0.0299	0.0186	0.0762	-0.0033	0.175	33.824	63.712	76.404
5	0.6069	-0.0038	0.0217	1.4129	-0.3457	0.8628	0.0433	0.0319	-0.1576	-0.1338	-0.0213	-0.0618	0.0954	0.0097	-0.022	0.0208	0.0069	-0.0107	0.0229	-0.0365	0.2108	76.463	47.706	42.915
6	1.1315	0.1032	-0.3651	0.3635	-0.0319	0.9849	0.0283	0.0124	0.0985	-0.0107	-0.0062	-0.0311	-0.0937	0.0681	-0.0221	0.0129	-0.0142	0.0128	0.0256	-0.0011	0.1875	93.184	87.688	68.511
7	0.7391	0.1567	0.3354	0.5069	-0.0527	0.7873	0.0494	-0.0444	-0.1062	0.0095	-0.0006	-0.0299	0.0979	-0.0098	-0.0488	0.0635	-0.0064	0.0033	0.0054	0.0223	0.184	75.249	47.279	93.613
8	0.4911	0.17	-0.0682	1.1228	0.6591	1.6203	-0.0075	0.0889	-0.0895	0.2111	0.0556	-0.1014	0.31	0.0986	-0.0481	0.0946	0.0278	-0.0258	0.0285	-0.0297	0.2385	72.894	34.766	63.578
9	0.7473	-0.0796	-0.496	0.5136	-0.0857	1.5532	-0.0034	0.1123	-0.0355	-0.0751	0.0093	0.0221	-0.0461	-0.2601	-0.0059	0.0158	0.0028	-0.0069	0.1019	-0.0059	0.1651	41.1	78.978	48.678
10	1.1904	-0.4732	0.1053	0.9219	-0.0352	0.4199	-0.0492	-0.0729	0.0799	0.1104	0.0517	-0.0128	-0.0496	-0.0464	-0.0025	0.0244	0.0221	-0.0017	0.0326	-0.0146	0.1609	68.553	93.632	88.824
11	0.921	0.2465	-0.0315	0.7372	0.1563	0.6314	-0.0337	0.0675	-0.0198	-0.0449	0.0369	-0.0365	0.0001	0.0478	-0.0031	0.0043	-0.0055	0.0148	0.0533	-0.0124	0.1543	91.636	75.769	47.36
12	1.2596	-0.1565	0.2787	0.46	-0.0901	0.4406	0.0034	0.1051	0.021	-0.0241	-0.0205	0.0522	-0.0168	0.0315	0.0171	0.0031	-0.005	-0.0074	0.0566	-0.0079	0.1525	61.523	74.865	35.676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 149
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-2 - 149
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-1 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-2 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	0 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	0 - 149
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	-1 - 149
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	-1 - 149
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 149

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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