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- PDB-6hsa: The crystal structure of type II Dehydroquinase from Butyrivibrio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hsa
タイトルThe crystal structure of type II Dehydroquinase from Butyrivibrio crossotus DSM 2876
要素3-dehydroquinate dehydratase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / shikimate pathway / dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ETE / CITRATE ANION / SERINE / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Butyrivibrio crossotus DSM 2876 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.92 Å
データ登録者Lapthorn, A.J. / Roszak, A.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/P00086X/1 英国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of type II Dehydroquinase from Butyrivibrio crossotus DSM 2876
著者: Lapthorn, A.J. / Ner, L. / Roszak, A.W.
#1: ジャーナル: AMB Express / 年: 2015
タイトル: Unraveling the kinetic diversity of microbial 3-dehydroquinate dehydratases of shikimate pathway.
著者: Liu, C. / Liu, Y.M. / Sun, Q.L. / Jiang, C.Y. / Liu, S.J.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The structure and mechanism of the type II dehydroquinase from Streptomyces coelicolor.
著者: Roszak, A.W. / Robinson, D.A. / Krell, T. / Hunter, I.S. / Fredrickson, M. / Abell, C. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
履歴
登録2018年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年10月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _atom_site.label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id ..._atom_site.label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.label_alt_id_1
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1747
ポリマ－16,3881
非ポリマー7876
水4,990277
1
A: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子

A: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子

A: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,52321
ポリマ－49,1633
非ポリマー2,36018
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.476, 79.476, 72.033
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

SO4

21A-203-

SO4

31A-204-

SO4

41A-204-

SO4

51A-351-

HOH

61A-371-

HOH

71A-503-

HOH

81A-558-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type II DHQase


分子量: 16387.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Butyrivibrio crossotus DSM 2876 (バクテリア)
遺伝子: aroQ, BUTYVIB_01550 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D4S0D1, 3-dehydroquinate dehydratase

-
非ポリマー , 6種, 283分子

#2: 化合物 ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 208.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O5
#3: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.96 % / 解説: hexagonal prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.82656 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82656 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.92→31.93 Å / Num. obs: 112975 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 6.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
0.923-0.9392.20.3312.650540.7620.2650.42685.9
2.504-31.9113.20.03829.653870.9960.0240.04592.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HS9

6hs9


解像度: 0.92→31.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 0.29 / SU ML: 0.008 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.012 / ESU R Free: 0.014
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1198 5762 5.1 %RANDOM
Rwork0.1013 ---
obs0.1022 107213 96.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.07 Å2 / Biso mean: 12.663 Å2 / Biso min: 4.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0.04 Å2-0 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.92→31.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1150 0 84 277 1511
Biso mean--16.81 31.53 -
残基数----145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0121324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0181285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.041.6671800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7291.612939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1375171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46624.59574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55715243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.446155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02309
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.71232609
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.0995133
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.32552722
LS精密化 シェル解像度: 0.923→0.947 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 420 -
Rwork0.196 7229 -
all-7649 -
obs--88.66 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.078 Å / Origin y: -12.113 Å / Origin z: 12.96 Å
111213212223313233
T0.0147 Å20.0081 Å20.0004 Å2-0.0145 Å20.0032 Å2--0.0281 Å2
L0.7155 °20.0212 °2-0.0993 °2-0.4184 °2-0.057 °2--0.4156 °2
S0.0093 Å °0.0265 Å °0.0738 Å °0.0039 Å °0.0012 Å °0.0797 Å °-0.0405 Å °-0.0594 Å °-0.0105 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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