[日本語] English
万見
- PDB-6hs3: Crystal structure of an ABC transporter related protein from Burk... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hs3
タイトルCrystal structure of an ABC transporter related protein from Burkholderia pseudomallei
要素ABC transporter family protein
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / ABC transporter / Burkholderia pseudomallei / transport protein / ATP-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / hydrolase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities ...Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB / Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pankov, G. / Hunter, W.N. / Dawson, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: The structure of lipopolysaccharide transport protein B (LptB) from Burkholderia pseudomallei.
著者: Pankov, G. / Dawson, A. / Hunter, W.N.
履歴
登録2018年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2018年11月7日ID: 6FLX
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ABC transporter family protein
B: ABC transporter family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7764
ポリマ－56,7052
非ポリマー712
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Protein appears as a dimer on gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area22940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.787, 74.228, 124.378
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 13 - 255 / Label seq-ID: 15 - 257

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 ABC transporter family protein / LPS export ABC transporter ATP-binding protein


分子量: 28352.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GH in the beginning of the sequence is left from cleaving N-terminal His-tag
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: lptB_3, lptB, BOC42_17415, CXQ84_18695, DP46_1122, DP49_575, ERS012350_00705
プラスミド: pET15b-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069AY91, UniProt: Q63XK6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
解説: Crystals appear within 24h and look like needles growing in multiple directions from a single nucleation point
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein buffer: 50 mM HEPES pH 7.0, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 500 uM ATP Crystallisation condition: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCL pH 8.5, 30 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96858 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96858 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.49 Å / Num. obs: 19107 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 1977 / CC1/2: 0.487 / Rpim(I) all: 0.496 / Rrim(I) all: 0.941 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WBS

4wbs


解像度: 2.4→29.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 10.078 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.636 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26999 923 4.8 %RANDOM
Rwork0.20486 ---
obs0.20817 18145 96.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.814 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.13 Å20 Å20 Å2
2--1.62 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→29.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3777 0 2 113 3892
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0143857
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.6465220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.851.6298586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38721.031194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.57915703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3141535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2632.8071983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2572.8061982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8264.1952478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8264.1962479
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5913.1991874
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.593.21875
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4124.632741
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.77233.2764044
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.76333.2484028
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6864 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 64 -
Rwork0.268 1323 -
obs--98.37 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る