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- PDB-6hpe: Crystal structure of glutathione transferase Omega 3S from Tramet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hpe
タイトルCrystal structure of glutathione transferase Omega 3S from Trametes versicolor in complex with the glutathione adduct of phenethyl-isothiocyanate
要素Glutathione transferase Omega 3S
キーワードTRANSFERASE / glutathione transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GVX / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Trametes versicolor (カワラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Schwartz, M. / Favier, F. / Didierjean, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-LAS-0002-01 フランス
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: The structure of Trametes versicolor glutathione transferase Omega 3S bound to its conjugation product glutathionyl-phenethylthiocarbamate reveals plasticity of its active site.
著者: Schwartz, M. / Perrot, T. / Morel-Rouhier, M. / Mulliert, G. / Gelhaye, E. / Didierjean, C. / Favier, F.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.title
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione transferase Omega 3S
B: Glutathione transferase Omega 3S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,63910
ポリマ－55,0532
非ポリマー1,5868
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.260, 104.030, 106.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutathione transferase Omega 3S


分子量: 27526.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trametes versicolor (カワラタケ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A384E145*PLUS

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非ポリマー , 6種, 424分子

#2: 化合物 ChemComp-GVX / L-gamma-glutamyl-S-[(2-phenylethyl)carbamothioyl]-L-cysteinylglycine / γGlu-S-(フェネチルチオカルバモイル)-L-Cys-Gly-OH


タイプ: peptide-like / 分子量: 470.563 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26N4O6S2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 30% (w/v) PEG 400, 0.2 M calcium acetate in 0.1 M pH 4.5 acetate buffer (final pH of 5.8)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→46.74 Å / Num. obs: 96095 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.55 / Rrim(I) all: 0.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F43

6f43


解像度: 1.45→46.736 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1817 4804 5 %
Rwork0.1596 --
obs0.1607 96093 96.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→46.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3796 0 103 416 4315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3855445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.6561486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011714
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.46650.30361540.29252922X-RAY DIFFRACTION94
1.4665-1.48380.29161610.27333067X-RAY DIFFRACTION98
1.4838-1.50190.27081610.25283060X-RAY DIFFRACTION99
1.5019-1.52090.26461630.24243087X-RAY DIFFRACTION98
1.5209-1.54090.26661610.23073065X-RAY DIFFRACTION98
1.5409-1.5620.26111600.22843050X-RAY DIFFRACTION98
1.562-1.58430.26311610.22633052X-RAY DIFFRACTION98
1.5843-1.6080.20821600.20043041X-RAY DIFFRACTION98
1.608-1.63310.23591600.19943042X-RAY DIFFRACTION97
1.6331-1.65990.20641560.18692966X-RAY DIFFRACTION96
1.6599-1.68850.20921590.18193017X-RAY DIFFRACTION97
1.6885-1.71920.19191620.17373078X-RAY DIFFRACTION98
1.7192-1.75230.20831620.17053067X-RAY DIFFRACTION98
1.7523-1.7880.20651610.16873077X-RAY DIFFRACTION98
1.788-1.82690.19971620.16933070X-RAY DIFFRACTION98
1.8269-1.86940.20351600.16583039X-RAY DIFFRACTION97
1.8694-1.91620.20291580.16372997X-RAY DIFFRACTION97
1.9162-1.9680.20411580.15953017X-RAY DIFFRACTION96
1.968-2.02590.18221600.15713034X-RAY DIFFRACTION96
2.0259-2.09130.18621640.15323105X-RAY DIFFRACTION98
2.0913-2.1660.16581620.15023081X-RAY DIFFRACTION98
2.166-2.25270.17891630.14733099X-RAY DIFFRACTION98
2.2527-2.35520.14731600.14133040X-RAY DIFFRACTION96
2.3552-2.47940.17041590.14053016X-RAY DIFFRACTION96
2.4794-2.63470.17161580.1463003X-RAY DIFFRACTION94
2.6347-2.83820.14611610.14583060X-RAY DIFFRACTION97
2.8382-3.12370.18091620.15623090X-RAY DIFFRACTION96
3.1237-3.57560.17361570.16172979X-RAY DIFFRACTION92
3.5756-4.50430.15031580.13843000X-RAY DIFFRACTION92
4.5043-46.76010.1921610.15533068X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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