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万見
- PDB-6hn6: A revisited version of the apo structure of the ligand-binding do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hn6
タイトルA revisited version of the apo structure of the ligand-binding domain of the human nuclear receptor RXR-ALPHA
要素Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / NUCLEAR RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine metabolism / ion binding / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine metabolism / ion binding / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / retinoic acid binding / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / nuclear steroid receptor activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Eberhardt, J. / McEwen, A.G. / Bourguet, W. / Moras, D. / Dejaegere, A.
資金援助 フランス, 5件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-BINF-003 フランス
French National Research AgencyANR-10-IDEX-0002-02 フランス
French National Research AgencyANR-10-INBS-05 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0030-INRT フランス
French National Research AgencyANR-IAB-2011-BIP:BIP フランス
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: A revisited version of the apo structure of the ligand-binding domain of the human nuclear receptor retinoic X receptor alpha.
著者: Eberhardt, J. / McEwen, A.G. / Bourguet, W. / Moras, D. / Dejaegere, A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the ligand-binding domain of the human nuclear receptor RXR-alpha.
著者: Bourguet, W. / Ruff, M. / Chambon, P. / Gronemeyer, H. / Moras, D.
履歴
登録2018年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2019年2月20日ID: 1LBD
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.22023年3月8日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1625
ポリマ－31,7021
非ポリマー2,4604
水72140
1
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
ヘテロ分子

A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,32310
ポリマ－63,4042
非ポリマー4,9198
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_566x,x-y+1,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)110.800, 110.800, 109.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 31702.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HISTIDINE TAG PLUS DOMAIN D PLUS LIGAND-BINDING DOMAIN E
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / プラスミド: PET15-B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19793
#2: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.45 M AMMONIUM CITRATE, 30 mM KCl, 4% GLYCEROL, 5 mM CHAPS, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月9日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→7.99 Å / Num. obs: 9164 / % possible obs: 84.73 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 66.28 Å2 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.71→3.03 Å / Num. unique obs: 2597 / % possible all: 83.03

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
MLPHARE位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSMARXDSデータ削減
XSCALEMARSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.71→7.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.796 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.827 / SU Rfree Blow DPI: 0.311 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.315
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 459 5.01 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.176 9164 84.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8037 Å20 Å20 Å2
2---3.8037 Å20 Å2
3---7.6073 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.71→7.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1870 0 168 40 2078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012103HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.092887HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d829SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes48HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes281HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2103HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.44
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion295SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2458SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.71→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 130 5.01 %
Rwork0.249 2467 -
all0.253 2597 -
obs--83.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44351.7777-1.52012.4085-3.1120.8713-0.05450.03070.1136-0.04090.1304-0.2181-0.03750.116-0.0759-0.1406-0.12810.13110.09270.0747-0.012233.813882.187163.7381
23.3595-1.16910.71542.0394-0.20521.55070.01410.5650.1829-0.3119-0.1845-0.3085-0.29470.33530.17040.0321-0.05220.0645-0.02950.1151-0.114413.803179.450762.1177
31.5393-0.1099-0.1696-0.50320.16323.2183-0.18870.290.4252-0.07220.0301-0.3438-0.60350.27130.15860.0305-0.0904-0.0093-0.11130.09870.025117.912585.54473.9333
42.47141.64860.41521.2866-0.3192.58470.0243-0.05380.0902-0.02830.0818-0.24810.08080.6751-0.1061-0.1998-0.0550.04730.12780.1030.072233.271674.613173.8238
50.9539-0.9551.12130.44651.08444.2155-0.0195-0.05820.27040.01170.1416-0.2569-0.20880.201-0.122-0.0485-0.0561-0.0221-0.04720.073-0.000521.743682.834479.0425
64.8938-0.61691.83780.9723-0.0040.59640.04060.2340.0595-0.31650.04940.22-0.0914-0.1065-0.090.02590.0015-0.07720.03570.1303-0.0539-7.311279.260459.8918
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|225 - A|242 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|243 - A|340 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|341 - A|375 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|376 - A|407 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|408 - A|435 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|436 - A|462 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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