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万見
- PDB-6hmv: Crystal structure of human ACBD3 GOLD domain in complex with 3A p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hmv
タイトルCrystal structure of human ACBD3 GOLD domain in complex with 3A protein of enterovirus-D68 (fusion protein, LVVY mutant)
要素
  • Genome polyprotein
  • Golgi resident protein GCP60
キーワードVIRAL PROTEIN / complex / Golgi / enterovirus / picornavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA binding / symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / steroid biosynthetic process / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / protein kinase A regulatory subunit binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane ...fatty-acyl-CoA binding / symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / steroid biosynthetic process / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / protein kinase A regulatory subunit binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / Golgi membrane / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Golgi-dynamics membrane-trafficking / Acyl-CoA-binding protein, ACBP, conserved site / GOLD domain superfamily / Acyl-CoA-binding (ACB) domain signature. / GOLD domain / GOLD domain profile. / Acyl-CoA-binding protein, ACBP / Acyl-CoA binding protein superfamily / Acyl CoA binding protein ...: / Golgi-dynamics membrane-trafficking / Acyl-CoA-binding protein, ACBP, conserved site / GOLD domain superfamily / Acyl-CoA-binding (ACB) domain signature. / GOLD domain / GOLD domain profile. / Acyl-CoA-binding protein, ACBP / Acyl-CoA binding protein superfamily / Acyl CoA binding protein / Acyl-CoA-binding (ACB) domain profile. / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Golgi resident protein GCP60
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.244 Å
データ登録者Klima, M. / Boura, E.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation17-07058Y チェコ
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2019
タイトル: Convergent evolution in the mechanisms of ACBD3 recruitment to picornavirus replication sites.
著者: Horova, V. / Lyoo, H. / Rozycki, B. / Chalupska, D. / Smola, M. / Humpolickova, J. / Strating, J.R.P.M. / van Kuppeveld, F.J.M. / Boura, E. / Klima, M.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Golgi resident protein GCP60
B: Genome polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7102
ポリマ－24,7102
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.432, 59.165, 85.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Golgi resident protein GCP60 / Acyl-CoA-binding domain-containing protein 3 / Golgi complex-associated protein 1 / GOCAP1 / Golgi ...Acyl-CoA-binding domain-containing protein 3 / Golgi complex-associated protein 1 / GOCAP1 / Golgi phosphoprotein 1 / GOLPH1 / PBR- and PKA-associated protein 7 / Peripheral benzodiazepine receptor-associated protein PAP7


分子量: 19389.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACBD3, GCP60, GOCAP1, GOLPH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H3P7
#2: タンパク質・ペプチド Genome polyprotein


分子量: 5320.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2K9Y515, UniProt: Q68T42*PLUS, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM bicine/Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.244→40.45 Å / Num. obs: 13960 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 49.92 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.08654 / Rrim(I) all: 0.09373 / Net I/σ(I): 12.81
反射 シェル解像度: 2.244→2.324 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.082 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 1332 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 95.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDS11-Sep-2018データ削減
XDS11-Sep-2018データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LZ1

5lz1


解像度: 2.244→40.45 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.49
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2652 698 5 %random selection
Rwork0.2305 ---
obs0.2323 13956 99.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.244→40.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1371 0 0 0 1371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8441955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.643514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2436-2.41690.36281340.31512558X-RAY DIFFRACTION98
2.4169-2.660.36671380.29632609X-RAY DIFFRACTION100
2.66-3.04480.28081380.28672634X-RAY DIFFRACTION99
3.0448-3.83570.28331400.23162663X-RAY DIFFRACTION100
3.8357-40.45830.22761480.19582794X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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