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- PDB-6hm9: Crystal structure of a BA3943 mutant,a CE4 family pseudoenzyme wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hm9
タイトルCrystal structure of a BA3943 mutant,a CE4 family pseudoenzyme with restored enzymatic activity.
要素Putative polysaccharide deacetylase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / NodB / Polysaccharide / Deacetylation / Resurrected / Pseudoenzyme.
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Sporulation protein, polysaccharide deacetylase, YlxY / : / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Polysaccharide deacetylase / Polysaccharide deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71311 Å
データ登録者Molfetas, A. / Tomatsidou, A. / Kokkinidis, M.
資金援助 ギリシャ, 1件
組織認可番号国
European Union316223 ギリシャ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The resurrection of a dead enzyme.
著者: Molfetas, A. / Tomasidou, A. / Kokkinidis, M.
履歴
登録2018年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative polysaccharide deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9726
ポリマ－32,5281
非ポリマー4435
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.950, 59.030, 78.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative polysaccharide deacetylase


分子量: 32528.246 Da / 分子数: 1 / 変異: N94D V95D A183R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌)
遺伝子: ylxY, BA_3943, A9486_19545, BASH2_01993, CN272_11110, COL95_11150
プラスミド: pET26B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / BL21-DE3 [Korea] / 参照: UniProt: A0A1Q4M7R6, UniProt: A0A6L7H2K2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
解説: Cubic crystals, grown very rapidly, usually in 2-3 hours.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: Ammonium Sulphate 2.8 M, Acetate Buffer PH=5,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月20日
放射モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71311→47.1792 Å / Num. obs: 54811 / % possible obs: 99.6817 % / 冗長度: 12.755 % / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 22.36
反射 シェル解像度: 1.71→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.047 / Num. unique obs: 2064 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.014 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BC1960

解像度: 1.71311→47.1792 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1952 2749 5.02 %
Rwork0.1669 --
obs0.1684 54796 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71311→47.1792 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2225 0 24 230 2479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7843161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3841432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7131-1.74270.28331350.25432449X-RAY DIFFRACTION94
1.7427-1.77430.25971380.20932646X-RAY DIFFRACTION100
1.7743-1.80850.25321350.19352572X-RAY DIFFRACTION100
1.8085-1.84540.27221400.17932630X-RAY DIFFRACTION100
1.8454-1.88550.21631390.18482579X-RAY DIFFRACTION100
1.8855-1.92940.20351380.17012636X-RAY DIFFRACTION100
1.9294-1.97760.20381380.16172613X-RAY DIFFRACTION100
1.9776-2.03110.17761400.15872595X-RAY DIFFRACTION100
2.0311-2.09090.20641340.17282633X-RAY DIFFRACTION100
2.0909-2.15830.19421360.1642590X-RAY DIFFRACTION100
2.1583-2.23550.25211360.1652603X-RAY DIFFRACTION100
2.2355-2.3250.17851350.16612619X-RAY DIFFRACTION100
2.325-2.43080.22511360.1742622X-RAY DIFFRACTION100
2.4308-2.5590.19621370.1782621X-RAY DIFFRACTION100
2.559-2.71930.23411330.18382598X-RAY DIFFRACTION100
2.7193-2.92920.22081370.18192624X-RAY DIFFRACTION100
2.9292-3.22390.21951380.1782587X-RAY DIFFRACTION100
3.2239-3.69030.17391430.15352622X-RAY DIFFRACTION100
3.6903-4.64870.13171390.13262607X-RAY DIFFRACTION100
4.6487-47.19710.19041420.17182601X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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