[日本語] English
万見
- PDB-6hkw: Crystal structure of human SDS22 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hkw
タイトルCrystal structure of human SDS22
要素Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / LRR protein / PP1 regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase regulator activity / enzyme regulator activity / : / chromosome / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...: / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Heroes, E. / Choy, M.S. / Page, R. / Peti, W. / Ulens, C. / Van Meervelt, L. / Nys, M. / Bollen, M.
資金援助 米国, ベルギー, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R01NS091336 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098482 米国
GOA/15/016 ベルギー
G065515N ベルギー
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structure-Guided Exploration of SDS22 Interactions with Protein Phosphatase PP1 and the Splicing Factor BCLAF1.
著者: Heroes, E. / Van der Hoeven, G. / Choy, M.S. / Garcia, J.D.P. / Ferreira, M. / Nys, M. / Derua, R. / Beullens, M. / Ulens, C. / Peti, W. / Van Meervelt, L. / Page, R. / Bollen, M.
履歴
登録2018年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
B: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
C: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
D: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
E: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,66925
ポリマ－209,7475
非ポリマー1,92120
水45025
1
A: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5267
ポリマ－41,9491
非ポリマー5766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2384
ポリマ－41,9491
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3345
ポリマ－41,9491
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3345
ポリマ－41,9491
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2384
ポリマ－41,9491
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.764, 81.153, 191.958
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.370, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain Q
21chain G
31chain H
41chain I
51chain J
61chain K
71chain M
81chain N
91chain O
101chain P
12(chain A and (resseq 55:57 or (resid 58 and (name...
22(chain B and (resseq 55:57 or (resid 58 and (name...
32(chain C and (resseq 55:57 or (resid 58 and (name...
42(chain D and (resseq 55:57 or (resid 58 and (name...
52(chain E and (resseq 55:57 or (resid 58 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain QQ1
211chain GG1
311chain HH1
411chain II1
511chain JJ1
611chain KK1
711chain MM1
811chain NN1
911chain OO1
1011chain PP1
112(chain A and (resseq 55:57 or (resid 58 and (name...A0
212(chain B and (resseq 55:57 or (resid 58 and (name...B0
312(chain C and (resseq 55:57 or (resid 58 and (name...C0
412(chain D and (resseq 55:57 or (resid 58 and (name...D0
512(chain E and (resseq 55:57 or (resid 58 and (name...E0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7 / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 22


分子量: 41949.465 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1R7, SDS22 / 細胞株 (発現宿主): HKB11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15435
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, PEG 4000, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→47.79 Å / Num. obs: 94224 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.09→3.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.733

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AW4

4aw4


解像度: 3.09→46.863 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 24.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 4557 4.84 %
Rwork0.2098 --
obs0.2112 94223 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.17 Å2 / Biso mean: 47.1663 Å2 / Biso min: 17.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.09→46.863 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12475 0 100 25 12600
Biso mean--71.51 32.02 -
残基数----1530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02117095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0642015
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9867925
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
21A7254X-RAY DIFFRACTION10.544TORSIONAL
22B7254X-RAY DIFFRACTION10.544TORSIONAL
23C7254X-RAY DIFFRACTION10.544TORSIONAL
24D7254X-RAY DIFFRACTION10.544TORSIONAL
25E7254X-RAY DIFFRACTION10.544TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.09-3.12520.38891750.34692976315199
3.1252-3.16190.37171480.3373041318999
3.1619-3.20050.38771430.33462940308399
3.2005-3.2410.31771160.31153083319999
3.241-3.28360.30081530.30542944309799
3.2836-3.32860.33991350.28782955309099
3.3286-3.37610.33981550.28323096325199
3.3761-3.42650.27931440.28032950309499
3.4265-3.480.29161580.28313033319199
3.48-3.53710.28561490.26572978312799
3.5371-3.5980.2691650.25322997316299
3.598-3.66340.26551460.24442988313499
3.6634-3.73390.25921670.21912943311099
3.7339-3.810.21151450.19513035318099
3.81-3.89280.21921610.19073006316799
3.8928-3.98340.21671750.18472933310899
3.9834-4.08290.23821750.19093060323599
4.0829-4.19320.22481480.18452917306599
4.1932-4.31650.21381460.17812990313699
4.3165-4.45580.21921430.19023037318098
4.4558-4.61490.19351110.19022923303497
4.6149-4.79950.21141490.16313008315799
4.7995-5.01770.21021340.15223008314299
5.0177-5.28190.18861810.1712957313899
5.2819-5.61230.19041720.181229983170100
5.6123-6.04480.23951400.191430313171100
6.0448-6.65160.25061340.20362979311398
6.6516-7.61050.20781560.19922982313899
7.6105-9.5750.22771400.18273012315299
9.575-46.8680.17371930.14772866305996

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る