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- PDB-6hk9: Crystal structure of TEX12 F102A F109E V116A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hk9
タイトルCrystal structure of TEX12 F102A F109E V116A
要素Testis-expressed protein 12
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Synaptonemal complex / meiosis / recombination / coiled-coil / self-assembly / TEX12
機能・相同性Testis-expressed sequence 12 protein / Testis-expressed 12 / meiotic DNA repair synthesis / central element / synaptonemal complex assembly / Meiotic synapsis / chromosome / ACETATE ION / Testis-expressed protein 12
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.454 Å
データ登録者Dunce, J.M. / Salmon, L.J. / Davies, O.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust104158/Z/14/Z 英国
Royal SocietyRG170118 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Synaptonemal complex central element extension through hierarchical assembly of SYCE2-TEX12 into alpha-fibres
著者: Salmon, L.J. / Dunce, J.M. / Davies, O.R.
履歴
登録2018年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Testis-expressed protein 12
B: Testis-expressed protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,47912
ポリマ－17,9622
非ポリマー51710
水3,603200
1
A: Testis-expressed protein 12
B: Testis-expressed protein 12
ヘテロ分子

A: Testis-expressed protein 12
B: Testis-expressed protein 12
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Forms a homotetramer in solution through C-terminal sites (which mediate lattice-like assembly in the crystal) mediating lateral dimer-of-dimer interactions of the homodimer of the ...根拠: SAXS, Forms a homotetramer in solution through C-terminal sites (which mediate lattice-like assembly in the crystal) mediating lateral dimer-of-dimer interactions of the homodimer of the asymmetric unit., light scattering, Forms a homotetramer in solution through C-terminal sites (which mediate lattice-like assembly in the crystal) mediating lateral dimer-of-dimer interactions of the homodimer of the asymmetric unit.
  • 37 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,95824
ポリマ－35,9244
非ポリマー1,03420
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
Buried area8730 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area22980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.233, 219.712, 37.501
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

CA

21B-201-

CA

31A-372-

HOH

41A-405-

HOH

51B-329-

HOH

61B-380-

HOH

71B-386-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Testis-expressed protein 12


分子量: 8981.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEX12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXU0
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM Calcium acetate, 40% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→54.93 Å / Num. obs: 59176 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.17 / Rrim(I) all: 0.472 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3126: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AMPLE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Quark decoys

解像度: 1.454→30.971 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 24.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2047 2931 4.95 %
Rwork0.1795 --
obs0.1808 59176 97.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.454→30.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1223 0 23 200 1446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081345
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8561820
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.941530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005245
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4537-1.47760.35821130.32772573X-RAY DIFFRACTION93
1.4776-1.5030.35661120.29812543X-RAY DIFFRACTION91
1.503-1.53040.24241440.24682601X-RAY DIFFRACTION96
1.5304-1.55980.27391420.22582603X-RAY DIFFRACTION95
1.5598-1.59160.23041450.2032686X-RAY DIFFRACTION98
1.5916-1.62630.21951230.1872678X-RAY DIFFRACTION96
1.6263-1.66410.1571360.17782706X-RAY DIFFRACTION99
1.6641-1.70570.21451470.1772661X-RAY DIFFRACTION96
1.7057-1.75180.2061610.17262673X-RAY DIFFRACTION99
1.7518-1.80340.21941480.15892703X-RAY DIFFRACTION98
1.8034-1.86160.24191760.15782643X-RAY DIFFRACTION99
1.8616-1.92810.20621200.1652759X-RAY DIFFRACTION99
1.9281-2.00530.20861260.16662703X-RAY DIFFRACTION98
2.0053-2.09650.20951350.15732701X-RAY DIFFRACTION98
2.0965-2.2070.22071220.16392761X-RAY DIFFRACTION99
2.207-2.34520.21291450.15332702X-RAY DIFFRACTION99
2.3452-2.52620.1651330.15882703X-RAY DIFFRACTION98
2.5262-2.78030.19981720.16122694X-RAY DIFFRACTION99
2.7803-3.18230.20431420.16412729X-RAY DIFFRACTION99
3.1823-4.0080.1691400.17042703X-RAY DIFFRACTION99
4.008-30.97820.22111490.2152720X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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