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- PDB-6hj4: Crystal structure of Whitewater Arroyo virus GP1 glycoprotein at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hj4
タイトルCrystal structure of Whitewater Arroyo virus GP1 glycoprotein at pH 7.5
要素Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
キーワードVIRAL PROTEIN / Attachment / glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Whitewater Arroyo mammarenavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Pryce, R. / Ng, W.M. / Zeltina, A. / Watanabe, Y. / El Omari, K. / Wagner, A. / Bowden, T.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L009528/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N002091/1 英国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: Structure-Based Classification Defines the Discrete Conformational Classes Adopted by the Arenaviral GP1.
著者: Pryce, R. / Ng, W.M. / Zeltina, A. / Watanabe, Y. / El Omari, K. / Wagner, A. / Bowden, T.A.
履歴
登録2018年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8789
ポリマ－18,6521
非ポリマー1,2268
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.660, 106.660, 74.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

CD

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要素

#1: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-GP-C


分子量: 18652.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Whitewater Arroyo mammarenavirus (ウイルス)
遺伝子: GPC, GP-C / Cell (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q911P0
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.0 mg/ml protein, 0.1 M HEPES-Na pH 7.5, and 0.05 M cadmium sulphate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
2431
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0410.9795
シンクロトロンDiamond I2322.7552
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M-F1PIXEL2016年7月6日
DECTRIS PILATUS 12M2PIXEL2016年7月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
22.75521
反射

Entry-ID: 6HJ4

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.43-291541799.918.80.068122.8
2.99-75515894.328.3225.2
反射 シェル解像度: 2.43→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 3.163

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.43→28.473 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 868 4.85 %
Rwork0.2202 --
obs0.2217 15417 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→28.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1160 0 47 0 1207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5491690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.819730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004215
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4304-2.58250.34491570.34142822X-RAY DIFFRACTION100
2.5825-2.78180.33971360.3012834X-RAY DIFFRACTION99
2.7818-3.06140.36941610.26772810X-RAY DIFFRACTION99
3.0614-3.50370.33891260.26552852X-RAY DIFFRACTION100
3.5037-4.41170.23361470.20872852X-RAY DIFFRACTION100
4.4117-28.47470.21171410.19362857X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.759 Å / Origin y: 13.5737 Å / Origin z: -5.9118 Å
111213212223313233
T0.9622 Å2-0.097 Å20.0068 Å2-0.6879 Å20.182 Å2--0.6242 Å2
L3.9321 °20.6607 °20.9488 °2-6.0651 °20.4033 °2--4.3646 °2
S0.086 Å °-0.5296 Å °-0.5508 Å °0.9015 Å °0.1788 Å °0.5511 Å °1.2506 Å °-0.5157 Å °-0.2097 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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