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- PDB-6hif: Kuenenia stuttgartiensis hydrazine dehydrogenase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hif
タイトルKuenenia stuttgartiensis hydrazine dehydrogenase complex
要素
  • Hydrazine dehydrogenase
  • hdh assembly factor Kustc1130
キーワードOXIDOREDUCTASE / anammox / hydrazine / dehydrogenase / P460 / redox
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrazine dehydrogenase / hydroxylamine oxidoreductase activity / anammoxosome / protein homotrimerization / heme binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Seven times multi-haem cytochrome CxxCH / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / : / Uncharacterized protein / Hydrazine dehydrogenase / Assembly factor of hydrazine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Akram, M. / Dietl, A. / Mersdorf, U. / Prinz, S. / Maalcke, W. / Keltjens, J. / Ferousi, C. / de Almeida, N.M. / Reimann, J. / Kartal, B. ...Akram, M. / Dietl, A. / Mersdorf, U. / Prinz, S. / Maalcke, W. / Keltjens, J. / Ferousi, C. / de Almeida, N.M. / Reimann, J. / Kartal, B. / Jetten, M.S.M. / Parey, K. / Barends, T.R.M.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: A 192-heme electron transfer network in the hydrazine dehydrogenase complex.
著者: M Akram / A Dietl / U Mersdorf / S Prinz / W Maalcke / J Keltjens / C Ferousi / N M de Almeida / J Reimann / B Kartal / M S M Jetten / K Parey / T R M Barends /
要旨: Anaerobic ammonium oxidation (anammox) is a major process in the biogeochemical nitrogen cycle in which nitrite and ammonium are converted to dinitrogen gas and water through the highly reactive ...Anaerobic ammonium oxidation (anammox) is a major process in the biogeochemical nitrogen cycle in which nitrite and ammonium are converted to dinitrogen gas and water through the highly reactive intermediate hydrazine. So far, it is unknown how anammox organisms convert the toxic hydrazine into nitrogen and harvest the extremely low potential electrons (-750 mV) released in this process. We report the crystal structure and cryo electron microscopy structures of the responsible enzyme, hydrazine dehydrogenase, which is a 1.7 MDa multiprotein complex containing an extended electron transfer network of 192 heme groups spanning the entire complex. This unique molecular arrangement suggests a way in which the protein stores and releases the electrons obtained from hydrazine conversion, the final step in the globally important anammox process.
履歴
登録2018年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: Hydrazine dehydrogenase
A: Hydrazine dehydrogenase
B: Hydrazine dehydrogenase
C: Hydrazine dehydrogenase
D: Hydrazine dehydrogenase
E: Hydrazine dehydrogenase
F: Hydrazine dehydrogenase
H: Hydrazine dehydrogenase
I: Hydrazine dehydrogenase
J: Hydrazine dehydrogenase
K: Hydrazine dehydrogenase
L: Hydrazine dehydrogenase
M: Hydrazine dehydrogenase
N: Hydrazine dehydrogenase
O: Hydrazine dehydrogenase
P: Hydrazine dehydrogenase
Q: Hydrazine dehydrogenase
R: Hydrazine dehydrogenase
S: Hydrazine dehydrogenase
T: Hydrazine dehydrogenase
U: Hydrazine dehydrogenase
V: Hydrazine dehydrogenase
W: Hydrazine dehydrogenase
X: Hydrazine dehydrogenase
Y: hdh assembly factor Kustc1130
Z: hdh assembly factor Kustc1130
a: hdh assembly factor Kustc1130
b: hdh assembly factor Kustc1130
c: hdh assembly factor Kustc1130
d: hdh assembly factor Kustc1130
e: hdh assembly factor Kustc1130
f: hdh assembly factor Kustc1130
g: hdh assembly factor Kustc1130
h: hdh assembly factor Kustc1130
i: hdh assembly factor Kustc1130
j: hdh assembly factor Kustc1130
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,846,125322
ポリマ－1,718,64236
非ポリマー127,483286
水16,844935
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.860, 211.860, 398.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11G
21A
31B
41C
51E
61F
71H
81J
91K
101L
111M
121N
131O
141P
151Q
161R
171S
181T
191U
201V
211W
221X
12Y
22Z
32a
42b
52c
62d
72e
82f
92g
102h
112i

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111G33 - 607
2111A33 - 607
3111B33 - 607
4111C33 - 607
5111E33 - 607
6111F33 - 607
7111H33 - 607
8111J33 - 607
9111K33 - 607
10111L33 - 607
11111M33 - 607
12111N33 - 607
13111O33 - 607
14111P33 - 607
15111Q33 - 607
16111R33 - 607
17111S33 - 607
18111T33 - 607
19111U33 - 607
20111V33 - 607
21111W33 - 607
22111X33 - 607
1121Y1 - 111
2121Z1 - 111
3121a1 - 111
4121b1 - 111
5121c1 - 111
6121d1 - 111
7121e1 - 111
8121f1 - 111
9121g1 - 111
10121h1 - 111
11121i1 - 111

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.550655, -0.833165, 0.051146), (-0.242777, -0.218478, -0.94516), (0.798648, 0.50804, -0.322579)-61.61349, -133.87224, -20.92837
3given(-0.497412, -0.857031, -0.134457), (0.867513, -0.491673, -0.075356), (-0.001527, -0.154126, 0.98805)-108.20892, -63.21834, -10.52693
4given(0.165028, -0.464418, -0.870105), (-0.469433, -0.812852, 0.344825), (-0.867409, 0.35155, -0.352156)-105.85678, -101.81544, -86.71943
5given(0.971995, 0.188483, 0.140358), (0.19535, -0.980045, -0.036746), (0.130632, 0.063136, -0.989419)20.67188, -110.48939, -108.86688
6given(0.399784, -0.396245, 0.826537), (0.914933, 0.227027, -0.333702), (-0.055419, 0.889634, 0.453299)6.96863, -32.32632, 18.09803
7given(0.433468, 0.43701, -0.788117), (0.883439, -0.033442, 0.467352), (0.177881, -0.898835, -0.400567)-39.6539, -3.31764, -128.53102
8given(-0.460778, 0.423857, -0.779762), (0.342057, -0.725903, -0.59671), (-0.818951, -0.541674, 0.189497)-67.17307, -122.79621, -106.9444
9given(0.596776, 0.294502, -0.74641), (-0.799973, 0.145956, -0.582013), (-0.062461, 0.944439, 0.322696)-37.80552, -108.72627, 12.81989
10given(-0.041819, -0.55505, -0.830765), (0.524746, 0.695378, -0.49101), (0.850231, -0.456474, 0.26218)-113.5695, -27.42957, -42.48684
11given(0.386089, 0.921409, -0.044067), (-0.308061, 0.173817, 0.935354), (0.869502, -0.347554, 0.350958)33.23485, -2.52161, -29.92702
12given(-0.653985, 0.748349, 0.110807), (0.756508, 0.647053, 0.094966), (-0.00063, 0.145933, -0.989294)-2.868, 12.1323, -108.24948
13given(0.048959, 0.490058, 0.870314), (-0.603031, 0.709125, -0.365372), (-0.796214, -0.506938, 0.330238)49.81445, -56.80348, -96.59148
14given(-0.486208, 0.208527, -0.848598), (-0.47566, 0.751479, 0.457194), (0.733041, 0.625936, -0.266188)-86.80689, -3.80567, -12.70806
15given(-0.996209, -0.076006, 0.042315), (-0.072252, 0.452024, -0.889075), (0.048448, -0.888761, -0.455803)-68.9128, -85.85243, -135.3855
16given(-0.500199, 0.865846, -0.010557), (-0.855868, -0.496213, -0.145819), (-0.131495, -0.063903, 0.989255)-0.14199, -124.62775, -9.36486
17given(-0.552353, -0.263672, 0.790812), (-0.258274, -0.847849, -0.463084), (0.792591, -0.460032, 0.400212)-19.32534, -142.03154, -36.55918
18given(-0.97698, -0.120142, -0.176285), (-0.110478, -0.421967, 0.899855), (-0.182496, 0.898615, 0.39898)-81.09895, -33.02619, 10.51546
19given(-0.32419, -0.945991, 0.001626), (-0.945991, 0.324191, 0.000645), (-0.001137, -0.001329, -0.999998)-97.38661, -69.46747, -117.30188
20given(0.557551, -0.23419, 0.796424), (-0.828088, -0.22435, 0.513748), (0.058363, -0.94595, -0.319017)17.36384, -70.0182, -130.76134
21given(-0.167605, 0.548321, 0.8193), (0.545692, -0.640533, 0.540312), (0.821053, 0.537645, -0.191857)40.48111, -46.80859, -10.1693
22given(-0.482383, -0.468494, 0.740148), (0.215161, 0.755699, 0.618566), (-0.849124, 0.457638, -0.263735)-34.67286, 29.09695, -75.18567

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 36分子 GABCDEFHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcd...

#1: タンパク質 ...
Hydrazine dehydrogenase / HDH / Octaheme c-type cytochrome kustc0694


分子量: 65673.766 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q1PW30, hydrazine dehydrogenase
#2: タンパク質
hdh assembly factor Kustc1130


分子量: 11872.622 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q1PXB2, UniProt: A0A2C9CI58*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 1221分子

#3: 化合物...
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 935 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1+1 ul hanging drops against a reservoir solution containing 8-9% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.25 M (NH4)2SO4.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.95376 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95376 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→185 Å / Num. obs: 452098 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 6.67
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.745 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 49339 / CC1/2: 0.457 / Rrim(I) all: 0.994 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N4J

4n4j


解像度: 2.8→93.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 19.245 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.352 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23838 24032 5 %RANDOM
Rwork0.22108 ---
obs0.222 452098 96.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.322 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å2-0.23 Å2-0 Å2
2---0.46 Å2-0 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→93.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数109079 0 8728 935 118742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.012123148
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9471.771168372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.284513738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.19322.296121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8631518073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.08315649
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.214080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.03196758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1076.38355057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5189.56968760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2186.25668091
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.85982.809194530
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11G455920.79
11A45595.74
11B45596.98
11C45597.45
11E455912.38
11F455917.01
11H455921.03
11J455918.05
11K455916.83
11L455915.84
11M45597.66
11N45595.94
11O455910.33
11P455910.52
11Q45597.02
11R45599.71
11S455920.92
11T455916.17
11U455920.25
11V455919.29
11W455920.37
11X455923.7
22Y64033.62
22Z64013.87
22a6406.1
22b6406.31
22c6409.99
22d64014.06
22e6408.82
22f64012.15
22g6405.69
22h64015.18
22i64024.58
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.509 4 -
Rwork0.365 35991 -
obs--98.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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