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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hie | ||||||
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タイトル | The ATAD2 bromodomain in complex with compound 17 | ||||||
要素 | ATPase family AAA domain-containing protein 2 | ||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / Bromodomain / ATAD2 / inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Sledz, P. / Caflisch, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020 タイトル: Hitting a Moving Target: Simulation and Crystallography Study of ATAD2 Bromodomain Blockers. 著者: Dolbois, A. / Batiste, L. / Wiedmer, L. / Dong, J. / Brutsch, M. / Huang, D. / Deerain, N.M. / Spiliotopoulos, D. / Cheng-Sanchez, I. / Laul, E. / Nevado, C. / Sledz, P. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hie.cif.gz | 43.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hie.ent.gz | 29.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hie.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6hie_validation.pdf.gz | 762.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6hie_full_validation.pdf.gz | 763.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6hie_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6hie_validation.cif.gz | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/6hie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/6hie | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5f36SC 6epjC 6eptC 6epuC 6epvC 6epxC 6hi3C 6hi4C 6hi5C 6hi6C 6hi7C 6hi8C 6hiaC 6hibC 6hicC 6hidC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15453.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAD2, L16, PRO2000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PL18, EC: 3.6.1.3 |
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#2: 化合物 | ChemComp-G7Q / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.24 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→48.865 Å / Num. obs: 31256 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.93 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 18.24 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.17 Å / 冗長度: 7.05 % / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique obs: 5041 / CC1/2: 0.827 / Rrim(I) all: 0.846 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5F36 解像度: 2.05→48.865 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.49
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.865 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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