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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hi2
タイトルPI3 Kinase Delta in complex with 3{6[(1S,6R)3oxabicyclo[4.1.0]heptan6yl]pyridin2yl}phenol
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
キーワードTRANSFERASE / kinase / drug discovery / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Co-stimulation by ICOS / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling ...Co-stimulation by ICOS / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / B cell activation / B cell homeostasis / homeostasis of number of cells / defense response to fungus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / adaptive immune response / cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / innate immune response / positive regulation of gene expression / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PI3Kdelta, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. ...PI3Kdelta, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2 domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G62 / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Convery, M.A. / Summers, D. / Peace, S.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: A theoretical and experimental investigation into the conformational bias of aryl cyclopropylpyrans, novel bioisosteres for N-aryl morpholines.
著者: Convery, M.A. / Summers, D. / Hobbs, H. / Jamieson, C. / Kennedy, A.R. / Pal, S. / Peace, S. / Pogany, P. / Upton, R.
履歴
登録2018年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,0912
ポリマ－107,8241
非ポリマー2671
水11,079615
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area38840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.740, 64.490, 116.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit delta / p110delta


分子量: 107823.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pik3cd
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O35904, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-G62 / 3-[6-[(1~{S},6~{R})-3-oxabicyclo[4.1.0]heptan-6-yl]pyridin-2-yl]phenol


分子量: 267.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus condition: 0.1 M buffer system 1 pH 6.5, 0.1 M carboxylic acids, 30% ethylene glycol/PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.973 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.7 Å / Num. obs: 80081 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 38.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.784 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7699 / CC1/2: 0.583 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoBUSTER位相決定
精密化解像度: 1.9→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU R Cruickshank DPI: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Blow DPI: 0.116 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.114
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 4006 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.176 80056 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2558 Å20 Å21.818 Å2
2---2.7063 Å20 Å2
3---1.4506 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6917 0 20 615 7552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017091HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.949577HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2518SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes175HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1011HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7091HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion882SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8620SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 300 5.18 %
Rwork0.235 5494 -
all0.2369 5794 -
obs--98.06 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.289 Å / Origin y: -14.3917 Å / Origin z: 28.9252 Å
111213212223313233
T-0.1283 Å20.0541 Å20.013 Å2--0.1191 Å2-0.0185 Å2---0.1523 Å2
L0.8338 °2-0.1415 °20.0062 °2-0.5376 °20.2693 °2--1.1601 °2
S-0.0312 Å °0.0752 Å °0.0661 Å °0.0359 Å °-0.054 Å °0.0605 Å °-0.0003 Å °-0.2544 Å °0.0853 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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