PDB-6hhs: MamM CTD E289D - Cadmium form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hhs

タイトル

MamM CTD E289D - Cadmium form

要素

Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family
Probable C-terminal region of MamM CTD E289D - Cadmium form

キーワード

METAL TRANSPORT / Cation diffusion facilitator / magnetotactic bacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

magnetosome membrane / monoatomic cation transmembrane transporter activity / iron ion transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Barber-Zucker, S. / Zarivach, R.

資金援助

イスラエル, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: MamM CTD E289D - Cadmium form
著者: Barber-Zucker, S. / Zarivach, R.

履歴

登録	2018年8月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hhs.cif.gz	246.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hhs.ent.gz	199.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hhs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/6hhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/6hhs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w5xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qek-d 2qzg-2 4lrk-3 2f4i-2 5tuh-d 5hlo-1 2q91-d 6h5k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

B: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

C: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

D: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

E: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

F: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

G: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

M: Probable C-terminal region of MamM CTD E289D - Cadmium form

ヘテロ分子

86.5 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

D: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

G: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.1 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

E: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

ヘテロ分子

F: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.1 kDa, 2 ポリマー
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5

M: Probable C-terminal region of MamM CTD E289D - Cadmium form

登録者が定義した集合体
699 Da, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.599, 94.545, 107.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.76, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-407- SO4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLY	GLY	A	A	214 - 294	4 - 84
2	1	MET	MET	GLY	GLY	B	B	214 - 294	4 - 84
1	2	HIS	HIS	GLU	GLU	A	A	213 - 292	3 - 82
2	2	HIS	HIS	GLU	GLU	C	C	213 - 292	3 - 82
1	3	HIS	HIS	GLU	GLU	A	A	213 - 292	3 - 82
2	3	HIS	HIS	GLU	GLU	D	D	213 - 292	3 - 82
1	4	HIS	HIS	GLU	GLU	A	A	213 - 292	3 - 82
2	4	HIS	HIS	GLU	GLU	E	E	213 - 292	3 - 82
1	5	HIS	HIS	ILE	ILE	A	A	213 - 293	3 - 83
2	5	HIS	HIS	ILE	ILE	F	F	213 - 293	3 - 83
1	6	HIS	HIS	ARG	ARG	A	A	213 - 291	3 - 81
2	6	HIS	HIS	ARG	ARG	G	G	213 - 291	3 - 81
1	7	MET	MET	GLU	GLU	B	B	214 - 292	4 - 82
2	7	MET	MET	GLU	GLU	C	C	214 - 292	4 - 82
1	8	MET	MET	GLU	GLU	B	B	214 - 292	4 - 82
2	8	MET	MET	GLU	GLU	D	D	214 - 292	4 - 82
1	9	MET	MET	GLU	GLU	B	B	214 - 292	4 - 82
2	9	MET	MET	GLU	GLU	E	E	214 - 292	4 - 82
1	10	MET	MET	ILE	ILE	B	B	214 - 293	4 - 83
2	10	MET	MET	ILE	ILE	F	F	214 - 293	4 - 83
1	11	MET	MET	ARG	ARG	B	B	214 - 291	4 - 81
2	11	MET	MET	ARG	ARG	G	G	214 - 291	4 - 81
1	12	HIS	HIS	GLU	GLU	C	C	213 - 292	3 - 82
2	12	HIS	HIS	GLU	GLU	D	D	213 - 292	3 - 82
1	13	HIS	HIS	GLU	GLU	C	C	213 - 292	3 - 82
2	13	HIS	HIS	GLU	GLU	E	E	213 - 292	3 - 82
1	14	HIS	HIS	GLU	GLU	C	C	213 - 292	3 - 82
2	14	HIS	HIS	GLU	GLU	F	F	213 - 292	3 - 82
1	15	HIS	HIS	ARG	ARG	C	C	213 - 291	3 - 81
2	15	HIS	HIS	ARG	ARG	G	G	213 - 291	3 - 81
1	16	SER	SER	GLU	GLU	D	D	212 - 292	2 - 82
2	16	SER	SER	GLU	GLU	E	E	212 - 292	2 - 82
1	17	HIS	HIS	GLU	GLU	D	D	213 - 292	3 - 82
2	17	HIS	HIS	GLU	GLU	F	F	213 - 292	3 - 82
1	18	HIS	HIS	ARG	ARG	D	D	213 - 291	3 - 81
2	18	HIS	HIS	ARG	ARG	G	G	213 - 291	3 - 81
1	19	HIS	HIS	GLU	GLU	E	E	213 - 292	3 - 82
2	19	HIS	HIS	GLU	GLU	F	F	213 - 292	3 - 82
1	20	HIS	HIS	ARG	ARG	E	E	213 - 291	3 - 81
2	20	HIS	HIS	ARG	ARG	G	G	213 - 291	3 - 81
1	21	HIS	HIS	ARG	ARG	F	F	213 - 291	3 - 81
2	21	HIS	HIS	ARG	ARG	G	G	213 - 291	3 - 81

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGM

#1: タンパク質	Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family / MamM protein 分子量: 11896.372 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The MamM CTD E289D protein was the only protein in crystallization drop. The M chain is probably a C-terminal tail of one of the MamM CTD E289D monomers, however, it cannot be associated with ...詳細: The MamM CTD E289D protein was the only protein in crystallization drop. The M chain is probably a C-terminal tail of one of the MamM CTD E289D monomers, however, it cannot be associated with any of chains A-G and the density map does not allow to assign the exact residues to the short peptide that its backbone is clearly observable in the density map. Therefore, a Poly-Ala sequence was fitted into the map and the alignment displayed here is incorrect (alignment is actually not avavilable). 由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: mamM, mgI491, MGR_4095 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q6NE57, UniProt: V6F235*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	Probable C-terminal region of MamM CTD E289D - Cadmium form 分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The MamM CTD E289D protein was the only protein in crystallization drop. The M chain is probably a C-terminal tail of one of the MamM CTD E289D monomers, however, it cannot be associated with ...詳細: The MamM CTD E289D protein was the only protein in crystallization drop. The M chain is probably a C-terminal tail of one of the MamM CTD E289D monomers, however, it cannot be associated with any of chains A-G and the density map does not allow to assign the exact residues to the short peptide that its backbone is clearly observable in the density map. Therefore, a Poly-Ala sequence was fitted into the map and the alignment displayed here is incorrect (alignment is actually not avavilable). 由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta

#1: タンパク質

Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family / MamM protein

分子量: 11896.372 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The MamM CTD E289D protein was the only protein in crystallization drop. The M chain is probably a C-terminal tail of one of the MamM CTD E289D monomers, however, it cannot be associated with ...
由来: (組換発現)

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
遺伝子: mamM, mgI491, MGR_4095 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q6NE57, UniProt: V6F235*PLUS

#2: タンパク質・ペプチド

Probable C-terminal region of MamM CTD E289D - Cadmium form

分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The MamM CTD E289D protein was the only protein in crystallization drop. The M chain is probably a C-terminal tail of one of the MamM CTD E289D monomers, however, it cannot be associated with ...
由来: (組換発現)

Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta

-
非ポリマー , 4種, 138分子

#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M (NH4)2SO4, 0.1M BIS-TRIS pH=6.5, 0.1M NaCl, 1.7mM CdCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→47.27 Å / Num. obs: 22985 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.273 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2990 / CC_1/2: 0.639 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W5X

3w5x

解像度: 2.7→47.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.866 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.835 / SU B: 25.817 / SU ML: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.9 / ESU R Free: 0.374 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29043	1140	5 %	RANDOM
R_work	0.24964	-	-	-
obs	0.25167	21606	98.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.972 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.58 Å²	-0 Å²	-0.45 Å²
2-	-	-2.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→47.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4516	0	73	113	4702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.014	4633
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4155
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.346	1.656	6261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	1.638	9712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.12	5	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.895	20.722	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.674	15	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.37	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	629
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	751
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.9	1.789	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.9	1.789	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.569	2.673	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.569	2.673	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.423	1.945	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.423	1.945	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.536	2.866	3346
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.925	21.112	4852
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.925	21.116	4853
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	2258	0.08
1	2	B	2258	0.08
2	1	A	2281	0.07
2	2	C	2281	0.07
3	1	A	2268	0.08
3	2	D	2268	0.08
4	1	A	2271	0.09
4	2	E	2271	0.09
5	1	A	2291	0.08
5	2	F	2291	0.08
6	1	A	2203	0.09
6	2	G	2203	0.09
7	1	B	2231	0.09
7	2	C	2231	0.09
8	1	B	2229	0.09
8	2	D	2229	0.09
9	1	B	2200	0.1
9	2	E	2200	0.1
10	1	B	2219	0.1
10	2	F	2219	0.1
11	1	B	2196	0.09
11	2	G	2196	0.09
12	1	C	2261	0.09
12	2	D	2261	0.09
13	1	C	2260	0.09
13	2	E	2260	0.09
14	1	C	2282	0.07
14	2	F	2282	0.07
15	1	C	2220	0.11
15	2	G	2220	0.11
16	1	D	2284	0.09
16	2	E	2284	0.09
17	1	D	2276	0.08
17	2	F	2276	0.08
18	1	D	2206	0.1
18	2	G	2206	0.1
19	1	E	2291	0.08
19	2	F	2291	0.08
20	1	E	2189	0.12
20	2	G	2189	0.12
21	1	F	2193	0.11
21	2	G	2193	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.697→2.767 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	72	-
R_work	0.311	1490	-
obs	-	-	93.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4883	-0.8216	0.3731	6.8147	1.9624	2.5428	-0.1002	-0.0592	-0.2641	0.0734	-0.026	0.2622	0.0686	-0.0722	0.1262	0.0089	-0.0096	0.0197	0.2602	0.0302	0.0574	-1.35	38.977	-11.497
2	3.3269	-1.1123	0.281	6.2172	0.0436	0.4839	0.0924	0.3542	0.0239	-0.3512	0.0174	-0.2925	-0.0994	0.1672	-0.1098	0.0452	-0.053	0.0451	0.3567	-0.0232	0.0974	16.644	32.726	-25.416
3	6.0906	0.7411	2.0605	3.9445	0.876	1.2768	0.2233	-0.2035	0.2302	0.1454	-0.1262	0.0509	0.0223	-0.0072	-0.0971	0.038	0.0115	0.0592	0.2718	0.0101	0.1104	-30.332	50.837	-17.231
4	6.8472	0.9695	1.8937	2.537	0.3393	2.4861	0.0879	0.3676	0.0885	-0.2876	-0.0684	-0.1689	-0.1033	0.0552	-0.0196	0.0712	0.0268	0.0549	0.2431	0.0538	0.0536	-10.029	51.922	-26.36
5	1.3428	0.1239	-0.4558	6.1409	-2.607	2.9467	0.002	0.2806	-0.2346	-0.1756	-0.0842	-0.122	0.1107	0.2552	0.0821	0.0178	0.0132	0.0125	0.2929	-0.0952	0.0821	-33.228	30.484	-23.546
6	3.0674	-0.2745	0.4799	2.0084	2.1652	3.9593	0.0541	-0.111	-0.01	-0.1793	0.0221	-0.1862	-0.0935	0.2858	-0.0762	0.0225	0.0098	0.0215	0.2477	0.0505	0.1033	-34.726	26.187	8.028
7	1.9537	0.1308	1.2458	5.8304	0.3688	6.6751	0.0305	0.5024	0.1864	-0.6564	-0.1052	0.0012	-0.2781	0.0627	0.0747	0.1161	-0.042	0.0548	0.3801	-0.0781	0.0992	5.026	21.81	-38.654
8	12.4449	2.743	2.6092	0.6063	0.5762	0.5518	-0.1868	0.4408	0.0204	-0.0424	0.133	0.0152	-0.0492	0.0947	0.0538	0.3381	0.0582	0.0282	0.3239	0.0559	0.2919	4.377	61.833	-33.429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	213 - 295
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	214 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	213 - 293
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	211 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	212 - 293
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	213 - 294
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	213 - 292
8	X-RAY DIFFRACTION	8	M	7 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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