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万見
- PDB-6hhe: Crystal structure of the medfly Odorant Binding Protein CcapOBP22... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hhe
タイトルCrystal structure of the medfly Odorant Binding Protein CcapOBP22/CcapOBP69a
要素Odorant binding protein OBP69a
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Odorant Binding Proteins / OBP / pheromone / insect olfaction
機能・相同性: / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / Odorant binding protein OBP69a
機能・相同性情報
生物種Ceratitis capitata (ハエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.516 Å
データ登録者Falchetto, M. / Ciossani, G. / Nenci, S. / Mattevi, A. / Gasperi, G. / Forneris, F.
引用ジャーナル: Insect Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural and biochemical evaluation of Ceratitis capitata odorant-binding protein 22 affinity for odorants involved in intersex communication.
著者: Falchetto, M. / Ciossani, G. / Scolari, F. / Di Cosimo, A. / Nenci, S. / Field, L.M. / Mattevi, A. / Zhou, J.J. / Gasperi, G. / Forneris, F.
履歴
登録2018年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.title
改定 1.22019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Odorant binding protein OBP69a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1454
ポリマ－13,8331
非ポリマー3123
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area6420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.030, 43.030, 136.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

PG0

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要素

#1: タンパク質 Odorant binding protein OBP69a


分子量: 13833.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ceratitis capitata (ハエ) / 遺伝子: OBP69a / プラスミド: pJexpress414
詳細 (発現宿主): N-terminal 8xHis + Prescission cleavage site
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W8W3V2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES pH 6.5, 1.6 M Ammonium Sulfate, 10% v/v 1,4-Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.516→43.03 Å / Num. obs: 20882 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.516→1.54 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Num. unique obs: 1017 / CC1/2: 0.924 / Rpim(I) all: 0.241 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OGN

3ogn


解像度: 1.516→41.036 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 983 4.72 %
Rwork0.193 --
obs0.1944 20814 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.516→41.036 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数896 0 18 79 993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3271302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.373585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.516-1.59590.26251240.22062782X-RAY DIFFRACTION100
1.5959-1.69590.22511600.20652730X-RAY DIFFRACTION100
1.6959-1.82690.2281490.20882763X-RAY DIFFRACTION100
1.8269-2.01070.22571170.19892818X-RAY DIFFRACTION100
2.0107-2.30170.22591510.18462808X-RAY DIFFRACTION100
2.3017-2.89970.19671460.19612869X-RAY DIFFRACTION100
2.8997-41.05070.22591360.18853061X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00240.0250.00020.1878-0.08250.0321-0.196-0.54690.26530.0783-0.5087-0.2981-0.0079-0.2393-0.04320.1302-0.0518-0.07490.5701-0.10540.222326.555712.2274-1.9754
20.02850.0516-0.01360.0653-0.0009-0.0105-0.3992-0.30030.5104-0.03460.1387-0.0132-0.145-0.18070.00090.12720.0363-0.03690.3476-0.020.254516.766516.3392-13.4372
30.59970.5148-0.30460.56520.06230.110.044-0.1064-0.16660.0197-0.1548-0.21280.02870.1925-0.02980.0950.00820.00790.35240.05350.209923.03622.5067-9.897
40.2608-0.3268-0.15620.1617-0.09440.1307-0.3509-0.1513-0.050.26050.1296-0.16210.36470.16340.00010.30320.0258-0.01480.19750.00470.207511.4249-5.50761.0731
50.12840.1823-0.47420.443-0.10920.46320.00150.08220.136-0.17940.0804-0.0717-0.0590.08850.00010.1644-0.0020.0470.24820.03520.224115.1483.2542-9.9818
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 13 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 26 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 56 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 57 through 79 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 80 through 115 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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