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万見
- PDB-6hh0: Yeast V-ATPase transmembrane helix 7 NMR structure in DPC micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hh0
タイトルYeast V-ATPase transmembrane helix 7 NMR structure in DPC micelles
要素V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ATPasse / transmembrane helix / DPC micelle / NMR spectroscopy
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to vacuolar membrane / cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / fungal-type vacuole / cellular hyperosmotic response ...protein localization to vacuolar membrane / cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / fungal-type vacuole / cellular hyperosmotic response / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton transmembrane transport / Neutrophil degranulation / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / ATPase binding / protein-containing complex assembly / membrane raft
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Zangger, K. / Hohlweg, W. / Wagner, G.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundW901 オーストリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: A cation-pi interaction in a transmembrane helix of vacuolar ATPase retains the proton-transporting arginine in a hydrophobic environment.
著者: Hohlweg, W. / Wagner, G.E. / Hofbauer, H.F. / Sarkleti, F. / Setz, M. / Gubensak, N. / Lichtenegger, S. / Falsone, S.F. / Wolinski, H. / Kosol, S. / Oostenbrink, C. / Kohlwein, S.D. / Zangger, K.
履歴
登録2018年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8321
ポリマ－2,8321
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2660 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform / V-ATPase a 1 subunit / V-ATPase 95 kDa subunit / Vacuolar pH protein 1 / Vacuolar proton pump a ...V-ATPase a 1 subunit / V-ATPase 95 kDa subunit / Vacuolar pH protein 1 / Vacuolar proton pump a subunit / Vacuolar proton translocating ATPase subunit a 1


分子量: 2832.328 Da / 分子数: 1 / 断片: transmembrane helix 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPH1, YOR270C / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P32563

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic12D TOCSY
131isotropic13D NOESY-N-HSQC
141isotropic12D HSQC
151isotropic13D NOESY C-HSQC

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 100 mM [U-99% 2H] Deuterated DPC, 50 mM potassium phosphate, 0.02 % sodium azide, 1 mM 13C and 15N labeled aminoacids 8 and 12 TM7 peptide, 90% H2O/10% D2O
詳細: 100 mM deuterated DPC 50 mM KPi pH 5.0 / Label: partially 13C, 15N double labeled / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMDeuterated DPC[U-99% 2H]1
50 mMpotassium phosphatenone1
0.02 %sodium azidenone1
1 mMTM7 peptide13C and 15N labeled aminoacids 8 and 121
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition / pH: 5.0 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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