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- PDB-6hgt: Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate anal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hgt
タイトルCrystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation
要素
  • Histone H3.3
  • Lysine-specific demethylase 4A
キーワードOXIDOREDUCTASE / Histone demethylase / Inhibitor / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / histone H4K20me2 reader activity / : / histone H3K36 demethylase activity / inner kinetochore ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / histone H4K20me2 reader activity / : / histone H3K36 demethylase activity / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation / muscle cell differentiation / histone H3K9 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / oocyte maturation / histone demethylase activity / nucleosomal DNA binding / nucleus organization / pericentric heterochromatin / spermatid development / single fertilization / subtelomeric heterochromatin formation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / embryo implantation / telomere organization / Interleukin-7 signaling / Inhibition of DNA recombination at telomere / negative regulation of autophagy / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / multicellular organism growth / male gonad development / fibrillar center / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / regulation of gene expression / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / positive regulation of cell growth / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / cell population proliferation / chromatin remodeling / cadherin binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Tudor domain / Tudor domain ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Tudor domain / Tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / PHD-finger / JmjC domain / JmjC domain profile. / PHD-zinc-finger like domain / jmjN domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OXALYLGLYCINE / Lysine-specific demethylase 4A / Histone H3.1 / Histone H3.3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Maw, J. / Le Bihan, Y.V. / van Montfort, R.L.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC347/A18364 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure-based design of selective, histone substrate-based inhibitors of histone lysine demethylases 4 (KDM4) subfamily
著者: Maw, J. / Le Bihan, Y.V. / Bavetsias, V. / Blagg, J.
履歴
登録2018年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4A
B: Lysine-specific demethylase 4A
C: Lysine-specific demethylase 4A
D: Lysine-specific demethylase 4A
E: Histone H3.3
F: Histone H3.3
G: Histone H3.3
H: Histone H3.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,00920
ポリマ－173,8988
非ポリマー1,11212
水8,377465
1
A: Lysine-specific demethylase 4A
E: Histone H3.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7525
ポリマ－43,4742
非ポリマー2783
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysine-specific demethylase 4A
F: Histone H3.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7525
ポリマ－43,4742
非ポリマー2783
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lysine-specific demethylase 4A
G: Histone H3.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7525
ポリマ－43,4742
非ポリマー2783
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lysine-specific demethylase 4A
H: Histone H3.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7525
ポリマ－43,4742
非ポリマー2783
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.440, 103.410, 144.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A


分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド
Histone H3.3


分子量: 1619.848 Da / 分子数: 4 / Mutation: K9R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H3F3A, H3.3A, H3F3, PP781, H3F3B, H3.3B / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P84243, UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→44.27 Å / Num. obs: 72206 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 52.57 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.153 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5294 / CC1/2: 0.56 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2oq6

2oq6


解像度: 2.33→43.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU R Cruickshank DPI: 0.389 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.378 / SU Rfree Blow DPI: 0.255 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.26
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 3503 4.85 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.252 72205 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7905 Å20 Å2-7.6188 Å2
2--3.6331 Å20 Å2
3----6.4236 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→43.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10996 0 48 465 11509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111410HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0515493HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3671SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1915HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11410HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.67
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1468SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies5HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11947SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.35 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2925 -4.98 %
Rwork0.2456 1373 -
all0.248 1445 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.2264-0.81040.64755.5552-3.08950.23120.0350.1373-0.28240.0597-0.0151-0.13890.20840.1518-0.0199-0.04-0.0014-0.0364-0.0096-0.1257-0.039424.29762.627562.1755
22.246-1.30790.09023.119-0.2642.2131-0.02410.32210.1075-0.07830.0787-0.17340.33460.2788-0.0546-0.1824-0.0273-0.0497-0.04590.0132-0.131521.699915.013353.69
34.35191.0574-3.05552.5215-1.24274.3275-0.02260.06470.41070.07890.1541-0.1501-0.13310.2076-0.1316-0.0972-0.0470.006-0.14620.0373-0.012916.280632.342159.9112
41.6009-0.2693-0.00241.98940.00382.0188-0.03230.2312-0.1808-0.27370.10420.21290.3507-0.0432-0.0719-0.096-0.0429-0.0333-0.16450.0256-0.131610.366411.615354.5163
52.03791.7562-0.71925.2095-0.62232.7692-0.00630.03070.23030.0381-0.0735-0.3522-0.29340.29340.0797-0.0482-0.0287-0.0389-0.10350.0521-0.020549.993818.458684.7553
61.3443-0.36220.09431.32710.13050.8862-0.0065-0.0401-0.05350.0265-0.0437-0.1435-0.0130.15040.0502-0.11520.0196-0.0237-0.09550.0188-0.043244.2574-1.75887.7066
71.32970.8761.36721.3663-0.28511.6017-0.03110.0442-0.1364-0.0390.01530.1879-0.0709-0.20590.0158-0.03480.0432-0.03-0.0602-0.0253-0.024333.55194.581681.8836
81.6292-0.5963-1.20350.85950.29392.610.0194-0.1561-0.06020.03960.05970.0185-0.1705-0.142-0.079-0.05640.0116-0.0447-0.1192-0.0061-0.007437.468.334993.2066
90.4773-1.67240.6240.261511.78140.0017-0.08330.1396-0.02610.10260.0014-0.1201-0.2311-0.10430.03810.0281-0.0305-0.1019-0.0311-0.015832.644324.289799.7165
101.24980.33440.2484.0333-0.82911.47510.00850.06330.28890.04880.0218-0.1557-0.38010.1482-0.0303-0.06990.0467-0.0083-0.15950.0493-0.101161.1824-3.581614.239
112.503-0.2831.13062.6192-1.6775.01280.04580.0243-0.3087-0.2931-0.0586-0.02810.140.15880.01290.01780.0282-0.0628-0.2221-0.021-0.034555.5286-24.59399.0406
121.7420.40250.43991.7675-0.03981.7790.0089-0.20220.06710.17460.10090.1865-0.18-0.0495-0.1098-0.04660.04580.0157-0.12930.0144-0.098151.4316-9.071215.5446
132.0052-0.8474-1.19690.0995-0.03562.8350.0593-0.16710.05490.07520.18920.213-0.2083-0.2342-0.2485-0.05780.00840.0156-0.11960.01120.044848.8989-5.103118.973
141.7307-2.81881.63381.20610.88670.50460.0332-0.24380.15980.08760.08130.1113-0.2461-0.2575-0.11450.11990.06220.1756-0.1778-0.1203-0.163243.891310.419524.5848
150.2434-0.0221-0.30082.78-0.07011.9921-0.0117-0.2302-0.0430.05050.0820.26110.3027-0.487-0.0703-0.1616-0.0334-0.0743-0.0117-0.0633-0.002120.612648.333518.1501
161.4842-0.2712-1.9282.96021.27674.9111-0.0294-0.0180.5035-0.23950.16720.1151-0.2854-0.2127-0.1378-0.08990.0316-0.0892-0.19640.00680.006930.587870.422410.5191
171.24120.4213-0.08971.2378-0.22951.5781-0.0116-0.04890.14480.004-0.0226-0.04220.0404-0.1540.0341-0.11140.014-0.0753-0.1209-0.0468-0.020534.002255.611917.867
181.87210.8231-1.19432.3436-0.54352.552-0.0722-0.1654-0.3064-0.0068-0.0979-0.39790.44180.30210.1701-0.12410.0433-0.0661-0.1718-0.0422-0.081937.075844.725718.8638
190.36140.5092-0.79440.6145-1.7253-0.05520.0020.0091-0.0023-0.00660.0080.02380.0016-0.0241-0.010.0833-0.0835-0.03670.03710.1368-0.11856.438320.289247.516
200.4337-0.71860.62020.0309-1.88050.1980.0023-0.0095-0.03120.062-0.03490.040.0221-0.02510.03260.07420.0055-0.0716-0.01130.1535-0.07637.9829-1.590797.0615
210.00180.398-0.00510.0518-0.1472-0.00180.0122-0.0231-0.03140.0128-0.01270.05640.00090.02030.00060.05760.0420.0411-0.04430.0163-0.030448.2362-13.950224.3963
220.0818-0.6876-0.23420.57480.7319-0.08180.00290.00160.0075-0.00570.0078-0.0068-0.00310.0306-0.01070.0490.0427-0.0776-0.0587-0.0593-0.000937.528359.566424.7218
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|5 - 26}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|27 - 78}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|79 - 124}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|125 - 354}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|7 - 53}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|54 - 226}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|227 - 274}
8X-RAY DIFFRACTION8{B|275 - 317}
9X-RAY DIFFRACTION9{B|318 - 353}
10X-RAY DIFFRACTION10{C|6 - 78}
11X-RAY DIFFRACTION11{C|79 - 124}
12X-RAY DIFFRACTION12{C|125 - 274}
13X-RAY DIFFRACTION13{C|275 - 311}
14X-RAY DIFFRACTION14{C|312 - 353}
15X-RAY DIFFRACTION15{D|10 - 70}
16X-RAY DIFFRACTION16{D|71 - 124}
17X-RAY DIFFRACTION17{D|125 - 252}
18X-RAY DIFFRACTION18{D|253 - 352}
19X-RAY DIFFRACTION19{E|7 - 13}
20X-RAY DIFFRACTION20{F|7 - 12}
21X-RAY DIFFRACTION21{G|7 - 13}
22X-RAY DIFFRACTION22{H|7 - 12}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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