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- PDB-6hf4: The structure of BoMan26B, a GH26 beta-mannanase from Bacteroides... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hf4
タイトルThe structure of BoMan26B, a GH26 beta-mannanase from Bacteroides ovatus, complexed with G1M4
要素Glycosyl hydrolase family 26
キーワードHYDROLASE / GH26 / endo-hydrolase / TIM-barrel / beta-mannanase
機能・相同性substituted mannan metabolic process / Glycoside hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / Glycoside hydrolase superfamily / Glycosyl hydrolase family 26
機能・相同性情報
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.781 Å
データ登録者Bagenholm, V. / Logan, D.T. / Stalbrand, H.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council213-2014-1254 スウェーデン
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: A surface-exposed GH26 beta-mannanase fromBacteroides ovatus: Structure, role, and phylogenetic analysis ofBoMan26B.
著者: Bagenholm, V. / Wiemann, M. / Reddy, S.K. / Bhattacharya, A. / Rosengren, A. / Logan, D.T. / Stalbrand, H.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9894
ポリマ－42,0841
非ポリマー9043
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.122, 68.363, 94.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase family 26


分子量: 42084.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (strain ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153) (バクテリア)
遺伝子: BACOVA_02093 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7LW89
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4[DGalpa1-6]DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a1122h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-1-1-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M bis-tris, 20% PEG6000, 0.2 M NaCl, 50 mM CaCl2, 10 mM di-galactosyl-mannopentaose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→47.5 Å / Num. obs: 57371 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.78→1.85 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.781→47.496 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 23.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2104 2813 4.9 %
Rwork0.1778 --
obs0.1794 57371 95.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.781→47.496 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2632 0 58 203 2893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8693865
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2032220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005476
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7808-1.81150.3795690.33491298X-RAY DIFFRACTION45
1.8115-1.84450.31671540.27312677X-RAY DIFFRACTION93
1.8445-1.87990.29681260.26952717X-RAY DIFFRACTION95
1.8799-1.91830.39411630.32042754X-RAY DIFFRACTION96
1.9183-1.960.28671540.25712708X-RAY DIFFRACTION95
1.96-2.00560.25511560.22882701X-RAY DIFFRACTION95
2.0056-2.05580.2774940.20082837X-RAY DIFFRACTION97
2.0558-2.11140.28811360.20662842X-RAY DIFFRACTION98
2.1114-2.17350.26041310.20862843X-RAY DIFFRACTION98
2.1735-2.24370.2391650.21372755X-RAY DIFFRACTION98
2.2437-2.32380.32211490.21272814X-RAY DIFFRACTION98
2.3238-2.41690.2391510.18632835X-RAY DIFFRACTION99
2.4169-2.52690.22551220.19412849X-RAY DIFFRACTION98
2.5269-2.66010.26281300.18952875X-RAY DIFFRACTION99
2.6601-2.82670.25341610.18852820X-RAY DIFFRACTION99
2.8267-3.04490.20831420.17872831X-RAY DIFFRACTION99
3.0449-3.35130.22211420.17142882X-RAY DIFFRACTION99
3.3513-3.83610.16321620.15182823X-RAY DIFFRACTION99
3.8361-4.83230.12851500.1182853X-RAY DIFFRACTION100
4.8323-47.51340.13821560.13732844X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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