PDB-6hds: Crystal Structure of apo short afifavidin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hds

タイトル

Crystal Structure of apo short afifavidin

要素

short afifavidin

キーワード

biotin binding protein / avidin / biotin / protein assembly / high affinity systems / dimeric avidins

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Afifella pfennigii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Livnah, O. / Avraham, O.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of afifavidin reveals common features of molecular assemblage in the bacterial dimeric avidins.
著者: Avraham, O. / Bayer, E.A. / Livnah, O.

履歴

登録	2018年8月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hds.cif.gz	102.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hds.ent.gz	78.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hds_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hds_full_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示
XML形式データ	6hds_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	6hds_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/6hds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/6hds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hdtC 6hdvC 3ew1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hdt-1 6jkv-2 1lqj-1 2mzz-d 4uvn-1 4mir-1 4z27-d 2j13-d 5ety-1 3uav-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: short afifavidin

B: short afifavidin

C: short afifavidin

D: short afifavidin

55.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: short afifavidin

C: short afifavidin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: short afifavidin

D: short afifavidin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.991, 64.952, 68.114
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	short afifavidin 分子量: 13886.132 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Afifella pfennigii (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A493R6W9*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.3-1.5M Ammonium Sulfate, 0.1M Acetate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→67.06 Å / Num. obs: 35450 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.7 % / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EW1

3ew1

解像度: 1.74→46.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.468 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23066	1775	5 %	RANDOM
R_work	0.18448	-	-	-
obs	0.18679	33657	95.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.983 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.74→46.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3603	0	0	136	3739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.014	3714
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.559	1.632	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.055	1.641	7056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.388	5	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.206	25.394	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.571	15	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	4.202	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4370
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	802
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.352	2.46	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.349	2.46	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.504	3.677	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.504	3.677	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.809	2.655	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.808	2.656	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.162	3.882	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.537	29.294	4179
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.523	29.194	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	130	-
R_work	0.284	2518	-
obs	-	-	97.21 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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