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- PDB-6hcu: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falcip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hcu
タイトルCrystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falciparum bound to a difluoro cyclohexyl chromone ligand
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードTRANSFERASE / ADENYLYLTRANSFERASE ACTIVITY / TRNA BINDING / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FYB / HISTIDINE / LYSINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Tamjar, J. / Robinson, D.A. / Baragana, B. / Norcross, N. / Forte, B. / Walpole, C. / Gilbert, I.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1032548 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Lysyl-tRNA synthetase as a drug target in malaria and cryptosporidiosis.
著者: Baragana, B. / Forte, B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Bueren-Calabuig, J.A. / Pisco, J.P. / Peet, C. / Dranow, D.M. / Robinson, D.A. / Jansen, C. / Norcross, N.R. / Vinayak, S. / ...著者: Baragana, B. / Forte, B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Bueren-Calabuig, J.A. / Pisco, J.P. / Peet, C. / Dranow, D.M. / Robinson, D.A. / Jansen, C. / Norcross, N.R. / Vinayak, S. / Anderson, M. / Brooks, C.F. / Cooper, C.A. / Damerow, S. / Delves, M. / Dowers, K. / Duffy, J. / Edwards, T.E. / Hallyburton, I. / Horst, B.G. / Hulverson, M.A. / Ferguson, L. / Jimenez-Diaz, M.B. / Jumani, R.S. / Lorimer, D.D. / Love, M.S. / Maher, S. / Matthews, H. / McNamara, C.W. / Miller, P. / O'Neill, S. / Ojo, K.K. / Osuna-Cabello, M. / Pinto, E. / Post, J. / Riley, J. / Rottmann, M. / Sanz, L.M. / Scullion, P. / Sharma, A. / Shepherd, S.M. / Shishikura, Y. / Simeons, F.R.C. / Stebbins, E.E. / Stojanovski, L. / Straschil, U. / Tamaki, F.K. / Tamjar, J. / Torrie, L.S. / Vantaux, A. / Witkowski, B. / Wittlin, S. / Yogavel, M. / Zuccotto, F. / Angulo-Barturen, I. / Sinden, R. / Baum, J. / Gamo, F.J. / Maser, P. / Kyle, D.E. / Winzeler, E.A. / Myler, P.J. / Wyatt, P.G. / Floyd, D. / Matthews, D. / Sharma, A. / Striepen, B. / Huston, C.D. / Gray, D.W. / Fairlamb, A.H. / Pisliakov, A.V. / Walpole, C. / Read, K.D. / Van Voorhis, W.C. / Gilbert, I.H.
履歴
登録2018年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,02311
ポリマ－117,4142
非ポリマー1,6099
水17,402966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10940 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area39870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.137, 95.344, 166.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase


分子量: 58706.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1350100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IDJ8, lysine-tRNA ligase

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非ポリマー , 6種, 975分子

#2: 化合物 ChemComp-FYB / ~{N}-[[4,4-bis(fluoranyl)-1-oxidanyl-cyclohexyl]methyl]-6-fluoranyl-4-oxidanylidene-chromene-2-carboxamide


分子量: 355.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16F3NO4
#3: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#6: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 966 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 % / 解説: Plate
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 2 % (v/v) Tascimate pH 6.0, 20 % (w/v) PEG 3350
PH範囲: 5.5-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.074 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.074 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→83 Å / Num. obs: 148069 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.62→1.66 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.59 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H02

4h02


解像度: 1.62→82.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.298 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.095
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 7280 4.9 %RANDOM
Rwork0.1827 ---
obs0.1848 139948 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.21 Å2 / Biso mean: 25.892 Å2 / Biso min: 7.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→82.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7860 0 107 966 8933
Biso mean--29.29 37.03 -
残基数----970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0198322
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2451.97611280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.181317970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.16851012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03524.296398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.301151472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9961543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.21220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0219089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021694
LS精密化 シェル解像度: 1.619→1.662 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 501 -
Rwork0.338 10058 -
all-10559 -
obs--97.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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