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- PDB-6hch: STRUCTURE OF GLUA2 LIGAND-BINDING DOMAIN (S1S2J-L504Y-N775S) IN C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hch
タイトルSTRUCTURE OF GLUA2 LIGAND-BINDING DOMAIN (S1S2J-L504Y-N775S) IN COMPLEX WITH GLUTAMATE AND TDPAM01 AT 1.6 A RESOLUTION.
要素Glutamate receptor 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ampa receptor / gluA2 / ligand-binding domain / glua2-S1S2J-L504Y-N775S / signaling protein / positive allosteric modulator
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / glutamate receptor binding / glutamate-gated receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to fungicide / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor binding / presynaptic active zone membrane / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / somatodendritic compartment / glutamate-gated calcium ion channel activity / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite membrane / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / establishment of protein localization / synaptic membrane / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / terminal bouton / Schaffer collateral - CA1 synapse / cerebral cortex development / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / dendritic spine / perikaryon / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-D45 / GLUTAMIC ACID / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Laulumaa, S. / Hansen, K.V. / Frydenvang, K. / Kastrup, J.S.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structures of Potent Dimeric Positive Allosteric Modulators at the Ligand-Binding Domain of the GluA2 Receptor.
著者: Laulumaa, S. / Hansen, K.V. / Masternak, M. / Drapier, T. / Francotte, P. / Pirotte, B. / Frydenvang, K. / Kastrup, J.S.
履歴
登録2018年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,55545
ポリマ－87,9053
非ポリマー3,65042
水14,448802
1
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,72427
ポリマ－58,6032
非ポリマー2,12125
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子

C: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,66236
ポリマ－58,6032
非ポリマー3,05834
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.630, 163.580, 47.528
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...
21(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...
31(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A1 - 15
121(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A17
131(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A20 - 23
141(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A0
151(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A1
161(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A109 - 115
171(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A165 - 175
181(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A1 - 263
191(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A1195
1101(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A197
1111(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A197
1121(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A2
1131(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A218 - 2221
1141(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A223 - 23
1151(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A233 - 239
1161(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A241 - 245
1171(chain A and (resid 1 through 15 or resid 17...A247 - 262
211(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B1 - 15
221(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B17
231(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B20 - 23
241(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B2
251(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B0
261(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B78 - 106
271(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B1 - 262
281(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B165 - 175
291(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B197
2101(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B197
2111(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B200 - 208
2121(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B211 - 216
2131(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B223 - 231
2141(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B223 - 231
2151(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B241 - 245
2161(chain B and (resid 1 through 15 or resid 17...B247 - 262
311(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...C1 - 15
321(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...C17
331(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...C20
341(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...C78 - 1009
351(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...C117 - 163
361(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...C165 - 175
371(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...C185 - 195
381(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...C200 - 208
391(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...C223 - 231
3101(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...C233 - 239
3111(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...C241 - 245
3121(chain C and (resid 1 through 15 or resid 17...C247 - 262

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2


分子量: 29301.729 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NATIVE GLUA2 IS A MEMBRANE PROTEIN. THE CRYSTALLIZED PROTEIN IS A L540Y-N775S-MUTANT OF THE GLUA2 LIGAND-BINDING DOMAIN. TRANSMEMBRANE REGIONS ARE REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (RESIDUES 118- ...詳細: NATIVE GLUA2 IS A MEMBRANE PROTEIN. THE CRYSTALLIZED PROTEIN IS A L540Y-N775S-MUTANT OF THE GLUA2 LIGAND-BINDING DOMAIN. TRANSMEMBRANE REGIONS ARE REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (RESIDUES 118-119) AND GLY1-ALA2 IS A CLONING REMNANT. THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINUOUSLY WITH REFERENCE DATABASE (413-527, 653-797).
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: P19491

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非ポリマー , 8種, 844分子

#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-D45 / 6,6'-(Ethane-1,2-diyl)bis(4-methyl-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide)


分子量: 422.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N4O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% PEG4000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→49.24 Å / Num. all: 118901 / Num. obs: 118901 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 19.65 Å2 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.104 / Rsym value: 0.1 / Net I/av σ(I): 4.1 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 1579323
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.6-1.6913.40.850.9171750.2390.8830.85100
1.69-1.7912.70.5581.3162310.1620.5810.558100
1.79-1.9112.60.3571.8153230.1040.3720.357100
1.91-2.0712.80.2242.6142740.0650.2330.224100
2.07-2.2613.90.1463.9131520.040.1520.146100
2.26-2.5313.90.1194.4119490.0330.1240.119100
2.53-2.9213.70.0985.1105740.0270.1010.098100
2.92-3.5813.60.0746.790330.0210.0770.074100
3.58-5.0613.80.0598.870770.0170.0610.059100
5.06-49.2412.60.0637.741130.0190.0660.06399.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FTJ

1ftj


解像度: 1.6→49.24 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.57 / 位相誤差: 16.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1783 5882 4.95 %
Rwork0.1549 --
obs0.1561 118768 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.69 Å2 / Biso mean: 28.966 Å2 / Biso min: 10.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6135 0 215 815 7165
Biso mean--47.47 34.49 -
残基数----791
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3307X-RAY DIFFRACTION6.12TORSIONAL
12B3307X-RAY DIFFRACTION6.12TORSIONAL
13C3307X-RAY DIFFRACTION6.12TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.6-1.61820.22141970.205837303927
1.6182-1.63720.21141850.192837683953
1.6372-1.65720.23522200.191636513871
1.6572-1.67820.20632300.186636503880
1.6782-1.70030.20682050.182937483953
1.7003-1.72350.16681810.173837033884
1.7235-1.74820.21951800.172137353915
1.7482-1.77430.21311850.170637443929
1.7743-1.8020.20121800.182437263906
1.802-1.83150.21932190.179837343953
1.8315-1.86310.20131870.16936773864
1.8631-1.8970.19341890.16137543943
1.897-1.93350.19141850.157137283913
1.9335-1.9730.18551950.160337833978
1.973-2.01590.181750.150137123887
2.0159-2.06270.17661920.145437733965
2.0627-2.11430.191960.148436923888
2.1143-2.17150.16382000.148737933993
2.1715-2.23540.17882260.144636993925
2.2354-2.30760.16911870.143737573944
2.3076-2.390.17171920.147937823974
2.39-2.48570.17961990.151737653964
2.4857-2.59880.19352130.150737373950
2.5988-2.73580.16862130.146637633976
2.7358-2.90720.17681870.153637953982
2.9072-3.13170.17332060.152838064012
3.1317-3.44680.18311800.152938524032
3.4468-3.94530.14821820.140938714053
3.9453-4.96990.14731870.128238794066
4.9699-49.26310.19652090.190740794288
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2667-0.0747-0.02550.2045-0.1450.11-0.0134-0.01340.11970.0947-0.01120.07110.01360.028900.1314-0.00730.00310.1337-0.00120.1353-49.482.996615.3644
20.14160.0571-0.01470.09180.01410.0351-0.0080.14520.1448-0.41910.1737-0.0729-0.27980.0505-0.00040.225-0.03030.04850.25020.02330.1916-41.108681.8962-3.948
30.8454-0.14980.02570.8706-0.2070.94850.0057-0.02530.01650.0473-0.0119-0.1131-0.0510.1077-00.127-0.0074-0.00230.14570.00270.1351-36.497337.65563.2176
40.8257-0.1986-0.59630.57510.2510.8013-0.01940.0203-0.0776-0.037-0.03310.01320.0370.03500.14680.0135-0.01180.13160.00950.1431-39.131325.7919-10.8436
50.4977-0.2529-0.51750.61380.09760.5695-0.0122-0.0465-0.1641-0.0894-0.02970.02890.0997-0.086600.2268-0.0558-0.02760.1997-0.0070.2097-67.47578.23490.244
60.661-0.02730.27830.3159-0.03730.73280.0069-0.04810.0254-0.03720.00530.0221-0.03-0.104500.1494-0.0162-0.00860.1556-0.00430.1511-67.761124.78660.3009
70.9638-0.2119-0.22740.54410.11910.9420.04410.0220.31270.02390.00480.0944-0.0561-0.28510.00310.19890.00940.00210.2161-0.00050.2673-72.907632.816-14.0511
80.9031-0.04930.24960.65-0.36070.2376-0.00950.0905-0.0954-0.12840.0146-0.13820.09540.0013-0.00010.1995-0.030.01080.1605-0.0270.171-59.276417.9113-7.4915
90.53670.43580.17150.5526-0.15390.6859-0.0330.0279-0.02980.03780.0455-0.08340.01950.2799-0.00030.12360.0140.00780.2282-0.01590.1479-35.027675.439210.5401
100.1053-0.1135-0.03250.11150.03250.48670.003-0.0685-0.12160.18280.036-0.07440.16980.0925-00.17550.02150.00710.1739-0.00730.169-42.297968.757315.4768
110.4365-0.2711-0.14480.24570.20960.2399-0.0761-0.0833-0.0534-0.00320.10220.01260.43760.12660.0540.2272-0.01050.01240.12810.04390.1371-51.051861.708518.747
120.0678-0.06710.18740.21010.03030.2805-0.0394-0.0164-0.010.00250.0160.03110.0290.0244-00.131-0.00150.01090.1460.00310.1361-51.994372.352610.2683
130.59340.2824-0.22720.87210.25890.2579-0.00910.03-0.02320.041-0.02160.20090.1022-0.0081-0.00040.1406-0.00090.00840.12590.00230.1831-59.46361.4487-4.8319
140.0537-0.0049-0.09970.16170.10620.3398-0.04730.05540.00120.0988-0.02580.14290.154-0.023800.1726-0.00340.02230.13210.00170.2264-58.742355.6575-1.2464
150.33350.0061-0.07370.0853-0.01940.1158-0.003-0.0672-0.07950.0078-0.0443-0.09390.04870.0957-0.00020.14870.00460.01750.14250.00680.1287-47.23565.1374-6.8894
160.09660.1197-0.03250.2580.21250.16140.049-0.11970.0919-0.1483-0.00380.007-0.1390.12350.00010.18250.00040.00090.2160.00790.1495-50.24870.7773-9.5705
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 218 through 244 )C218 - 244
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 245 through 263 )C245 - 263
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1 through 93 )A1 - 93
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 94 through 263 )A94 - 263
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 47 )B1 - 47
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 48 through 123 )B48 - 123
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 124 through 202 )B124 - 202
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 203 through 262 )B203 - 262
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 47 )C1 - 47
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 48 through 65 )C48 - 65
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 66 through 79 )C66 - 79
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 80 through 116 )C80 - 116
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 117 through 152 )C117 - 152
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 153 through 173 )C153 - 173
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 174 through 202 )C174 - 202
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 203 through 217 )C203 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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