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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hc7
タイトルThe crystal structure of BSAP, a zinc aminopeptidase from Bacillus subtilis (medium resolution)
要素Aminopeptidase Y (Arg Lys Leu preference)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / aminopeptidase / bacillus subtilis / PA-domain / zinc enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


aminopeptidase B / bacterial leucyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M28 family / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Peptidase M28 / Peptidase family M28
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Aminopeptidase Y (Arg Lys Leu preference) / Aminopeptidase YwaD
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Alhadeff, R. / Lansky, S. / Feinberg, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of BSAP, a zinc aminopeptidase from Bacillus subtilis (medium resolution)
著者: Alhadeff, R. / Faygenboim, R. / Lansky, S. / Rogoulenko, E. / Cohen, T. / Fundoiano-Hershcovitz, Y. / Feinberg, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2018年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase Y (Arg Lys Leu preference)
B: Aminopeptidase Y (Arg Lys Leu preference)
C: Aminopeptidase Y (Arg Lys Leu preference)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,61621
ポリマ－148,5453
非ポリマー1,07018
水6,233346
1
A: Aminopeptidase Y (Arg Lys Leu preference)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9337
ポリマ－49,5151
非ポリマー4176
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aminopeptidase Y (Arg Lys Leu preference)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8727
ポリマ－49,5151
非ポリマー3576
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Aminopeptidase Y (Arg Lys Leu preference)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8117
ポリマ－49,5151
非ポリマー2966
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-329 kcal/mol
Surface area49880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.833, 225.833, 42.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Aminopeptidase Y (Arg Lys Leu preference)


分子量: 49515.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_2172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164UP62, UniProt: P25152*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 364分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 2K MME, 0.1M LiSO4, 4mM MnCl2, 0.1M acetate pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.282 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→74 Å / Num. obs: 43610 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / % possible all: 86.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CP7

1cp7


解像度: 2.5→73.921 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 2170 4.98 %
Rwork0.1777 --
obs0.1814 43610 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→73.921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9323 0 39 346 9708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099515
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17212863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5413521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.55820.30091250.21942513X-RAY DIFFRACTION92
2.5582-2.62220.32131340.21392728X-RAY DIFFRACTION98
2.6222-2.69310.27751420.20482729X-RAY DIFFRACTION100
2.6931-2.77230.33281460.22582741X-RAY DIFFRACTION100
2.7723-2.86180.34871460.22872766X-RAY DIFFRACTION100
2.8618-2.96410.30011430.21462723X-RAY DIFFRACTION100
2.9641-3.08280.28561350.21182778X-RAY DIFFRACTION100
3.0828-3.22310.29311610.2072756X-RAY DIFFRACTION100
3.2231-3.3930.26451340.19532769X-RAY DIFFRACTION100
3.393-3.60560.24481420.17572796X-RAY DIFFRACTION100
3.6056-3.88390.25491540.16842791X-RAY DIFFRACTION100
3.8839-4.27470.21641280.15222805X-RAY DIFFRACTION100
4.2747-4.89320.20671610.13662778X-RAY DIFFRACTION100
4.8932-6.16450.22951690.16392831X-RAY DIFFRACTION100
6.1645-73.95350.20241500.15522936X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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