PDB-6hc6: The structure of BSAP, a zinc aminopeptidase from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hc6

タイトル

The structure of BSAP, a zinc aminopeptidase from Bacillus subtilis

要素

Aminopeptidase YwaD

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / aminopeptidase / zinc binding protein / geobacillus stearothermophilus / PA-domain

機能・相同性

機能・相同性情報

aminopeptidase B / bacterial leucyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Rogoulenko, E. / Lansky, S. / Faygenboim, R. / Cohen, T. / Alhadeff, R. / Shoham, Y. / Shoham, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Alhadeff, R. / Faygenboim, R. / Lansky, S. / Rogoulenko, E. / Cohen, T. / Fundoiano-Hershcovitz, Y. / Feinberg, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.

履歴

登録	2018年8月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月15日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hc6.cif.gz	504.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hc6.ent.gz	418.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hc6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hc6_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hc6_full_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示
XML形式データ	6hc6_validation.xml.gz	54.8 KB	表示
CIF形式データ	6hc6_validation.cif.gz	81.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hc6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cp7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hc7-1 6hc7-3 5n2i-2 6hc7-2 4cbh-1 4jes-d 4fq5-d 5gk9-d 2oqo-1 1vpa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Aminopeptidase YwaD

B: Aminopeptidase YwaD

C: Aminopeptidase YwaD

ヘテロ分子

150 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminopeptidase YwaD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
49.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aminopeptidase YwaD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Aminopeptidase YwaD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	224.922, 224.922, 42.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Aminopeptidase YwaD / Arginyl aminopeptidase / BSAP / Leucyl aminopeptidase 分子量: 49515.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 遺伝子: ywaD, BSU38470, ipa-8r / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P25152, aminopeptidase B, bacterial leucyl aminopeptidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1047 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20% PEG 2K MME, 0.1M LiSO4, 4mM MnCl2, 0.1M acetate pH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→48.7 Å / Num. obs: 120817 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.1089 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CP7

1cp7

解像度: 1.77→48.697 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2027	2902	2.4 %
R_work	0.1647	-	-
obs	0.1656	120790	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→48.697 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9384	0	88	1047	10519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9702
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.823	13107
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.463	8158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1705

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.799	0.4419	159	0.3643	5476	X-RAY DIFFRACTION	100
1.799-1.8301	0.2579	98	0.2457	5618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8301-1.8633	0.2749	127	0.2078	5583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8633-1.8992	0.2153	161	0.1906	5512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8992-1.9379	0.2204	137	0.1915	5627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9379-1.9801	0.2294	156	0.1905	5470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9801-2.0262	0.2202	143	0.1912	5653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0262-2.0768	0.1992	165	0.1845	5498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0768-2.133	0.2117	111	0.1729	5647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.133-2.1957	0.2071	126	0.1693	5568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1957-2.2666	0.2387	160	0.1687	5592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2666-2.3476	0.2145	143	0.1739	5603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3476-2.4416	0.2282	123	0.1716	5569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4416-2.5527	0.1988	154	0.1665	5590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5527-2.6873	0.2193	140	0.1687	5649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6873-2.8557	0.2248	107	0.1744	5643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8557-3.0761	0.2012	127	0.1702	5646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0761-3.3856	0.1898	158	0.1624	5617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3856-3.8753	0.1785	130	0.1424	5743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8753-4.8818	0.1655	137	0.1254	5691	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8818-48.7155	0.1766	140	0.152	5893	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1051	-1.6334	-0.0946	4.1191	0.9881	3.0931	-0.0085	-0.1482	-0.5333	0.328	0.0022	0.0083	0.2138	-0.0216	0.025	0.1448	-0.0173	-0.0412	0.1725	0.0389	0.2181	-81.5937	404.9178	51.1234
2	4.3247	-1.9137	-0.1618	2.1547	-0.1535	0.5275	0.0452	0.0833	0.3156	0.146	0.0899	0.1429	-0.0878	-0.0028	-0.14	0.177	-0.0067	0.0326	0.2038	0.0123	0.2373	-98.5576	431.0314	52.4671
3	2.7719	-0.1863	-0.3559	1.7429	0.0945	1.482	0.0637	0.5376	-0.0078	-0.0764	0.002	-0.2225	0.0379	0.0975	-0.0383	0.116	0.0214	-0.0189	0.2803	-0.0249	0.1485	-76.2446	415.3923	40.8973
4	1.1935	-0.2005	0.089	1.3379	-0.0082	1.3784	-0.016	-0.3056	0.1134	0.1674	0.0975	0.1483	-0.1223	-0.2779	-0.0606	0.1516	0.0105	0.036	0.2365	-0.0088	0.1369	-54.3061	384.6274	56.936
5	1.7971	-0.0295	0.0356	0.6118	-0.27	0.2574	-0.0347	0.0229	0.0141	0.0103	0.327	-0.7715	-0.1199	0.3275	-0.1965	0.2533	-0.0257	0.0097	0.3552	-0.2747	0.7306	-23.1941	391.9228	53.5795
6	1.6229	0.3061	-0.2972	2.1086	-0.0738	1.1854	0.1118	-0.4816	-0.0778	0.206	0.0213	-0.0407	0.1104	-0.1299	-0.0527	0.1319	-0.0072	-0.0172	0.1891	-0.0015	0.1077	-47.3001	376.9954	58.3121
7	1.7105	0.1004	0.5004	1.5925	-0.1685	1.3561	0.0431	0.0355	-0.177	-0.1636	0.0947	0.1471	0.1438	-0.1253	-0.1092	0.1369	-0.0423	-0.0248	0.1545	0.0055	0.1114	-52.3686	374.8414	44.7967
8	1.4832	0.6154	0.4546	1.3544	-0.9789	2.1618	-0.0428	0.2518	0.1449	-0.5333	0.0536	-0.0772	-0.143	0.06	0.01	0.2023	-0.0202	-0.004	0.1797	0.0013	0.1174	-47.6417	388.1086	39.8954
9	3.7665	0.6041	0.2942	2.5796	-0.0838	1.9977	0.0309	-0.0169	-0.2756	-0.2256	0.1708	0.0093	0.1024	-0.1567	-0.1542	0.1539	-0.0343	-0.0056	0.1614	-0.0185	0.0801	-53.0824	376.6458	41.3738
10	1.3625	0.3591	-0.5701	1.5166	-0.3496	1.6056	0.0933	-0.1717	0.1458	0.1807	-0.0416	-0.1512	-0.1173	0.2095	-0.0385	0.1595	-0.0468	-0.0227	0.2717	-0.0605	0.1481	-85.6838	378.012	47.3875
11	1.4819	-0.5531	-0.08	1.2165	-0.3334	1.431	0.2559	-0.2613	-0.6399	0.6416	0.0787	-0.6639	0.3624	0.2596	-0.2146	0.4004	-0.0259	-0.2747	0.3497	-0.0216	0.5395	-94.2849	358.1161	56.3547
12	0.7317	-0.1576	0.2889	0.6647	0.4366	0.5031	0.4261	0.1201	-0.5966	0.3294	0.1969	-0.7706	0.553	0.3789	0.166	0.3393	0.2134	-0.4807	0.1513	-0.0238	1.0468	-97.639	342.8023	45.304
13	1.6721	0.1557	0.2262	2.289	-0.1304	1.4493	0.1097	0.02	0.0908	0.0433	-0.004	0.0871	-0.0005	-0.0422	-0.0906	0.1223	-0.0243	0.0046	0.1904	-0.0225	0.0986	-98.8996	375.7287	41.3454
14	1.52	-0.3742	0.0031	2.3001	-0.2108	1.577	0.0577	0.2191	-0.0693	-0.2816	0.0169	0.0769	0.1347	0.0251	-0.075	0.1607	-0.0169	-0.0159	0.2344	-0.0354	0.1034	-93.2776	372.2008	34.1361

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 39 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 84 through 234 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 235 through 455 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 39 through 104 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 105 through 211 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 212 through 250 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 251 through 381 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 382 through 411 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 412 through 455 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 39 through 82 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 83 through 124 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 125 through 211 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 212 through 381 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 382 through 455 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)