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- PDB-6hbi: SCAPHARCA DIMERIC HEMOGLOBIN, MUTANT T72V, DEOXY FORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hbi
タイトルSCAPHARCA DIMERIC HEMOGLOBIN, MUTANT T72V, DEOXY FORM
要素HEMOGLOBIN
キーワードOXYGEN TRANSPORT / HEME / RESPIRATORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Scapharca inaequivalvis (無脊椎動物)
手法X線回折 / ISOMORPHOUS MOLECULAR REPLACEMENT / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Royer Junior, W.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Mutational destabilization of the critical interface water cluster in Scapharca dimeric hemoglobin: structural basis for altered allosteric activity.
著者: Pardanani, A. / Gambacurta, A. / Ascoli, F. / Royer Jr., W.E.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Ordered Water Molecules as Key Allosteric Mediators in a Cooperative Dimeric Hemoglobin
著者: Royer Junior, W.E. / Pardanani, A. / Gibson, Q.H. / Peterson, E.S. / Friedman, J.M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: High-Resolution Crystallographic Analysis of a Co-Operative Dimeric Hemoglobin
著者: Royer Junior, W.E.
履歴
登録1998年6月25日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN
B: HEMOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1644
ポリマ－31,9312
非ポリマー1,2332
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area12350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.900, 44.410, 144.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.3511, -0.3203, -0.8798), (-0.3096, -0.8471, 0.432), (-0.8837, 0.424, 0.1982)
ベクター: 31.19, 12.99, 18.27)

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN


分子量: 15965.331 Da / 分子数: 2 / 変異: T72V / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SCAPHARCA DIMERIC HEMOGLOBIN, HEME GROUP, PROTOPORPHYRIN IX IRON
由来: (組換発現) Scapharca inaequivalvis (無脊椎動物)
プラスミド: PCS26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110LACIQ L8 / 参照: UniProt: P02213
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 8.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.1M NA/K PHOSPHATE AT PH 8.5
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: batch method / 詳細: Royer Junior, W.E., (1994) J.Mol.Biol., 235, 657.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140-50 mg/mlhemoglobin11
22.1-2.3 Mphosphate11

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 24855 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.089
反射
*PLUS
Num. measured all: 140113

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
RIGAKUデータ削減
RIGAKUデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS MOLECULAR REPLACEMENT
開始モデル: PDB ENTRY 4SDH

4sdh


解像度: 1.8→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2446 10 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.188 22409 90 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2232 0 86 186 2504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.17
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d17.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg17.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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