PDB-6ha7: Crystal structure of the BiP NBD and MANF complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ha7

タイトル

Crystal structure of the BiP NBD and MANF complex

要素

Endoplasmic reticulum chaperone BiP
Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor

キーワード

CHAPERONE / MANF / BiP / NBD / NDI / ARMET / HSP70

機能・相同性

機能・相同性情報

vasoconstriction of artery involved in ischemic response to lowering of systemic arterial blood pressure / regulation of response to endoplasmic reticulum stress / ATF6-mediated unfolded protein response / sulfatide binding / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / sarcoplasmic reticulum lumen / Platelet degranulation / post-translational protein targeting to membrane, translocation / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / negative regulation of protein-containing complex assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Yan, Y. / Ron, D.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: MANF antagonizes nucleotide exchange by the endoplasmic reticulum chaperone BiP.
著者: Yan, Y. / Rato, C. / Rohland, L. / Preissler, S. / Ron, D.

履歴

登録	2018年8月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ha7.cif.gz	416.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ha7.ent.gz	341.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ha7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6ha7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6ha7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h9uSC 6habC 2w51S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1aup-d 3l4i-1 5fpn-1 2qw9-2 7nqx-2 4fsv-d 4i2a-d 3l6q-2 4ar9-1 4i29-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (9) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoplasmic reticulum chaperone BiP

C: Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor

B: Endoplasmic reticulum chaperone BiP

D: Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor

ヘテロ分子

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoplasmic reticulum chaperone BiP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Single component went through gel filtration column and both appeared as monomer.
42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Endoplasmic reticulum chaperone BiP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.420, 60.960, 96.110
Angle α, β, γ (deg.)	81.13, 88.33, 74.33
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LEU	LEU	A	A	27 - 405	1 - 379
2	1	SER	SER	LEU	LEU	B	C	27 - 405	1 - 379
1	2	ARG	ARG	ALA	ALA	C	B	23 - 175	2 - 154
2	2	ARG	ARG	ALA	ALA	D	D	23 - 175	2 - 154

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Endoplasmic reticulum chaperone BiP / 78 kDa glucose-regulated protein / GRP-78 / Binding-immunoglobulin protein / BiP / Heat shock ...78 kDa glucose-regulated protein / GRP-78 / Binding-immunoglobulin protein / BiP / Heat shock protein 70 family protein 5 / HSP70 family protein 5 / Heat shock protein family A member 5 / Immunoglobulin heavy chain-binding protein 分子量: 42644.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: HSPA5, GRP78, I79_019946 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G3I8R9, non-chaperonin molecular chaperone ATPase
#2: タンパク質	Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor / Arginine-rich protein / Protein ARMET 分子量: 18225.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Manf, Armet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CXI5
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 7% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl pH7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→36.52 Å / Num. obs: 43348 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.49→2.55 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3227 / CC_1/2: 0.617 / R_pim(I) all: 0.707 / R_rim(I) all: 0.999 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6H9U, 2W51

6h9u

2w51

解像度: 2.49→36.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 30.646 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.574 / ESU R Free: 0.291 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25608	2085	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22636	-	-	-
obs	0.22782	41261	98.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.258 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.67 Å²	-1.18 Å²	-0.53 Å²
2-	-	-2.37 Å²	-0.55 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.49→36.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8214	0	8	13	8235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.014	8352
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.794	1.66	11271
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.686	1.647	18073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.303	5	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.83	23.365	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.654	15	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.941	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.033	0.2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	9372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.756	5.207	4258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.756	5.207	4257
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.326	7.809	5312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.326	7.809	5313
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.665	5.269	4094
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.665	5.269	4094
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.175	7.87	5960
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.061	59.819	8682
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.061	59.824	8683
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11516	0.06
1	2	B	11516	0.06
2	1	C	4295	0.08
2	2	D	4295	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.49→2.554 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	135	-
R_work	0.33	3070	-
obs	-	-	98.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3161	-0.6575	-0.6098	2.7404	0.8963	2.0371	-0.0044	0.0837	-0.1494	0.0754	0.014	0.2169	0.2384	-0.1631	-0.0096	0.0366	-0.0289	-0.0117	0.1057	0.0483	0.0637	-19.4489	-6.6026	2.1582
2	4.0451	1.4324	-1.082	0.5691	-0.5297	0.7794	-0.0557	-0.1657	-0.0093	-0.0485	-0.0527	-0.0645	0.08	0.1413	0.1083	0.0144	0.0001	0.0347	0.1324	0.0372	0.2077	-1.6069	29.6312	16.9017
3	1.1383	0.6671	-0.3062	2.0333	-0.4011	2.6968	0.0915	0.0909	0.1248	0.2442	-0.0442	-0.1237	-0.0029	0.1665	-0.0473	0.0304	0.0011	-0.0152	0.0614	-0.0169	0.0732	-33.2153	13.0531	55.869
4	1.1013	0.738	0.5103	2.5445	2.6388	3.1037	-0.0208	0.1004	0.0102	-0.0879	-0.1311	0.3532	-0.084	-0.3205	0.1519	0.1751	-0.0235	-0.0084	0.156	0.0642	0.2644	-60.3921	-20.5243	56.1041

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	27 - 406
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	23 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	27 - 407
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	22 - 176

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関連情報:EMDBヘッダ

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