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- PDB-6h9u: Crystal structure of the BiP NBD and MANF SAP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h9u
タイトルCrystal structure of the BiP NBD and MANF SAP complex
要素
  • Endoplasmic reticulum chaperone BiP
  • Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor
キーワードCHAPERONE / MANF / BiP / NDI / HSP70 / ARMET
機能・相同性
機能・相同性情報


vasoconstriction of artery involved in ischemic response to lowering of systemic arterial blood pressure / regulation of response to endoplasmic reticulum stress / sulfatide binding / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / sarcoplasmic reticulum lumen / Platelet degranulation / post-translational protein targeting to membrane, translocation / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / response to unfolded protein / negative regulation of protein-containing complex assembly ...vasoconstriction of artery involved in ischemic response to lowering of systemic arterial blood pressure / regulation of response to endoplasmic reticulum stress / sulfatide binding / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / sarcoplasmic reticulum lumen / Platelet degranulation / post-translational protein targeting to membrane, translocation / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / response to unfolded protein / negative regulation of protein-containing complex assembly / growth factor activity / ATP-dependent protein folding chaperone / melanosome / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ARMET, C-terminal / ARMET, N-terminal / ARMET-like / ARMET, C-terminal / ARMET, N-terminal / SAP domain / Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / SAP domain superfamily / Defensin A-like - #30 ...ARMET, C-terminal / ARMET, N-terminal / ARMET-like / ARMET, C-terminal / ARMET, N-terminal / SAP domain / Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / SAP domain superfamily / Defensin A-like - #30 / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / Endoplasmic reticulum chaperone BiP / Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Yan, Y. / Ron, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust200848/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust100140 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: MANF antagonizes nucleotide exchange by the endoplasmic reticulum chaperone BiP.
著者: Yan, Y. / Rato, C. / Rohland, L. / Preissler, S. / Ron, D.
履歴
登録2018年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoplasmic reticulum chaperone BiP
B: Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9264
ポリマ－47,7692
非ポリマー1572
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Two components ran through gel filtration column separately, both of which were shown as monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.310, 66.750, 44.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-687-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endoplasmic reticulum chaperone BiP / 78 kDa glucose-regulated protein / GRP-78 / Binding-immunoglobulin protein / BiP / Heat shock ...78 kDa glucose-regulated protein / GRP-78 / Binding-immunoglobulin protein / BiP / Heat shock protein 70 family protein 5 / HSP70 family protein 5 / Heat shock protein family A member 5 / Immunoglobulin heavy chain-binding protein


分子量: 42557.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: HSPA5, GRP78, I79_019946 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌)
参照: UniProt: G3I8R9, non-chaperonin molecular chaperone ATPase
#2: タンパク質・ペプチド Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor / Arginine-rich protein / Protein ARMET


分子量: 5212.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Manf, Armet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CXI5
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.92 M sodium malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→42.47 Å / Num. obs: 59404 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 4405 / CC1/2: 0.52 / Rpim(I) all: 0.781 / Rrim(I) all: 1.165 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LDN

3ldn


解像度: 1.57→42.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.049 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20411 2861 4.8 %RANDOM
Rwork0.18447 ---
obs0.18542 56543 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.081 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20.53 Å2
2---1.2 Å2-0 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.57→42.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3231 0 10 350 3591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193289
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2251.9674438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86637207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4555417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.18124.832149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.77415588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.461521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023679
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9772.41674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9772.3981673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6083.5932089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6073.5942090
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4382.6251615
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4392.6261612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3623.8472348
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.30729.4963727
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.09228.8383617
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 172 -
Rwork0.301 4224 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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