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万見
- PDB-6h9i: Csf5, CRISPR-Cas type IV Cas6 crRNA endonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h9i
タイトルCsf5, CRISPR-Cas type IV Cas6 crRNA endonuclease
要素
  • Csf5
  • crRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / type IV CRISPR-Cas / crRNA biogenesis / endonuclease
機能・相同性metal ion binding / : / L(+)-TARTARIC ACID / RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Aromatoleum aromaticum (バクテリア)
Aromatoleum aromaticum EbN1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Pausch, P. / Bange, G.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Type IV CRISPR RNA processing and effector complex formation in Aromatoleum aromaticum.
著者: Ozcan, A. / Pausch, P. / Linden, A. / Wulf, A. / Schuhle, K. / Heider, J. / Urlaub, H. / Heimerl, T. / Bange, G. / Randau, L.
履歴
登録2018年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_high / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Csf5
B: Csf5
C: crRNA
E: crRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,32311
ポリマ－75,5424
非ポリマー7817
水1,982110
1
A: Csf5
C: crRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1635
ポリマ－37,7712
非ポリマー3923
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area14360 Å2
手法PISA
2
B: Csf5
E: crRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1606
ポリマ－37,7712
非ポリマー3894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area14490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.850, 84.237, 71.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCE

#1: タンパク質 Csf5


分子量: 29695.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (バクテリア)
株: EbN1 / 遺伝子: p1B372 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5NWP0
#2: RNA鎖 crRNA


分子量: 8075.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aromatoleum aromaticum EbN1 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 117分子

#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M di-sodium tartrate, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.288→43.762 Å / Num. obs: 32620 / % possible obs: 98.29 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 10.83
反射 シェル解像度: 2.29→2.37 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H9H

6h9h


解像度: 2.29→43.762 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 3095 5.03 %
Rwork0.2232 --
obs0.2247 32603 94.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→43.762 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3916 1070 49 110 5145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7927345
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2323014
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044862
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2878-2.32360.38861280.40541972X-RAY DIFFRACTION71
2.3236-2.36170.36021270.36982702X-RAY DIFFRACTION96
2.3617-2.40240.3871540.3732749X-RAY DIFFRACTION97
2.4024-2.44610.38031420.36412688X-RAY DIFFRACTION97
2.4461-2.49310.37551730.33822722X-RAY DIFFRACTION98
2.4931-2.5440.38131420.33592768X-RAY DIFFRACTION98
2.544-2.59930.3151360.32772727X-RAY DIFFRACTION97
2.5993-2.65980.36381450.3022729X-RAY DIFFRACTION97
2.6598-2.72630.34181760.29492709X-RAY DIFFRACTION97
2.7263-2.80.31121240.28632707X-RAY DIFFRACTION96
2.8-2.88230.30541390.26532668X-RAY DIFFRACTION95
2.8823-2.97540.29881260.2492703X-RAY DIFFRACTION95
2.9754-3.08170.25741450.23742612X-RAY DIFFRACTION94
3.0817-3.2050.30321310.22992618X-RAY DIFFRACTION92
3.205-3.35080.24641380.22292544X-RAY DIFFRACTION91
3.3508-3.52740.2351150.21062750X-RAY DIFFRACTION96
3.5274-3.74830.2291760.19012677X-RAY DIFFRACTION97
3.7483-4.03750.20621620.18712717X-RAY DIFFRACTION97
4.0375-4.44350.22511250.1742730X-RAY DIFFRACTION97
4.4435-5.08570.16481280.1622667X-RAY DIFFRACTION95
5.0857-6.40420.2211380.18672557X-RAY DIFFRACTION91
6.4042-43.76960.18731250.1792760X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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