PDB-6h9d: Muramidase domain of SpmX from Asticaccaulis excentricus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h9d

タイトル

Muramidase domain of SpmX from Asticaccaulis excentricus

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / lysozyme / peptidoglycan hydrolase / cell morphogenesis / stalk synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Asticcacaulis excentricus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Randich, A.M. / Morlot, C.M. / Brun, Y.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2019
タイトル: Origin of a Core Bacterial Gene via Co-option and Detoxification of a Phage Lysin.
著者: Randich, A.M. / Kysela, D.T. / Morlot, C. / Brun, Y.V.

履歴

登録	2018年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h9d.cif.gz	102.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h9d.ent.gz	77.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h9d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/6h9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/6h9d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2anxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lrk-3 6wji-2 2c89-3 2c8e-2 6gki-1 5pwc-2 5j26-d 6kny-1 6wzo-2 4rh6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (5) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (3) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (4) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Lysozyme

B: Lysozyme

C: Lysozyme

ヘテロ分子

50.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Lysozyme

登録者が定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.440, 100.440, 96.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- CL

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	2 - 149
2	1	B	2 - 149
1	2	A	3 - 148
2	2	C	3 - 148
1	3	B	3 - 148
2	3	C	3 - 148

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Lysozyme / Muramidase domain of SpmX 分子量: 16667.811 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Asticcacaulis excentricus (バクテリア) 遺伝子: Astex_1112 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: E8RMG8, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.34 % / 解説: Large 3D needles
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 0.2 M MgCl2 12% PEG 3350 / PH範囲: 8.3-8.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.56 Å / Num. obs: 42611 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 44.4 Å² / R_sym value: 0.02 / Net I/σ(I): 33.99
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 6805 / R_sym value: 0.436 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ANX

2anx

解像度: 1.9→44.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 4.75 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25594	4288	10.1 %	RANDOM
R_work	0.21141	-	-	-
obs	0.21594	38321	95.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	0.19 Å²	0 Å²
2-	-	0.38 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→44.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3484	0	13	160	3657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.014	3566
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.182	1.652	4824
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.943	1.633	7375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.53	5	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.681	20.811	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.587	15	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.388	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4110
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.522	4.059	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.519	4.058	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.471	6.064	2209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.47	6.065	2210
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.927	4.632	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.926	4.634	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.924	6.738	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.584	47.621	4015
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.596	47.556	3992
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	4745
1	2	B	4745
2	1	A	4744
2	2	C	4744
3	1	B	4653
3	2	C	4653

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.406	280	-
R_work	0.39	2774	-
obs	-	-	94.03 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)