PDB-6h95: AlbA, albicidin resistance protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h95

タイトル

AlbA, albicidin resistance protein

要素

Albicidin resistance protein

キーワード

albicidin binding protein / albicidin resistance protein

機能・相同性

TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / Albicidin resistance protein

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella oxytoca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2018
タイトル: Adaptation of a Bacterial Multidrug Resistance System Revealed by the Structure and Function of AlbA.
著者: Sikandar, A. / Cirnski, K. / Testolin, G. / Volz, C. / Bronstrup, M. / Kalinina, O.V. / Muller, R. / Koehnke, J.

履歴

登録	2018年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h95.cif.gz	109.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h95.ent.gz	84.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h95.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h95_validation.pdf.gz	418.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h95_full_validation.pdf.gz	419.9 KB	表示
XML形式データ	6h95_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	6h95_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/6h95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/6h95	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h96C 6h97C 6haiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h97-d 1j86-1 3p47-d 4k00-d 5ed0-3 3kpb-2 1j1y-d 4ap8-4 4noc-1 5uhm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Albicidin resistance protein

27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.579, 70.579, 95.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Albicidin resistance protein 分子量: 27091.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Selenomethione / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: albA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KRS7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2-0.4 M Ammonium Sulfate, 0.8-1.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97264 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97264 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.19 Å / Num. obs: 19572 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.03281 / Net I/σ(I): 19.41
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / R_merge(I) obs: 0.3075

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→44.195 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	922	4.73 %
R_work	0.1934	-	-
obs	0.1941	19504	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.195 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1848	0	0	83	1931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1893
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.872	2560
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.323	1151
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	259
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	342

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-2.0002	0.2965	139	0.2521	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0002-2.1255	0.2619	112	0.222	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1255-2.2896	0.2452	127	0.2049	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2896-2.52	0.2353	133	0.199	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.8846	0.2146	120	0.201	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8846-3.634	0.2069	115	0.1995	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
3.634-44.2068	0.1835	176	0.1756	2766	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5048	-2.0757	-2.385	1.6947	2.0707	3.988	0.228	0.6216	0.6342	-0.3799	-0.0522	-0.2613	-0.2667	-0.3929	-0.1134	0.5672	-0.0313	0.0514	0.373	0.1062	0.451	101.7939	85.7321	101.21
2	4.3661	3.6622	-2.4521	3.3091	-1.3125	7.3319	0.3159	0.3165	0.1057	0.1451	-0.2036	0.2795	-0.7359	-0.4633	0.0925	0.3533	0.1205	-0.0218	0.458	0.0648	0.4455	89.53	74.7262	91.9054
3	1.3137	1.5946	0.9745	4.944	0.4517	3.2037	0.0887	0.2386	0.1659	0.1424	0.0282	0.4376	0.0614	-0.1912	-0.0527	0.2672	0.0055	0.0044	0.3787	0.0309	0.3436	93.1312	65.2315	93.348
4	3.0234	-0.8503	-1.345	2.3543	1.3398	3.722	0.1193	0.0601	0.3528	0.0271	-0.0549	0.1218	-0.4039	-0.2533	0.0384	0.378	0.0212	0.0149	0.3144	0.0382	0.3335	96.9723	77.3147	104.7675
5	5.6927	-3.1617	-1.4777	3.6959	2.293	3.9219	-0.0758	-0.3257	-0.2438	0.1932	0.1816	0.3867	0.2356	-0.1382	0.0932	0.309	-0.0348	0.0025	0.3531	0.0558	0.3045	94.8744	59.4644	98.6446
6	3.282	0.1383	0.2367	3.6316	2.9118	4.6611	0.2643	-0.3649	-0.5646	0.4096	-0.1309	0.2544	0.9971	-0.5635	-0.095	0.4232	-0.0102	-0.0024	0.3608	0.0754	0.4767	100.1562	45.6995	102.67
7	4.0507	1.4919	-0.0976	3.7164	-0.9089	2.7521	-0.0513	-0.2524	0.3318	0.2331	0.0074	0.0131	-0.2158	-0.1335	0.1651	0.2882	0.0432	-0.0138	0.3548	0.0006	0.3317	113.8333	62.116	107.741
8	3.3601	-1.1447	0.5197	5.4898	-4.5504	4.16	0.1968	0.1317	-0.253	-0.0003	-0.0858	-0.2296	0.1103	0.6546	-0.0102	0.4393	0.1193	-0.0171	0.4569	-0.028	0.4135	111.1845	47.3779	98.4939
9	1.7193	3.0827	0.952	7.6282	4.0018	3.8445	0.0144	-0.3721	-0.0541	0.3936	0.2092	-0.6861	0.3711	1.0265	-0.1391	0.2616	0.0236	-0.0381	0.4337	0.0399	0.3318	107.8246	61.8386	95.0281
10	5.2253	-2.3157	1.1978	6.8551	-0.8179	6.1112	0.3118	0.6568	0.1282	-0.7875	-0.4095	-0.3632	0.0064	-0.1079	-0.0858	0.3065	0.0353	0.003	0.4801	0.0251	0.3328	120.5521	61.524	99.8301
11	1.0324	-1.4644	-1.4837	4.0125	3.782	3.6946	-0.0273	0.4211	-0.0603	0.1139	-0.0298	0.54	0.0666	-0.5853	-0.117	0.4132	0.0285	-0.0464	0.4733	0.0368	0.4644	125.8529	48.4889	103.1819

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 41 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 42 through 65 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 66 through 93 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 94 through 114 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 115 through 127 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 128 through 172 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 173 through 188 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 189 through 199 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 200 through 211 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 212 through 223 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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