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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h89 | |||||||||
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タイトル | MamM CTD D249N - Copper form | |||||||||
![]() | Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family | |||||||||
![]() | METAL TRANSPORT / Cation diffusion facilitator / magnetotactic bacteria | |||||||||
機能・相同性 | ![]() magnetosome membrane / monoatomic cation transmembrane transporter activity / iron ion transport / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Barber-Zucker, S. / Zarivach, R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: MamM CTD D249N - Copper form 著者: Barber-Zucker, S. / Zarivach, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 836.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 836.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3w5xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11909.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: mamM, mgI491, MGR_4095 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CU / | #4: 化合物 | ChemComp-BME / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M AmSu, 0.1M BIS-TRIS pH=5.5, 25% PEG 3350, 1.7mM CuSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.975 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→47.32 Å / Num. obs: 10686 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.753 / % possible all: 95 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3W5X 解像度: 1.7→47.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.874 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.949 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→47.32 Å
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拘束条件 |
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