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- PDB-6h7n: ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST XA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h7n
タイトルACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST XAMOTEROL AND NANOBODY Nb6B9
要素
  • Beta-1 adrenergic receptor
  • Camelid antibody fragment Nb6B9
  • Thioredoxin 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Beta1 Adrenoceptor / Activated / Partial Agonist / Nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


beta1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cell redox homeostasis / early endosome / identical protein binding ...beta1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cell redox homeostasis / early endosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta 1 adrenoceptor / Thioredoxin / Adrenoceptor family / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Glutaredoxin ...Beta 1 adrenoceptor / Thioredoxin / Adrenoceptor family / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Glutaredoxin / Glutaredoxin / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FVK / Beta-1 adrenergic receptor / Thioredoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Warne, T. / Edwards, P.C. / Dore, A.S. / Leslie, A.G.W. / Tate, C.G.
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for high affinity agonist binding in GPCRs
著者: Warne, T. / Edwards, P.C. / Dore, A.S. / Leslie, A.G.W. / Tate, C.G.
履歴
登録2018年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: Thioredoxin 1
A: Beta-1 adrenergic receptor
F: Thioredoxin 1
B: Beta-1 adrenergic receptor
C: Camelid antibody fragment Nb6B9
D: Camelid antibody fragment Nb6B9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,26915
ポリマ－119,6476
非ポリマー2,6229
水45025
1
E: Thioredoxin 1
A: Beta-1 adrenergic receptor
C: Camelid antibody fragment Nb6B9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3248
ポリマ－59,8243
非ポリマー1,5015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Thioredoxin 1
B: Beta-1 adrenergic receptor
D: Camelid antibody fragment Nb6B9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9457
ポリマ－59,8243
非ポリマー1,1214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.410, 121.533, 130.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11E
21F
12A
22B
13C
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLEULEUEA3 - 1073 - 107
21LYSLYSLEULEUFC3 - 1073 - 107
12ALAALAALAALAAB40 - 3582 - 292
22ALAALAALAALABD40 - 3582 - 292
13GLNGLNSERSERCE1 - 1192 - 120
23GLNGLNSERSERDF1 - 1192 - 120

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 EFAB

#1: タンパク質 Thioredoxin 1 / Trx-1


分子量: 11784.370 Da / 分子数: 2 / 変異: C32S,C35S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: trxA, fipA, tsnC, b3781, JW5856 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0AA25
#2: タンパク質 Beta-1 adrenergic receptor / Beta-1 adrenoreceptor / Beta-T


分子量: 35002.777 Da / 分子数: 2 / 変異: R68S,M90V,C116L,F327A,F338M,C358A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
遺伝子: ADRB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P07700

-
抗体 , 1種, 2分子 CD

#3: 抗体 Camelid antibody fragment Nb6B9


分子量: 13036.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 34分子

#4: 化合物 ChemComp-FVK / ~{N}-[2-[[(2~{S})-2-oxidanyl-3-(4-oxidanylphenoxy)propyl]amino]ethyl]morpholine-4-carboxamide / N-[2-[[(2S)-2-ヒドロキシ-3-(4-ヒドロキシフェノキシ)プロピル]アミノ]エチル]モルホリン-4-カル(以下略)


分子量: 339.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N3O5
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-2CV / HEGA-10


分子量: 379.489 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO7 / コメント: 可溶化剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.5 Å / Num. obs: 64594 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0174精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P0G, 2H6X

3p0g

2h6x


解像度: 2.5→41.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.867 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 12.367 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.769 / ESU R Free: 0.401 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26631 1821 5 %RANDOM
Rwork0.24762 ---
obs0.24862 34374 56.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 60.682 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0 Å20 Å2
2--0.31 Å2-0 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→41.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8016 0 170 25 8211
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0198359
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.96711344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8672.99218546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.84851024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47423.303327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.904151364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5571546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4346.1074117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4346.1074116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1999.1515134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1999.1515135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0326.2724242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0326.2724242
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6139.3186211
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.18969.4629060
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.18969.4679061
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11E55960.1
12F55960.1
21A195980.04
22B195980.04
31C77000.02
32D77000.02
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 13 -
Rwork0.418 522 -
obs--11.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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