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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h5a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis phosphatidylinositol phosphate synthase (PgsA1) in complex with manganese and citrate | ||||||
![]() | CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Phosphotransferase Glycerophospholipid metabolism Metal binding protein / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() CDP-diacylglycerol-inositol 3-phosphatidyltransferase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / phospholipid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / magnesium ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grave, K. / Hogbom, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure ofMycobacterium tuberculosisphosphatidylinositol phosphate synthase reveals mechanism of substrate binding and metal catalysis. 著者: Grave, K. / Bennett, M.D. / Hogbom, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 24069.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residue fragment 218-223 in chain B (-ENLYFQ) is a remnant after cloning/protease cleavage. 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pgsA1, Rv2612c / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 146分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/LFA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/LFA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-LFA / #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 詳細: 31% PEG 400 (v/v), 0.1 M NaCl, 0.12 M MnCl2 and 0.1 M trisodium citrate dihydrate pH 6 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | Biso Wilson estimate: 24.91 Å2 / Entry-ID: 6H5A
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反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6H53 解像度: 1.88→45.699 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.57
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.45 Å2 / Biso mean: 30.44 Å2 / Biso min: 14.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.88→45.699 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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