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万見
- PDB-6h45: crystal structure of the human TGT catalytic subunit QTRT1 in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h45
タイトルcrystal structure of the human TGT catalytic subunit QTRT1 in complex with queuine
要素Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
キーワードTRANSFERASE / Transglycosylase / Queuine / tRNA / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / tRNA-guanine transglycosylase complex / transferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / tRNA modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / mitochondrial outer membrane / protein heterodimerization activity ...tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / tRNA-guanine transglycosylase complex / transferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / tRNA modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / mitochondrial outer membrane / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / GLUTAMIC ACID / : / Chem-QEI / Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Johannsson, S. / Neumann, P. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSPP 1784 ドイツ
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of the Human tRNA Guanine Transglycosylase Catalytic Subunit QTRT1.
著者: Johannsson, S. / Neumann, P. / Ficner, R.
履歴
登録2018年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年3月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,63718
ポリマ－86,2292
非ポリマー1,40816
水1,856103
1
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7278
ポリマ－43,1141
非ポリマー6137
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,91010
ポリマ－43,1141
非ポリマー7959
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.500, 158.860, 47.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

BR

21B-804-

BR

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase


分子量: 43114.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QTRT1, TGT, TGUT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BXR0, tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase

-
非ポリマー , 7種, 119分子

#2: 化合物 ChemComp-QEI / 2-amino-5-({[(1S,4S,5R)-4,5-dihydroxycyclopent-2-en-1-yl]amino}methyl)-3,7-dihydro-4H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one / queuine / ケウイン


分子量: 277.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15N5O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Tris pH 7.8 200 mM KBr 200 mM KSCN 3 % (w/v) PGA-LM 5 % (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.16 Å / Num. obs: 32713 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.328 % / Biso Wilson estimate: 49.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 17.26 / Num. measured all: 108869
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.52.7230.4762.267433404127300.8470.5967.6
2.5-2.72.9880.3513.6116755633756070.9230.42688.5
2.7-83.4760.04720.88140123780234190.9980.05698.5
8-143.4750.01753.28266977776810.0298.8
14-173.4270.01756.4330590890.9990.02198.9
17-503.060.01752.033061021000.9990.02198
48.16-503

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→48.16 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 1635 5 %
Rwork0.2013 31067 -
obs0.2032 32702 93.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.19 Å2 / Biso mean: 58.0269 Å2 / Biso min: 31.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6040 0 62 103 6205
Biso mean--72.83 49.05 -
残基数----784
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.47060.3713950.3261816191166
2.4706-2.55040.41121110.31892093220476
2.5504-2.64150.36911290.28782452258188
2.6415-2.74730.32911440.27112723286799
2.7473-2.87230.31341440.26372741288599
2.8723-3.02370.28041430.25232731287499
3.0237-3.21310.3371430.24422717286098
3.2131-3.46110.24871450.21912752289798
3.4611-3.80930.26251440.1982726287099
3.8093-4.36020.1921450.16232764290999
4.3602-5.49220.17591450.15582757290299
5.4922-48.170.18911470.17092795294299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.9153 Å / Origin y: -23.0875 Å / Origin z: 21.3208 Å
111213212223313233
T0.3144 Å20.012 Å2-0.0069 Å2-0.5167 Å2-0.0303 Å2--0.3087 Å2
L-0.0528 °20.0979 °2-0.018 °2-1.502 °2-0.1549 °2--0.0815 °2
S-0.0076 Å °-0.0057 Å °-0.0169 Å °-0.0173 Å °0.0153 Å °-0.0056 Å °0.0146 Å °0.1376 Å °-0.0009 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA12 - 403
2X-RAY DIFFRACTION1allA501 - 1001
3X-RAY DIFFRACTION1allB12 - 403
4X-RAY DIFFRACTION1allB501 - 1301
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
6X-RAY DIFFRACTION1allC3
7X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2
8X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 2
9X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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