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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h44 | ||||||
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タイトル | Flavin-dependent Tryptophan 6-halogenase Thal in complex with tryptophan | ||||||
![]() | Tryptophan 6-halogenase | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / tryptophan halogenase / ThdH / substrate-bound | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Moritzer, A. / Minges, H. / Sewald, N. / Niemann, H.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based switch of regioselectivity in the flavin-dependent tryptophan 6-halogenase Thal. 著者: Moritzer, A.C. / Minges, H. / Prior, T. / Frese, M. / Sewald, N. / Niemann, H.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 229.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 183.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 482.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 496.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 529 / Label seq-ID: 5 - 532
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 60276.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: thal, thdH / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 221分子 








#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-K / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1 M bicine pH 9.0, 1.6 M K2HPO4/NaH2PO4 protein concentration: ~15 mg/mL protein buffer:10 mM Tris pH 7.4, 50 mM NaCl and 1 mM TCEP drop ratio: 1:1 (P:R) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 50056 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.59 % / Biso Wilson estimate: 52.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 15.89 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 20.74 % / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 3700 / CC1/2: 0.666 / Rrim(I) all: 1.776 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Thal 解像度: 2.55→49.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 9.354 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.393 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.068 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.55→49.77 Å
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拘束条件 |
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