[日本語] English
- PDB-6h3k: Introduction of a methyl group curbs metabolism of pyrido[3,4-d]p... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h3k
タイトルIntroduction of a methyl group curbs metabolism of pyrido[3,4-d]pyrimidine MPS1 inhibitors and enables the discovery of the Phase 1 clinical candidate BOS172722.
要素Dual specificity protein kinase TTK
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Spindle assembly checkpoint / mitosis
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to meiotic spindle midzone / meiotic spindle assembly checkpoint signaling / repair of mitotic kinetochore microtubule attachment defect / kinetochore binding / female meiosis chromosome segregation / protein localization to kinetochore / dual-specificity kinase / spindle organization / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / positive regulation of SMAD protein signal transduction ...protein localization to meiotic spindle midzone / meiotic spindle assembly checkpoint signaling / repair of mitotic kinetochore microtubule attachment defect / kinetochore binding / female meiosis chromosome segregation / protein localization to kinetochore / dual-specificity kinase / spindle organization / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / positive regulation of SMAD protein signal transduction / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / mitotic spindle organization / chromosome segregation / kinetochore / spindle / protein tyrosine kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein kinase Mps1 family / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Protein kinase Mps1 family / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7PE / Chem-FMW / Dual specificity protein kinase TTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Woodward, H.L. / Hoelder, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
英国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / : 2018
タイトル: Introduction of a Methyl Group Curbs Metabolism of Pyrido[3,4- d]pyrimidine Monopolar Spindle 1 (MPS1) Inhibitors and Enables the Discovery of the Phase 1 Clinical Candidate N2-(2- ...タイトル: Introduction of a Methyl Group Curbs Metabolism of Pyrido[3,4- d]pyrimidine Monopolar Spindle 1 (MPS1) Inhibitors and Enables the Discovery of the Phase 1 Clinical Candidate N2-(2-Ethoxy-4-(4-methyl-4 H-1,2,4-triazol-3-yl)phenyl)-6-methyl- N8-neopentylpyrido[3,4- d]pyrimidine-2,8-diamine (BOS172722).
著者: Woodward, H.L. / Innocenti, P. / Cheung, K.J. / Hayes, A. / Roberts, J. / Henley, A.T. / Faisal, A. / Mak, G.W. / Box, G. / Westwood, I.M. / Cronin, N. / Carter, M. / Valenti, M. / De Haven ...著者: Woodward, H.L. / Innocenti, P. / Cheung, K.J. / Hayes, A. / Roberts, J. / Henley, A.T. / Faisal, A. / Mak, G.W. / Box, G. / Westwood, I.M. / Cronin, N. / Carter, M. / Valenti, M. / De Haven Brandon, A. / O'Fee, L. / Saville, H. / Schmitt, J. / Burke, R. / Broccatelli, F. / van Montfort, R.L.M. / Raynaud, F.I. / Eccles, S.A. / Linardopoulos, S. / Blagg, J. / Hoelder, S.
履歴
登録2018年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein kinase TTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0023
ポリマ-32,2451
非ポリマー7572
66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.624, 107.644, 114.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-935-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dual specificity protein kinase TTK / Phosphotyrosine picked threonine-protein kinase / PYT


分子量: 32245.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTK, MPS1, MPS1L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33981, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-FMW / ~{N}8-(2,2-dimethylpropyl)-~{N}2-[2-ethoxy-4-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)phenyl]-6-methyl-pyrido[3,4-d]pyrimidine-2,8-diamine


分子量: 446.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C24H30N8O
#3: 化合物 ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オ-ル


分子量: 310.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C14H30O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.12 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane; 0.1 M MgCl2 0.1 M Sodium formate 18-26% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→60.52 Å / Num. obs: 12793 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 79.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 83046
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.67-2.746.51.7860949410.6220.7551.936199.7
11.94-60.525.50.0399271700.9980.0170.04338.198.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å41.33 Å
Translation3.5 Å41.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.48→41.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU R Cruickshank DPI: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.266 / SU Rfree Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.206
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 798 4.98 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.209 16023 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 190.04 Å2 / Biso mean: 103.23 Å2 / Biso min: 62.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-27.1364 Å20 Å20 Å2
2---14.5163 Å20 Å2
3----12.6201 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→41.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2003 0 40 37 2080
Biso mean--99.36 88.74 -
残基数----257
拘束条件
Refine-IDタイプRestraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d707SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes376HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2089HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion278SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2132SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2089HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2840HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.73
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2871 19 4.62 %
Rwork0.3079 392 -
all0.3069 411 -
obs--99.27 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.5872 Å / Origin y: -37.5148 Å / Origin z: -22.0688 Å
111213212223313233
T-0.2766 Å2-0.0228 Å20.0639 Å2--0.0845 Å20.2537 Å2---0.1028 Å2
L7.351 °20.6976 °21.1305 °2-2.2797 °20.0754 °2--3.0268 °2
S0.0824 Å °-0.7101 Å °-1.0018 Å °0.0638 Å °-0.0309 Å °0.2722 Å °0.0842 Å °-0.0828 Å °-0.0515 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る