[日本語] English
万見
- PDB-6h2y: human Fab 1E6 bound to fHbp variant 3 from Neisseria meningitidis... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h2y
タイトルhuman Fab 1E6 bound to fHbp variant 3 from Neisseria meningitidis serogroup B
要素
  • Heavy chain
  • Light chain
  • Lipoprotein GNA1870
キーワードIMMUNE SYSTEM / fHbp / Human Fab / Neisseria / Antigen-antibody Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1980 / Factor H binding protein, C-terminal / : / : / Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, N-terminal / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Immunoglobulin-like - #1980 / Factor H binding protein, C-terminal / : / : / Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, N-terminal / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lipoprotein GNA1870
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Veggi, D. / Bianchi, F. / Cozzi, R. / Malito, E. / Bottomley, M.J.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2019
タイトル: Cocrystal structure of meningococcal factor H binding protein variant 3 reveals a new crossprotective epitope recognized by human mAb 1E6.
著者: Bianchi, F. / Veggi, D. / Santini, L. / Buricchi, F. / Bartolini, E. / Lo Surdo, P. / Martinelli, M. / Finco, O. / Masignani, V. / Bottomley, M.J. / Maione, D. / Cozzi, R.
履歴
登録2018年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Lipoprotein GNA1870
H: Heavy chain
L: Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,99918
ポリマ－76,6273
非ポリマー1,37215
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area29730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.979, 65.279, 278.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 D

#1: タンパク質 Lipoprotein GNA1870


分子量: 29969.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: gna1870 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q19KF7

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Heavy chain


分子量: 23559.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain


分子量: 23098.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 89分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Molecular Dimensions Morpheus HT-96 screen, well D9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.983 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→65.28 Å / Num. obs: 23201 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3370 / CC1/2: 0.472 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: 000)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→63.561 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2746 1139 4.91 %
Rwork0.2047 --
obs0.2083 23182 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→63.561 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4968 0 90 74 5132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0466962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2453412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053790
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006888
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.65-2.76650.3367130273498
2.7665-2.91240.3036152274998
2.9124-3.09480.32191300.2405273898
3.0948-3.33380.3488137270997
3.3338-3.66920.28561440.2165274097
3.6692-4.20010.2781530.1879273697
4.2001-5.29130.23521350.1629280097
5.29130.21861580.1862283793

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る