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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h2s | |||||||||
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タイトル | Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase T157V/D181Q/A198L variant, pyruvate complex | |||||||||
![]() | 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase | |||||||||
![]() | LYASE / aldolase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / (R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / glyoxylate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Crennell, S.J. / Danson, M.J. / Royer, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase T157V/D181Q/A198L variant 著者: Crennell, S.J. / Danson, M.J. / Royer, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 465.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 388.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 487.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 495.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 50.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 33074.312 Da / 分子数: 4 / 変異: T157V, D181Q, A198L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O54288, UniProt: Q97U28*PLUS, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase |
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-非ポリマー , 5種, 745分子 ![](data/chem/img/PYR.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PYR / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-IPA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 0.1M HEPES pH 6.1, 11% PEG4K, 4% isopropanol, 0.1M pyruvate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5406 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 60596 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 23.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.21 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 4.59 / Num. unique obs: 2496 / % possible all: 79.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1W37 解像度: 2.17→28.794 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.4 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.17→28.794 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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