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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h2c | ||||||
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タイトル | Structure of BlaC from Mycobacterium tuberculosis bound to the trans-enamine adduct derived from clavulanic acid. | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tassoni, R. / Pannu, N.S. / Ubbink, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: New Conformations of Acylation Adducts of Inhibitors of beta-Lactamase from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Tassoni, R. / Blok, A. / Pannu, N.S. / Ubbink, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 823.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 830.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 28 - 295 / Label seq-ID: 1 - 268
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29475.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: blaC, ERS027646_02769 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0T9EA39, UniProt: A0A655AHQ9*PLUS, beta-lactamase |
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-非ポリマー , 6種, 122分子 ![](data/chem/img/ISS.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/15P.gif)
![](data/chem/img/CO2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/15P.gif)
![](data/chem/img/CO2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CO2 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5.0 25% w/v PEG1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→41.12 Å / Num. obs: 34426 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.974 / Rpim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 4.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3078 / CC1/2: 0.709 / Rpim(I) all: 0.342 / % possible all: 85.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2GDN 解像度: 1.93→41.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 7.015 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.192 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.358 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.93→41.12 Å
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拘束条件 |
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