PDB-6h1q: Proteus mirabilis Ambient Temperature Fimbriae adhesin AtfE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h1q

タイトル

Proteus mirabilis Ambient Temperature Fimbriae adhesin AtfE

要素

Fimbrial adhesin

キーワード

CELL ADHESION / fimbriae / adhesin / proteus mirabilis / urinary tract infection

機能・相同性

Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / Adhesion domain superfamily / pilus / PHOSPHATE ION / Fimbrial adhesin

機能・相同性情報

生物種

Proteus mirabilis HI4320 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Wangshu, J. / Knight, S.D.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Structures of two fimbrial adhesins, AtfE and UcaD, from the uropathogen Proteus mirabilis.
著者: Jiang, W. / Ubhayasekera, W. / Pearson, M.M. / Knight, S.D.

履歴

登録	2018年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6h1q.ent.gz	185.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	6h1q_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h1q_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/6h1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/6h1q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h1xC 6h2lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tmp-1 3lt9-1 3lt8-1 6mil-1 6ls6-1 4tmp-2 6mim-2 6jle-d 6o8l-1 6vyj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fimbrial adhesin

B: Fimbrial adhesin

ヘテロ分子

42.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Fimbrial adhesin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Fimbrial adhesin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.913, 103.793, 67.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.829, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-422- HOH
2	1	B-414- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	25	1
2	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	27 - 39	3 - 15
3	THR	THR	THR	THR	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	45 - 59	21 - 35
4	VAL	VAL	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	61 - 62	37 - 38
5	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	64 - 66	40 - 42
6	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	68 - 74	44 - 50
7	TRP	TRP	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	76 - 133	52 - 109
8	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	137 - 161	113 - 137
9	VAL	VAL	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	163 - 183	139 - 159
10	THR	THR	SER	SER	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	186 - 188	162 - 164
11	TYR	TYR	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	190 - 198	166 - 174
12	SER	SER	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	200 - 207	176 - 183
13	ILE	ILE	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 25 or resid 27 through 59...	A	A	209 - 212	185 - 188
14	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	25	1
15	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	27 - 39	3 - 15
16	THR	THR	THR	THR	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	45 - 59	21 - 35
17	VAL	VAL	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	61 - 62	37 - 38
18	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	64 - 66	40 - 42
19	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	68 - 74	44 - 50
20	TRP	TRP	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	76 - 133	52 - 109
21	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	137 - 161	113 - 137
22	VAL	VAL	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	163 - 183	139 - 159
23	THR	THR	SER	SER	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	186 - 188	162 - 164
24	TYR	TYR	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	190 - 198	166 - 174
25	SER	SER	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	200 - 207	176 - 183
26	ILE	ILE	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 25 or resid 27 through 59...	B	B	209 - 212	185 - 188

#1: タンパク質	Fimbrial adhesin 分子量: 20756.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The C-terminal His-6 tag, included in the expression plasmid (pNIC-CH2), has an additional alanine after the target DNA insertion site. 由来: (組換発現) Proteus mirabilis HI4320 (バクテリア) 遺伝子: PMI2732 / プラスミド: pEX5-CT/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): SHuffle Express / 参照: UniProt: B4EYH7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4, 0.1 M Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→46.93 Å / Num. obs: 68486 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 17.96 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.138 / R_rim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 7.4 % / Num. unique obs: 3315 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.58→41.12 Å / SU ML: 0.1999 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.2044

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2027	3409	4.98 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1799	68420	97.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→41.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2754	0	34	381	3169

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	2982
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9548	4104
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0626	463
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	526
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.887	1730

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.6	0.3711	123	0.3477	2331	X-RAY DIFFRACTION	83.61
1.6-1.63	0.3665	140	0.3447	2686	X-RAY DIFFRACTION	96.81
1.63-1.65	0.3511	143	0.3082	2718	X-RAY DIFFRACTION	97.58
1.65-1.68	0.3186	142	0.2975	2715	X-RAY DIFFRACTION	97.94
1.68-1.71	0.3261	142	0.2883	2692	X-RAY DIFFRACTION	97.62
1.71-1.74	0.3019	145	0.2781	2775	X-RAY DIFFRACTION	98.05
1.74-1.77	0.2802	141	0.267	2693	X-RAY DIFFRACTION	98.33
1.77-1.81	0.2773	144	0.2578	2726	X-RAY DIFFRACTION	98.09
1.81-1.85	0.2575	143	0.2263	2722	X-RAY DIFFRACTION	98.35
1.85-1.89	0.2307	144	0.2029	2726	X-RAY DIFFRACTION	98.29
1.89-1.94	0.2302	143	0.1889	2744	X-RAY DIFFRACTION	98.3
1.94-1.99	0.1953	143	0.1696	2727	X-RAY DIFFRACTION	98.42
1.99-2.05	0.1912	144	0.164	2735	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.05-2.12	0.1922	143	0.1606	2744	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.12-2.19	0.1844	145	0.1544	2754	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.19-2.28	0.2036	143	0.1468	2748	X-RAY DIFFRACTION	98.64
2.28-2.38	0.1712	143	0.1512	2742	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.38-2.51	0.1845	136	0.1571	2741	X-RAY DIFFRACTION	97.96
2.51-2.67	0.1835	142	0.1616	2698	X-RAY DIFFRACTION	96.34
2.67-2.87	0.1809	128	0.1574	2372	X-RAY DIFFRACTION	86.15
2.87-3.16	0.1655	144	0.157	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.16-3.62	0.1716	128	0.1481	2819	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.62-4.56	0.1679	155	0.1482	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-41.14	0.1979	165	0.1902	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.63284521229	0.35118412389	-0.847514838178	2.3466757056	-0.463809236823	2.69939829635	-0.0362126429009	0.153452891675	0.0666531965788	-0.194661325583	0.0500707070706	-0.0508831788385	-0.0754251775663	-0.11673213345	-0.023561441807	0.159099728815	0.00804379851535	-0.00739523462702	0.162204648131	-0.00952492612787	0.201241908952	30.195281369	66.8022230869	27.0467544448
2	4.06980836123	-1.00712708696	0.852656378626	2.29427573342	-0.25535787081	2.54493723748	0.0641580713891	0.447523245268	0.0760159881131	-0.449170869648	-0.0826664324228	0.179308707023	0.174471993012	-0.0810944491018	0.0313221258587	0.214630355632	-0.0316063489632	-0.0416089560546	0.230777911758	0.0175609255115	0.215600692204	22.2157434018	64.1307749368	17.6286350477
3	0.797876218071	-0.275918028844	0.817448624398	1.46666682168	-0.799803737051	4.06220543554	0.0622129895385	-0.33225251869	0.0358241137221	0.317554650062	-0.0184579478557	-0.109717839414	-0.0115403990962	0.385110018693	0.0483572654751	0.245041722292	-0.0128636133041	-0.0421480187709	0.274903827973	0.0101064841505	0.167855762847	30.7644157201	56.4878152133	50.414447912
4	1.11058820586	0.119213404933	0.133559200704	1.10802206357	-0.035904505791	1.68214525247	-0.0147597452155	-0.000320007395841	0.170575137538	-0.0533551508291	-0.0650519774048	0.200468750601	-0.0708912928995	-0.0730566052785	0.0583375233659	0.14399274435	-0.005966914315	-0.0153876341994	0.165588545134	-0.0119419452604	0.249465780044	15.8350653855	63.2155279626	32.5035782611
5	0.991800101225	0.170917702328	-0.0825441373508	1.94810833014	-1.2030884898	2.54603733945	0.00775785056363	0.0170484247988	0.0335944357087	0.00278458154868	-0.00601961159107	0.0706761406497	-0.0301789028695	-0.00613901276722	-0.0108678372676	0.118002749702	0.00200326288807	-0.0144373477643	0.146638265266	-0.0114985459384	0.178932903343	21.1042314821	57.9182324233	34.7961242803
6	3.27448542373	1.08155456982	-0.0575009315047	2.04092092541	0.976154944688	1.0740507235	0.084047245452	0.566493101733	0.741879144675	-0.424510076446	-0.111427005171	0.353900141967	-0.183426585372	0.0421984346791	0.0875225736941	0.318489849601	0.0360914718451	-0.0479738687005	0.254836270193	0.0962386244926	0.419359999802	22.7224186167	77.4159036637	17.6409249758
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 166 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 167 through 180 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 181 through 204 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 205 through 212 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 25 through 39 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 40 through 58 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 59 through 74 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 75 through 108 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 109 through 166 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 167 through 180 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 181 through 204 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 205 through 212 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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