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- PDB-6h13: Crystal structure of TcACHE complexed to1-(4-((Methyl((1-(2-((1,2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h13
タイトルCrystal structure of TcACHE complexed to1-(4-((Methyl((1-(2-((1,2,3,4-tetrahydroacridin-9-yl)amino)ethyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl)amino)methyl)pyridin-2-yl)-3-(6-oxo-1,2,3,4,6,10b-hexahydropyrido[2,1-a]isoindol-10-yl)urea
要素Acetylcholinesterase
キーワードHYDROLASE / complex / inhibitor / alzheimer / acetylcholinesterase / multi-target-directed ligands / MTDL
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / choline metabolic process / acetylcholinesterase activity / synaptic cleft / side of membrane / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FJN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetronarce californica (エイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Coquelle, N. / Colletier, J.P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-12-BS07-008-01 フランス
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Design, biological evaluation and X-ray crystallography of nanomolar multifunctional ligands targeting simultaneously acetylcholinesterase and glycogen synthase kinase-3.
著者: Oukoloff, K. / Coquelle, N. / Bartolini, M. / Naldi, M. / Le Guevel, R. / Bach, S. / Josselin, B. / Ruchaud, S. / Catto, M. / Pisani, L. / Denora, N. / Iacobazzi, R.M. / Silman, I. / Sussman, ...著者: Oukoloff, K. / Coquelle, N. / Bartolini, M. / Naldi, M. / Le Guevel, R. / Bach, S. / Josselin, B. / Ruchaud, S. / Catto, M. / Pisani, L. / Denora, N. / Iacobazzi, R.M. / Silman, I. / Sussman, J.L. / Buron, F. / Colletier, J.P. / Jean, L. / Routier, S. / Renard, P.Y.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase
B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,54330
ポリマ－127,5282
非ポリマー4,01528
水3,963220
1
B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子

A: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,54330
ポリマ－127,5282
非ポリマー4,01528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y+1/2,-z+1/21
Buried area6020 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area40170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.740, 105.460, 150.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AB

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 63763.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetronarce californica (エイ) / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 242分子

#3: 化合物 ChemComp-FJN / [1-[2-(1,2,3,4,4~{a},9~{a}-hexahydroacridin-9-ylamino)ethyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl-[[2-[[(10~{b}~{S})-6-oxidanylidene-2,3,4,10~{b}-tetrahydro-1~{H}-pyrido[2,1-a]isoindol-10-yl]carbamoylamino]pyridin-4-yl]methyl]-methyl-azanium


分子量: 673.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H45N10O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 50 mM MES pH 6.0, 30% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.93 Å / Num. obs: 36481 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3584 / CC1/2: 0.995 / % possible all: 99.64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xi4

2xi4


解像度: 2.8→19.93 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2344 733 2.01 %
Rwork0.1965 --
obs0.1973 36395 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8480 0 253 220 8953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089105
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02812380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.25418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-3.01560.36121420.27477038X-RAY DIFFRACTION100
3.0156-3.31780.30331460.23927043X-RAY DIFFRACTION100
3.3178-3.79510.24011460.19117061X-RAY DIFFRACTION100
3.7951-4.77060.19781450.1597150X-RAY DIFFRACTION100
4.7706-19.96870.18881540.18477370X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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