PDB-6h0d: Metal soaked Flv1 flavodiiron core from Synechocystis sp. PCC6803

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h0d

タイトル

Metal soaked Flv1 flavodiiron core from Synechocystis sp. PCC6803

要素

Putative diflavin flavoprotein A 3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavodiiron protein / non-canonical residues / cyanobacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor / 酸化還元酵素 / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.598 Å

データ登録者

Borges, P.T. / Romao, C.V. / Saraiva, L. / Goncalves, V.L. / Carrondo, M.A. / Teixeira, M. / Frazao, C.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2019
タイトル: Analysis of a new flavodiiron core structural arrangement in Flv1-Delta FlR protein from Synechocystis sp. PCC6803.
著者: Borges, P.T. / Romao, C.V. / Saraiva, L.M. / Goncalves, V.L. / Carrondo, M.A. / Teixeira, M. / Frazao, C.

履歴

登録	2018年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h0d.cif.gz	174 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h0d.ent.gz	137.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6h0d_validation.pdf.gz	428.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h0d_full_validation.pdf.gz	430 KB	表示
XML形式データ	6h0d_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	6h0d_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h0d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3a8x-2 3ubt-3 2wni-1 6csj-2 2xns-2 6c1w-2 4v0h-2 1ll6-2 2wu0-2 3iaa-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative diflavin flavoprotein A 3

ヘテロ分子

44.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.833, 86.917, 72.085
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.07, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative diflavin flavoprotein A 3 分子量: 44040.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 遺伝子: dfa3, sll1521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P74373, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1 UL OF PROTEIN AT 15 MG/ML WITH 1 UL OF 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH 5.6, 23-25% (V/V) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.598→56.841 Å / Num. obs: 58008 / % possible obs: 94.71 % / 冗長度: 2.2 % / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.598→2 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.598→56.841 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.88
詳細: THE REFINEMENT OF METAL SOAKED FLV1 FLAVODIIRON CORE FROM SYNECHOCYSTIS CONVERGED TO RWORK AND RFREE OF 0.165 AND 0.206, RESPECTIVELY, USING A RFREE TEST SET SIZE OF 1.56% (905 REFLECTIONS). ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1585	905	100 %
R_work	0.1585	-	-
obs	0.1585	57979	94.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.598→56.841 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3103	0	11	200	3314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3201
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.296	4356
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.721	1155
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	571

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5984-1.6165	0.4102	1761	0.4102	1761	X-RAY DIFFRACTION	86
1.6165-1.6356	0.4	1927	0.4	1927	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6356-1.6555	0.39	1958	0.39	1958	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6555-1.6765	0.3864	1947	0.3864	1947	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6765-1.6985	0.3788	1930	0.3788	1930	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6985-1.7218	0.3563	1899	0.3563	1899	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7218-1.7464	0.3571	1977	0.3571	1977	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7464-1.7725	0.3293	1940	0.3293	1940	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7725-1.8002	0.3204	1971	0.3204	1971	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8002-1.8297	0.3233	1984	0.3233	1984	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8297-1.8612	0.2916	1944	0.2916	1944	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8612-1.8951	0.2882	1939	0.2882	1939	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8951-1.9315	0.2584	1977	0.2584	1977	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9315-1.971	0.2561	1941	0.2561	1941	X-RAY DIFFRACTION	96
1.971-2.0138	0.2434	1933	0.2434	1933	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0138-2.0607	0.2405	1939	0.2405	1939	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0607-2.1122	0.2212	1924	0.2212	1924	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1122-2.1693	0.2171	1979	0.2171	1979	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1693-2.2331	0.2107	1968	0.2107	1968	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2331-2.3052	0.1939	1935	0.1939	1935	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3052-2.3876	0.1912	1942	0.1912	1942	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3876-2.4832	0.1832	1944	0.1832	1944	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4832-2.5962	0.1744	1929	0.1744	1929	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5962-2.7331	0.1684	1912	0.1684	1912	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7331-2.9043	0.1505	1991	0.1505	1991	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9043-3.1286	0.1385	1902	0.1385	1902	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1286-3.4434	0.1159	1934	0.1159	1934	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4434-3.9415	0.0993	1855	0.0993	1855	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9415-4.9655	0.0777	1901	0.0777	1901	X-RAY DIFFRACTION	92
4.9655-56.8768	0.0943	1896	0.0943	1896	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5865	0.3444	-0.2408	0.2779	-0.1011	0.5383	-0.0887	0.1972	0.0162	-0.0655	0.2366	-0.0739	0.0442	-0.0402	0.0001	0.3092	0.0248	0.0109	0.3358	-0.017	0.2754	13.7008	49.5773	34.1344
2	0.4851	-0.005	0.003	0.3224	0.0913	0.5811	-0.0627	0.0949	0.1103	0.0405	0.1829	-0.2511	-0.0959	0.0856	-0.0001	0.237	-0.0003	0.0349	0.2679	-0.0218	0.3536	19.9197	60.2481	40.4059
3	0.0181	0.0055	-0.0309	0.0192	-0.0125	0.0571	0.0221	-0.2506	0.2209	0.1642	0.3061	-0.4251	-0.0636	0.3611	0.0001	0.2808	-0.0026	0.0722	0.3675	-0.1348	0.5225	29.1374	58.8105	42.495
4	0.2432	0.0288	-0.0183	0.3254	0.0257	0.1065	-0.0796	-0.5567	0.257	0.5598	0.226	-0.5313	-0.1442	0.3341	0.0033	0.3724	0.0238	-0.1036	0.4121	-0.1224	0.4989	26.5183	59.0669	53.3414
5	1.412	0.1557	-0.0389	0.7999	-0.1182	0.499	-0.0089	-0.017	0.0231	0.0879	0.1065	0.0311	-0.0149	-0.3105	0.0007	0.2456	0.0638	0.0151	0.3011	-0.0014	0.2467	6.9001	52.8588	46.1116
6	0.1192	0.0451	0.0935	0.2108	0.0176	0.0708	-0.0152	0.0752	0.0968	0.0867	0.1059	0.0024	0.043	-0.3655	-0	0.2801	0.0807	0.0435	0.4013	0.0097	0.2761	1.5468	54.2672	50.7893
7	0.1174	0.0081	0.1143	0.2319	-0.049	0.1071	-0.001	-0.0073	0.234	-0.1826	0.0631	0.0292	0.0544	-0.2876	0.0001	0.1788	0.0372	-0.0153	0.4299	-0.0021	0.2846	-1.4453	51.0856	41.0824
8	0.145	-0.2045	0.1942	0.7462	-0.734	1.3158	0.0236	0.0701	0.0131	0.0714	-0.0083	-0.0623	0.2482	-0.0906	0.0001	0.3331	-0.0186	-0.0242	0.2597	-0.0267	0.2812	13.7457	34.398	57.102
9	0.2112	-0.2217	0.0627	0.3315	0.0429	0.1007	0.1931	0.029	0.0796	0.1532	-0.0156	-0.1363	0.7775	0.1594	0.0142	0.4358	0.0133	-0.0555	0.3297	-0.0042	0.3656	20.8468	26.1877	60.5557
10	0.2337	-0.1383	0.0364	0.7296	0.2581	0.5018	0.1549	0.2094	-0.3323	-0.1736	-0.0186	-0.1472	0.8451	0.1508	0.0021	0.5961	0.0426	-0.0584	0.3032	-0.0442	0.3898	18.7689	23.1242	52.8205

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 28:60)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 61:114)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 115:123)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 124:154)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 155:234)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 235:253)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 254:268)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 269:355)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 356:377)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 378:428)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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