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万見
- PDB-6h07: X-ray structure of Lactobacillus brevis alcohol dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h07
タイトルX-ray structure of Lactobacillus brevis alcohol dehydrogenase
要素R-specific alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short chain reductases/dehydrogenases / magnesium dependence / R-specific alcohol dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / R-specific alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.482 Å
データ登録者Hermann, J. / Nowotny, P. / Biggel, P. / Schneider, S. / Hekmat, D. / Weuster-Botz, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSPP 1934 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Neutron and X-ray crystal structures of Lactobacillus brevis alcohol dehydrogenase reveal new insights into hydrogen-bonding pathways.
著者: Hermann, J. / Nowotny, P. / Schrader, T.E. / Biggel, P. / Hekmat, D. / Weuster-Botz, D.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_high / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-specific alcohol dehydrogenase
B: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3914
ポリマ－53,3122
非ポリマー792
水7,044391
1
A: R-specific alcohol dehydrogenase
B: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
B: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7838
ポリマ－106,6244
非ポリマー1584
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area14480 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area32530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.030, 83.310, 114.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 R-specific alcohol dehydrogenase


分子量: 26656.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: radh / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84EX5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 550 MME, Magnesium chloride, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.482→47.15 Å / Num. all: 89189 / Num. obs: 882139 / % possible obs: 98.17 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 21.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06928 / Rpim(I) all: 0.02317 / Rrim(I) all: 0.07317 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.482→1.535 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 1.664 / Num. measured obs: 82606 / Num. unique all: 8439 / CC1/2: 0.643 / Rpim(I) all: 0.5529 / Rrim(I) all: 0.8101 / % possible all: 93.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180302データ削減
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180302データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
Coot0.8.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1nxq

1nxq


解像度: 1.482→47.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.455 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20304 4460 5 %RANDOM
Rwork0.18011 ---
obs0.18126 89164 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.919 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å2-0 Å20 Å2
2--1.3 Å2-0 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.482→47.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3742 0 2 391 4135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0193844
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1711.9575202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11138348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6815504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49325.25160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.13615658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3561516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.024342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02738
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7141.9262010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7151.9262009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22.8882510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.22.8882511
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9032.181834
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9062.181831
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1233.1622689
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.64624.1284402
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.59623.8484338
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.482→1.535 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 295 -
Rwork0.355 5614 -
obs-8224 90.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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