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- PDB-6gzo: Crystal structure of NadR protein in complex with NAD and AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gzo
タイトルCrystal structure of NadR protein in complex with NAD and AMP-PNP
要素Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase
キーワードTRANSPORT PROTEIN / vitamin transport / phosphorylation / NAD+ / NadR
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosylnicotinamide kinase activity / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / NAD biosynthesis/regulator protein NadR / NadR/Ttd14, AAA domain / NadR, nicotinamide/nicotinate mononucleotide adenylyltransferase domain / AAA domain / Cytidyltransferase-like domain / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Singh, R. / Stetsenko, A. / Jaehme, M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2020
タイトル: Structural and Functional Characterization of NadR fromLactococcus lactis.
著者: Stetsenko, A. / Singh, R. / Jaehme, M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.
履歴
登録2018年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase
B: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6717
ポリマ－88,2362
非ポリマー2,4345
水00
1
A: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3834
ポリマ－44,1181
非ポリマー1,2653
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2883
ポリマ－44,1181
非ポリマー1,1702
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.320, 167.320, 192.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase


分子量: 44118.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
遺伝子: NCDO763_1675 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A165F602
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M (NH4)2SO4, 100mM Na Citrate, 10mM MgCl2, 0% glucose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47 Å / Num. obs: 32450 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Num. unique obs: 2510 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3150)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GYF

6gyf


解像度: 3→45.738 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 1623 5 %
Rwork0.19 --
obs0.1925 32439 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→45.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5811 0 155 0 5966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2758336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1423643
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071076
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.08820.37121320.36322510X-RAY DIFFRACTION100
3.0882-3.18790.39161320.3452510X-RAY DIFFRACTION100
3.1879-3.30180.35171330.31972525X-RAY DIFFRACTION100
3.3018-3.4340.37841330.28462516X-RAY DIFFRACTION100
3.434-3.59020.3351330.24112536X-RAY DIFFRACTION100
3.5902-3.77940.27531340.21122540X-RAY DIFFRACTION100
3.7794-4.01610.22511340.17582544X-RAY DIFFRACTION100
4.0161-4.32590.22191340.15462545X-RAY DIFFRACTION100
4.3259-4.76080.16891350.13152577X-RAY DIFFRACTION100
4.7608-5.44880.20731370.1512593X-RAY DIFFRACTION100
5.4488-6.86120.20351380.20682631X-RAY DIFFRACTION100
6.8612-45.74350.241480.17342789X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.81590.2103-1.24684.8448-0.34154.50210.2596-0.24660.27970.9704-0.10540.0118-0.22550.7459-0.19710.6762-0.0714-0.16450.7839-0.22540.619615.466377.032517.1599
24.5886-1.8555-0.42096.26240.34834.62540.17470.11570.4547-0.54290.1466-0.6934-0.80490.1816-0.29460.851-0.1724-0.09010.7085-0.04610.712424.810678.566912.1826
33.42873.2616-1.0674.3196-3.83127.4943-0.4182-1.47891.77870.26210.8408-0.9997-1.30740.2373-0.22710.9961-0.22170.03490.8881-0.28691.436926.106688.202422.1492
42.3375-0.6131-2.68253.10231.6183.5103-0.01350.3791-0.6436-0.58120.0078-0.19391.55730.0644-0.05620.89360.0252-0.24840.83850.00940.93520.959760.241721.112
52.2686-0.24270.49460.642-0.58739.67990.42290.5781-0.7154-0.5404-0.1742-0.0811-0.2116-1.4748-0.31370.8378-0.0234-0.30040.9086-0.09460.867213.69837.02262.1108
62.79740.1055-1.28311.33640.43416.04090.17680.4011-0.4237-0.29370.1032-0.44020.5320.5702-0.2350.88520.0327-0.26830.8895-0.0750.911323.898138.2375-0.0579
77.91492.5368-5.31322.66111.41948.8106-0.2185-1.87220.06971.6021-0.0821-0.59290.56861.11750.30621.12850.1631-0.37441.05290.06671.075120.751635.963621.8846
84.5911-0.4561.35965.77341.29194.1009-0.0704-0.2759-0.60771.61720.3935-0.66710.8401-0.1105-0.35880.8712-0.1229-0.31810.93740.25270.94065.457529.965223.358
93.78350.58750.28327.9845-0.73812.93740.1818-0.2466-0.72950.19770.17890.34270.6903-0.3819-0.3141.06-0.2363-0.35120.98620.22830.8416-1.446230.812728.9664
105.4189-1.44543.02322.0463-0.7933.48590.24350.6337-0.2452-0.35560.07610.41870.217-0.332-0.29550.7631-0.0208-0.15210.99560.09240.6964-9.492366.934113.3913
119.470.5823-0.49693.6294-0.15572.6075-0.3314-0.81110.50730.270.42180.6062-0.5277-0.897-0.05440.91410.0983-0.00321.00480.01490.66-10.024471.607323.9864
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 40 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 125 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 126 through 150 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 151 through 179 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 180 through 228 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 229 through 355 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 356 through 375 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 9 through 40 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 41 through 179 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 180 through 274 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 275 through 377 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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