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- PDB-6gzb: Tandem GerMN domains of the sporulation protein GerM from Bacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gzb
タイトルTandem GerMN domains of the sporulation protein GerM from Bacillus subtilis
要素Spore germination protein GerM
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / GerM / GerMN domain / lipoprotein / sporulation / endospores / secretion systems
機能・相同性GerMN domain / Sporulation and spore germination / Sporulation and spore germination / sporulation resulting in formation of a cellular spore / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ACETATE ION / Spore germination protein GerM
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Trouve, J. / Mohamed, A. / Leisico, F. / Contreras-Martel, C. / Liu, B. / Mas, C. / Rudner, D.Z. / Rodrigues, C.D.A. / Morlot, C.
資金援助 フランス, オーストラリア, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-IDEX-02 フランス
University of Technology Sydney オーストラリア
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of the sporulation protein GerM from Bacillus subtilis.
著者: Trouve, J. / Mohamed, A. / Leisico, F. / Contreras-Martel, C. / Liu, B. / Mas, C. / Rudner, D.Z. / Rodrigues, C.D.A. / Morlot, C.
履歴
登録2018年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spore germination protein GerM
B: Spore germination protein GerM
C: Spore germination protein GerM
D: Spore germination protein GerM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,82020
ポリマ－148,8584
非ポリマー96316
水5,477304
1
A: Spore germination protein GerM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5166
ポリマ－37,2141
非ポリマー3015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spore germination protein GerM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5166
ポリマ－37,2141
非ポリマー3015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Spore germination protein GerM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3353
ポリマ－37,2141
非ポリマー1212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Spore germination protein GerM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4545
ポリマ－37,2141
非ポリマー2394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.360, 103.940, 162.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRASNASNAA76 - 36251 - 337
21THRTHRASNASNBB76 - 36251 - 337
12VALVALSERSERAA77 - 36552 - 340
22VALVALSERSERCC77 - 36552 - 340
13SERSERSERSERAA75 - 36550 - 340
23SERSERSERSERDD75 - 36550 - 340
14VALVALASNASNBB77 - 36252 - 337
24VALVALASNASNCC77 - 36252 - 337
15THRTHRTHRTHRBB76 - 36351 - 338
25THRTHRTHRTHRDD76 - 36351 - 338
16VALVALSERSERCC77 - 36552 - 340
26VALVALSERSERDD77 - 36552 - 340

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Spore germination protein GerM


分子量: 37214.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: gerM, BSU28380 / プラスミド: pCR280 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P39072
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 % / 解説: Short 3D needles
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 100 mM Hepes pH 7.2 2.6 M NH4SO4 / PH範囲: 6.8-7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07252 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07252 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 89726 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 45.52 Å2 / Rrim(I) all: 0.065 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 17.83
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.14 / Num. unique obs: 13589 / Rrim(I) all: 0.59 / Rsym value: 0.538 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GZ8

6gz8


解像度: 2.1→46.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.437 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.164 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23621 3583 4 %RANDOM
Rwork0.2036 ---
obs0.2049 86153 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.137 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.03 Å20 Å2-0 Å2
2---1.54 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→46.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8776 0 64 304 9144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.028949
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.028534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.741.9912102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5319960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.95751126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27926.486370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.302151655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5721528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.21443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.8714.7434540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.8424.744530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.657.0895648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.6527.095649
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.2385.3354409
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.2375.3354409
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.6727.6916455
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.38855.7479475
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.38755.7459475
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A171160.1
12B171160.1
21A172620.09
22C172620.09
31A169500.11
32D169500.11
41B168200.11
42C168200.11
51B169500.1
52D169500.1
61C166140.12
62D166140.12
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 241 -
Rwork0.345 6294 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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